Locus 3183

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	8,457,030 – 8,457,185
Length	155
Max. P	0.780016

overview

Window 5

Location	8,457,030 – 8,457,145
Length	115
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.60
Mean single sequence MFE	-50.08
Consensus MFE	-31.97
Energy contribution	-33.03
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.90
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.679092
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8457030 115 + 27905053
UUAACCUGGUGGCCACAGCGCCUAGCAGCAAUGCGGCCGAAGAGGCAGCUGUUGUCGGC-ACAGCACCUCCGUCAGCAGCGACGAACAGUUCAGUGGUGGCCUCACCAGG----AGGAGC
....((((((((((((.(((((..(((....)))))).(((((((..(((((.(....)-))))).))))((((......)))).....))).)).))))))..))))))----...... ( -48.90)
>DroSec_CAF1 2958 115 + 1
UUAACCUGGUGGCCACAGCGCCUAGCAGCAAUGCGGCCGAAGAGGCAGCUGUUGUUGGC-ACAGCACCUCCGACGGCGGCCACCAAUAGUUCAGUGGUGGCCACACCAGG----AGGAGC
....(((((((((((((((.....(((....))).(((.....))).))))).(((((.-.........))))))))((((((((.........)))))))).)))))))----...... ( -55.60)
>DroSim_CAF1 2998 115 + 1
UUAACCUGGUGGCCACAGCGCCUAGCAGCAAUGCGGCCGAAGAGGCAGCUGUUGUUGGC-ACAGCACCUCCGACGGCGGCCACCAACAGUUCAGUGGUGGCCACACCAGG----AGGAGC
....(((((((((((((((.....(((....))).(((.....))).))))).(((((.-.........))))))))((((((((.(......))))))))).)))))))----...... ( -56.20)
>DroEre_CAF1 3089 115 + 1
UUAACCUGGUGGCCACAGCGCCUAGCAGCAAUUCGGCCGAAGAGGCGGCUGCUGUCGGC-ACAGCACCGACCUCGACGGCCACAAACAGUUCAGUGGCGGCAACAUCAGG----AGGAGC
....((((((.(((((.((.....))........(((((..(((((((.((((((....-))))))))).))))..)))))............)))))(....)))))))----...... ( -53.60)
>DroYak_CAF1 3051 115 + 1
UUAACCUGGUUGCCACAGCGCCUAGCAGCAAUUCGGCCGAAGAGGCGGCUGUUGUCGGC-UCAGCACCCGCCACGGCGACCACGAACAGUUCUGUGGUGGCCACCCCAGG----AGGAGC
....(((((((((....((.....)).))))...((.......(((((.(((((.....-.))))).)))))..(((.((((((........)))))).))).)))))))----...... ( -45.20)
>DroPer_CAF1 2453 112 + 1
UGAACCUGGUGGACAAGGCGCCGAGCAGCAAUC---CCGAUGAGGUCG----UCCCGGCGACAGCCACAACCGCCGCGGCCACGCCCAGUACAGUGGUGGCUGCC-CAGGGCUCGGAUGC
.((.((((((((....(((((......))....---........((((----(....))))).)))....)))))((((((((((........)).)))))))).-..))).))...... ( -41.00)
>consensus
UUAACCUGGUGGCCACAGCGCCUAGCAGCAAUGCGGCCGAAGAGGCAGCUGUUGUCGGC_ACAGCACCUCCCACGGCGGCCACGAACAGUUCAGUGGUGGCCACACCAGG____AGGAGC
....(((((((......((((((((((((......(((.....))).)))))))..)))....))..........((.(((((..........))))).))..))))))).......... (-31.97 = -33.03 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	8,457,030 – 8,457,145
Length	115
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.60
Mean single sequence MFE	-53.60
Consensus MFE	-32.96
Energy contribution	-35.77
Covariance contribution	2.81
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.757644
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8457030 115 - 27905053
GCUCCU----CCUGGUGAGGCCACCACUGAACUGUUCGUCGCUGCUGACGGAGGUGCUGU-GCCGACAACAGCUGCCUCUUCGGCCGCAUUGCUGCUAGGCGCUGUGGCCACCAGGUUAA
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>DroSec_CAF1 2958 115 - 1
GCUCCU----CCUGGUGUGGCCACCACUGAACUAUUGGUGGCCGCCGUCGGAGGUGCUGU-GCCAACAACAGCUGCCUCUUCGGCCGCAUUGCUGCUAGGCGCUGUGGCCACCAGGUUAA
......----((((((((((((((((.........))))))))))....(((((((((((-.......))))).))))))..(((((((.((((....)))).))))))))))))).... ( -61.00)
>DroSim_CAF1 2998 115 - 1
GCUCCU----CCUGGUGUGGCCACCACUGAACUGUUGGUGGCCGCCGUCGGAGGUGCUGU-GCCAACAACAGCUGCCUCUUCGGCCGCAUUGCUGCUAGGCGCUGUGGCCACCAGGUUAA
......----(((((((((((((((((......).))))))))))....(((((((((((-.......))))).))))))..(((((((.((((....)))).))))))))))))).... ( -62.20)
>DroEre_CAF1 3089 115 - 1
GCUCCU----CCUGAUGUUGCCGCCACUGAACUGUUUGUGGCCGUCGAGGUCGGUGCUGU-GCCGACAGCAGCCGCCUCUUCGGCCGAAUUGCUGCUAGGCGCUGUGGCCACCAGGUUAA
......----((((..((.(((((..............((((((..((((.(((((((((-....)))))).)))))))..))))))....(((....)))...))))).)))))).... ( -48.10)
>DroYak_CAF1 3051 115 - 1
GCUCCU----CCUGGGGUGGCCACCACAGAACUGUUCGUGGUCGCCGUGGCGGGUGCUGA-GCCGACAACAGCCGCCUCUUCGGCCGAAUUGCUGCUAGGCGCUGUGGCAACCAGGUUAA
......----((((((((((((((.(((....)))..)))))))))(.(((((.((.((.-.....)).)).))))).)....((((...((((....))))...))))..))))).... ( -49.60)
>DroPer_CAF1 2453 112 - 1
GCAUCCGAGCCCUG-GGCAGCCACCACUGUACUGGGCGUGGCCGCGGCGGUUGUGGCUGUCGCCGGGA----CGACCUCAUCGG---GAUUGCUGCUCGGCGCCUUGUCCACCAGGUUCA
......(((((.((-(((((((((.(((((....(((...)))...))))).))))))))(((((((.----((((((....))---).)))...))))))).........)))))))). ( -50.20)
>consensus
GCUCCU____CCUGGUGUGGCCACCACUGAACUGUUCGUGGCCGCCGUCGGAGGUGCUGU_GCCGACAACAGCUGCCUCUUCGGCCGCAUUGCUGCUAGGCGCUGUGGCCACCAGGUUAA
..........((((((((((((((.............)))))))).......((((((((........))))).))).....(((((((.((((....)))).))))))))))))).... (-32.96 = -35.77 +   2.81)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	8,457,070 – 8,457,185
Length	115
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.57
Mean single sequence MFE	-54.93
Consensus MFE	-29.73
Energy contribution	-30.93
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-1.85
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.55
SVM RNA-class probability	0.780016
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8457070 115 + 27905053
AGAGGCAGCUGUUGUCGGC-ACAGCACCUCCGUCAGCAGCGACGAACAGUUCAGUGGUGGCCUCACCAGG----AGGAGCAGCUGUGGAGGGAGCUGUGCCCGGUCUGGGCGGUAGUCUG
..((((.(((((.((((((-(((((.((((((.((((.((..(((.....))..(((((....)))))..----.)..)).))))))))))..)))))).)))).)...))))).)))). ( -53.00)
>DroSec_CAF1 2998 115 + 1
AGAGGCAGCUGUUGUUGGC-ACAGCACCUCCGACGGCGGCCACCAAUAGUUCAGUGGUGGCCACACCAGG----AGGAGCAGCUGUGGAGGGAGCUGUGCCCGGUCUGGGCGGUAGUCUG
..((((.((((((...(((-(((((.(((((.(((((((((((((.........))))))))...((...----.))....))))))))))..)))))))).......)))))).)))). ( -59.40)
>DroSim_CAF1 3038 115 + 1
AGAGGCAGCUGUUGUUGGC-ACAGCACCUCCGACGGCGGCCACCAACAGUUCAGUGGUGGCCACACCAGG----AGGAGCAGCUAUGGAGGGAGCUGUGCCCGGUCUGGGCGGAAGUCUG
..(((((((....)))(((-(((((.((((((..(((((((((((.(......)))))))))...((...----.))....))).))))))..))))))))..))))((((....)))). ( -57.10)
>DroEre_CAF1 3129 115 + 1
AGAGGCGGCUGCUGUCGGC-ACAGCACCGACCUCGACGGCCACAAACAGUUCAGUGGCGGCAACAUCAGG----AGGAGCAGCUGUGGAGGGAGCUGUAACCGGACUGGGCGGGAGUUUG
.(((((((.((((((....-))))))))).))))(((..((.(...((((((..((..(....)..))..----.((.((((((........))))))..)))))))).).))..))).. ( -44.80)
>DroYak_CAF1 3091 115 + 1
AGAGGCGGCUGUUGUCGGC-UCAGCACCCGCCACGGCGACCACGAACAGUUCUGUGGUGGCCACCCCAGG----AGGAGCAGCUGUGGAGGGAGCUGUACCCGGUCUGGGCGGUAGCUUG
.(((.((((....)))).)-))(((..(((((..(((.((((((........)))))).)))....((((----.((.((((((........)))))).))...)))))))))..))).. ( -55.80)
>DroPer_CAF1 2490 115 + 1
UGAGGUCG----UCCCGGCGACAGCCACAACCGCCGCGGCCACGCCCAGUACAGUGGUGGCUGCC-CAGGGCUCGGAUGCGGCGGUGGCACGCGCCGCGGGGGACACCAGUGGCAGCCUU
((..(((.----((((((((...(((...(((((((((.((..((((.(..((((....))))..-).))))..)).))))))))))))...))))).))).)))..))........... ( -59.50)
>consensus
AGAGGCAGCUGUUGUCGGC_ACAGCACCUCCCACGGCGGCCACGAACAGUUCAGUGGUGGCCACACCAGG____AGGAGCAGCUGUGGAGGGAGCUGUGCCCGGUCUGGGCGGUAGUCUG
..((((.((((((.((((...((((.(((.(.(((((.(((((..........))))).((..(...........)..)).))))).).))).))))...))))....)))))).)))). (-29.73 = -30.93 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	8,457,070 – 8,457,185
Length	115
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.57
Mean single sequence MFE	-48.67
Consensus MFE	-24.21
Energy contribution	-25.02
Covariance contribution	0.81
Combinations/Pair	1.40
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.653451
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8457070 115 - 27905053
CAGACUACCGCCCAGACCGGGCACAGCUCCCUCCACAGCUGCUCCU----CCUGGUGAGGCCACCACUGAACUGUUCGUCGCUGCUGACGGAGGUGCUGU-GCCGACAACAGCUGCCUCU
(((.((..((.......))((((((((..(((((.((((.((....----..(((((....)))))..((.....))...)).))))..))))).)))))-)))......)))))..... ( -40.50)
>DroSec_CAF1 2998 115 - 1
CAGACUACCGCCCAGACCGGGCACAGCUCCCUCCACAGCUGCUCCU----CCUGGUGUGGCCACCACUGAACUAUUGGUGGCCGCCGUCGGAGGUGCUGU-GCCAACAACAGCUGCCUCU
..(((.(((((((.....)))).(((((........))))).....----...)))((((((((((.........)))))))))).)))(((((((((((-.......))))).)))))) ( -52.70)
>DroSim_CAF1 3038 115 - 1
CAGACUUCCGCCCAGACCGGGCACAGCUCCCUCCAUAGCUGCUCCU----CCUGGUGUGGCCACCACUGAACUGUUGGUGGCCGCCGUCGGAGGUGCUGU-GCCAACAACAGCUGCCUCU
..(((..((((((.....)))).(((((........))))).....----...)).(((((((((((......).)))))))))).)))(((((((((((-.......))))).)))))) ( -51.90)
>DroEre_CAF1 3129 115 - 1
CAAACUCCCGCCCAGUCCGGUUACAGCUCCCUCCACAGCUGCUCCU----CCUGAUGUUGCCGCCACUGAACUGUUUGUGGCCGUCGAGGUCGGUGCUGU-GCCGACAGCAGCCGCCUCU
.........((...(((.((...(((((........))))).....----)).)))...)).(((((..........)))))....((((.(((((((((-....)))))).))))))). ( -38.80)
>DroYak_CAF1 3091 115 - 1
CAAGCUACCGCCCAGACCGGGUACAGCUCCCUCCACAGCUGCUCCU----CCUGGGGUGGCCACCACAGAACUGUUCGUGGUCGCCGUGGCGGGUGCUGA-GCCGACAACAGCCGCCUCU
..(((..((((((...(((((..(((((........))))).....----)))))(((((((((.(((....)))..)))))))))).)))))..)))((-(.((........)).))). ( -49.20)
>DroPer_CAF1 2490 115 - 1
AAGGCUGCCACUGGUGUCCCCCGCGGCGCGUGCCACCGCCGCAUCCGAGCCCUG-GGCAGCCACCACUGUACUGGGCGUGGCCGCGGCGGUUGUGGCUGUCGCCGGGA----CGACCUCA
............((((((((..(((((((.(((.((((((((..(((.((((..-.((((......))))...)))).)))..)))))))).))))).))))).))))----).)))... ( -58.90)
>consensus
CAGACUACCGCCCAGACCGGGCACAGCUCCCUCCACAGCUGCUCCU____CCUGGUGUGGCCACCACUGAACUGUUCGUGGCCGCCGUCGGAGGUGCUGU_GCCGACAACAGCUGCCUCU
.........((((.....)))).(((((........)))))...............((((((((.............)))))))).......((((((((........))))).)))... (-24.21 = -25.02 +   0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

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