Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,383,915 – 8,384,006 |
Length | 91 |
Max. P | 0.945297 |
Location | 8,383,915 – 8,384,006 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 101 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.95 |
Mean single sequence MFE | -26.32 |
Consensus MFE | -10.66 |
Energy contribution | -11.84 |
Covariance contribution | 1.18 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.59 |
Structure conservation index | 0.41 |
SVM decision value | 1.35 |
SVM RNA-class probability | 0.945297 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8383915 91 - 27905053 GAUGGCGAGUGGUAUGAGCAGAUA--UAUCUGGAUACUAAGGCUCUA----UAUGUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACA---GCGUAGGGAUGGGAG-GGA ((((((((((.....(((((.(((--(((.((((.........))))----.)))))).)))))..))))))))))...---...............-... ( -25.70) >DroSec_CAF1 45871 94 - 1 GAUGGCGAGU-GUAUGAGCAGAUA--UAUCUGGAUACUACGGCUAUA----UAUGUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACAGCAGCGUAGGGAUGGGGGUGGA ((((((((((-....(((((.(((--(((....((((....).))).----.)))))).)))))..)))))))))).((.(..(((....)))..).)).. ( -27.60) >DroSim_CAF1 45023 94 - 1 GAUGGCGAGU-GUAUGAGCAGAUA--UAUCUGGAUACUACGGCUAUA----UAUGUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACAGCAGCGUAGGGAUGGGGGUGGA ((((((((((-....(((((.(((--(((....((((....).))).----.)))))).)))))..)))))))))).((.(..(((....)))..).)).. ( -27.60) >DroEre_CAF1 47386 93 - 1 -AUGCCGAGU-GUAUAAGCAGAUAUAUAUCUGGAAAGUACGGGUAUACGAGUAUAUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACA---GCGCGGGG-UG-GUG-GAA -...(((..(-(((((......))))))..)))((((((((.(((((....))))).))))))))..((..((((..(.---....)..)-))-)..-)). ( -29.20) >DroYak_CAF1 47113 87 - 1 GAUGGCGAGU-GUAUGAGCAGAUA--UAUCUGGAUACUUCGGCUAU------AUAUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACA---GCGCAGAG-UG-GGGGGAA ((((((((((-....(((((.(((--(((.(((...(....)))).------)))))).)))))..))))))))))...---........-..-....... ( -26.10) >DroPer_CAF1 45935 71 - 1 UA---CGAGU-GAGCAAGUAUAUA--UAUCUAGAU-----------------AUAUGU-AGCGUUCAUUUGCCAUUACA---UUG---AGAUUGGGGUGGA ..---(((((-((((...((((((--(((....))-----------------))))))-)..)))))))))((((..((---...---....))..)))). ( -21.70) >consensus GAUGGCGAGU_GUAUGAGCAGAUA__UAUCUGGAUACUACGGCUAUA____UAUAUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACA___GCGUAGGGAUGGGGGUGGA ((((((((((.....(((((.(((............(....).............))).)))))..))))))))))......................... (-10.66 = -11.84 + 1.18)
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