| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 8,457,374 – 8,457,494 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.598666 |
| Location | 8,457,374 – 8,457,494 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 82.43 |
| Mean single sequence MFE | -33.98 |
| Consensus MFE | -23.18 |
| Energy contribution | -22.43 |
| Covariance contribution | -0.75 |
| Combinations/Pair | 1.24 |
| Mean z-score | -1.70 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 0.13 |
| SVM RNA-class probability | 0.598666 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8457374 120 - 27905053 GAUGGCAUAGUGACGCACUCUUAAGUGUAUCACUCCCAUAUUGUUGGCAAUGCACGUGCUCAGCUGGGGGGUUAUAGUGCUAUUAAGAUAGACAAUAAAAUAGUAUGUCUUCUUUGAACU ((((((((.((((((((((....)))))....((((((....(((((((.......))).))))))))))))))).))))))))((((.(((((...........)))))))))...... ( -37.30) >DroSec_CAF1 3306 120 - 1 GAUGGCAUAGUGGCGCACUCUUAAGUGUAUCACUCCCAUAUUGUUGGCAAUGCACGUGCUCAGCUGGGGCGUUACAGUGCUAUUAAGAUAGACAAUAAAAUAGUAUGUAUUUUAUGAACU ((((((((.(((((((.......((((...))))((((....(((((((.......))).))))))))))))))).))))))))..........((((((((.....))))))))..... ( -34.40) >DroSim_CAF1 3346 120 - 1 GAUGGCAUAGUGGCGCACUCUUAAGUGUAUCACUCCCAUAUUGUUGGCAAUGCACGUGCUCAGCUGCGGUGUUACAGUGCUAUUAAGAUAGACAAUAAAAUAGUAUGUAUUUUAUGAACU ((((((((.(((((((........((((((.....(((......)))..)))))).(((......)))))))))).))))))))..........((((((((.....))))))))..... ( -30.70) >DroEre_CAF1 3434 119 - 1 GAUGGCAUAGUGGCGCACUCUUAAGUGUAUCACUCCCAUGUUGUUGGCAAUGCACGUGCUCAGCUGCGGCGUUACAGUGCUA-CAAGUUAAGCAAUAAAAUAUUACUUUUUCUUUUAUCG ((((((((((((..(((((....)))))..)))).(((......)))..))))...((((.(((((..(((......)))..-).)))).)))).....................)))). ( -29.70) >DroYak_CAF1 3396 120 - 1 AAUGGCAUAGUGGCGCACUCUUAAGUGUAUCACUCCCAUGUUGUUGGCAAUGCACGUGCUUAGCUGCGGCGUUACAGUGCUAACAAGUUGAAUAAUAAAAUGUUACAUUUUAUUUUAUAG .((((...((((..(((((....)))))..)))).)))).(((((((((.((.((((((......)).))))..)).))))))))).......(((((((((...)))))))))...... ( -34.40) >DroPer_CAF1 2802 113 - 1 UAUAGCAUAGUGACGCACUCUCAGGUGGAUGACGCCCAUAUUGUUGGCAAUGCAGGUGCUCAGCUGGGGAGUUACAGUGCUG-CAAGAGAAGGAACAG-CUGUUAGCUCUAGC-----UG ...(((((.(((((....((((((.(((..(.((((..(((((....)))))..)))))))).)))))).))))).)))))(-(.((((....(((..-..)))..)))).))-----.. ( -37.40) >consensus GAUGGCAUAGUGGCGCACUCUUAAGUGUAUCACUCCCAUAUUGUUGGCAAUGCACGUGCUCAGCUGCGGCGUUACAGUGCUAUCAAGAUAAACAAUAAAAUAGUAUGUAUUCUUUGAACG ..((((((.((((((((((....))))).......((.....(((((((.......))).))))...)).))))).))))))...................................... (-23.18 = -22.43 + -0.75)
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