Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,448,531 – 8,448,636 |
Length | 105 |
Max. P | 0.617689 |
Location | 8,448,531 – 8,448,636 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.84 |
Mean single sequence MFE | -36.27 |
Consensus MFE | -18.50 |
Energy contribution | -18.19 |
Covariance contribution | -0.30 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.13 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 0.17 |
SVM RNA-class probability | 0.617689 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8448531 105 - 27905053 GCCACCCUCUGCGCAAAGGAAUCUUAUCUGUAUCUAU---CUAGACUGCAGCACAGUGGGCUUAUGACAAGGCUAC-UAC-----------UGAUGGCCAAUGUCAAAAGCUCCGGCUCA (((..((.(((.((.(((....)))...(((((((..---..))).)))))).))).))((((.(((((.((((((-...-----------.).)))))..))))).))))...)))... ( -33.70) >DroPse_CAF1 112135 120 - 1 GCCGCCCACUGCGCAAAAGAUUUUCAUCUUUAUCUCGUCGGCAGACUGCAUCACAGUGGGCUUAUGACAAGGCUACCUACUGAUGGGCGGCUGAUGGGCAAUGUCAAAAGCAUGGGCUCA ((((((((....(((((((((....)))))).....(((....))))))....((((((((((......))))...)))))).))))))))...(((((.((((.....))))..))))) ( -43.60) >DroEre_CAF1 112290 102 - 1 GCCACCCUCUGCGCAAAGGAUUCUUAUCUGUAUCUAU---CUAGACUGCAGCACUGUGGGCUUAUGACAAGGCUGC-U--------------GAUGGCCAAUGUCAAAAGCUCCAGCUCA .........((((((..((((....))))...(((..---..))).))).)))(((.((((((.(((((.((((..-.--------------...))))..))))).))))))))).... ( -29.10) >DroYak_CAF1 112757 102 - 1 GCCACCCUUUGCCCAAAGGAUUCUUAUCUGUAUCUAU---CUAGACUGCAGCACAGUGGGCUUAUGACAAGGCUAC-U--------------GAUGGCCAAUGUCAAAAGCUCCAGCUCA .(((((((((....)))))........((((((((..---..))).)))))....))))((((.(((((.(((((.-.--------------..)))))..))))).))))......... ( -30.40) >DroAna_CAF1 115037 99 - 1 GCCGCCCACUGCGCAAAGGAUUCUUAUCUGUUUC------CUAGACUGCAGCACAGCGGGCUUAUGACAAGGCUAC-U--------------GAUGGGCCAUGUCAGAGGCACUGGCUCA (((((((.(((.((..((((..(......)..))------)).(....).)).))).))))...(((((.((((..-.--------------....)))).)))))..)))......... ( -37.20) >DroPer_CAF1 114006 120 - 1 GCCGCCCACUGCGCAAAAGAUUUUCAUCUUUAUCUCGUCGGCAGACUGCAUCACAGUGGGCUUAUGACAAGGCUACCUACUGAUGGGCGGCUGAUGGGCAAUGUCAAAAGCAUGGGCUCA ((((((((....(((((((((....)))))).....(((....))))))....((((((((((......))))...)))))).))))))))...(((((.((((.....))))..))))) ( -43.60) >consensus GCCACCCACUGCGCAAAGGAUUCUUAUCUGUAUCUAU___CUAGACUGCAGCACAGUGGGCUUAUGACAAGGCUAC_U______________GAUGGCCAAUGUCAAAAGCACCGGCUCA .((((...((((.....((((....))))...(((.......)))..))))....))))((((.(((((..((((...................))).)..))))).))))......... (-18.50 = -18.19 + -0.30)
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