Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,377,238 – 8,377,353 |
Length | 115 |
Max. P | 0.992175 |
Location | 8,377,238 – 8,377,353 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.04 |
Mean single sequence MFE | -34.15 |
Consensus MFE | -29.90 |
Energy contribution | -29.98 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -2.90 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 1.76 |
SVM RNA-class probability | 0.975834 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8377238 115 + 27905053 --GGGCCGCAAUUGCUGGAAUCAAGUUGCUGACUUCAGGAGCAUUAUUCAAGCCUUG-CCCUCACAGGCUACACAGUCAACUUAAUUCCAGGAACUGCAACGCAAUCACCGAU--UAUCC --..((.(((.((.(((((((.(((((((((......(((......))).(((((((-....)).)))))...))).)))))).))))))).)).)))...))..........--..... ( -33.20) >DroVir_CAF1 52581 115 + 1 --GGGCCGCAAUUGCUGGAAUCAAGUUGCUGACUUUGUAAGCAGUGCACAAGCCUUC-CCUUUACAGGCUACACAGUCAACUUAAUUCCAGGAACUGCAACGCAAUUUCCAUU--UAUCC --..((.(((.((.(((((((.(((((((((....((((.....))))..(((((..-.......)))))...))).)))))).))))))).)).)))...))..........--..... ( -32.90) >DroGri_CAF1 45261 117 + 1 --GAGCCGCAAUUGCUGGAAUCAAGUUGCUGACUUUGUAAGCAGUGCACAAGCCUUC-CUCUUACAGGCUACACAGUCAACUUAAUUCCAGGAACUGCAACCCAAUUUCCAUAUCUAUUA --.....(((.((.(((((((.(((((((((....((((.....))))..(((((..-.......)))))...))).)))))).))))))).)).)))...................... ( -32.50) >DroWil_CAF1 53248 108 + 1 --GGGCCGCAAUUGCUGGAAUCAAGUUGCUGACUUAGUAUGCAAUGCUCAAGCCUUUCCCCUAACAGGCUACACAGUCAACUUAAUUCCAGGAACUGCAACGCAAUUGUC---------- --..((.(((.((.(((((((.(((((((((....(((((...)))))..(((((..........)))))...))).)))))).))))))).)).)))...)).......---------- ( -32.60) >DroMoj_CAF1 48120 104 + 1 --GGGCCGCAGUUGCUGGAAUCAAGUUGCUGACUUUGUAAGCAAUGCAAAAGCCUUC-CCCUUACAGGCGACACAGUCAACUUUAUUCCAGGAACUGCAACGCAAUU------------- --..((.((((((.(((((((.(((((((((..((((((.....)))))).((((..-.......))))....))).)))))).))))))).))))))...))....------------- ( -40.20) >DroAna_CAF1 40236 117 + 1 UUGGGCCGCAAUUGCUGGAAUCAAGUUGCUGACUUCUGAAGCAGUUCUCAAGCCUUG-CCCUCACAGGCUACACAGUCAACUUAAUUCCAGGAACUGCAACGCAAUUGCCUUU--UGUUG (((.(..(((.((.(((((((.(((((((((.....(((........)))(((((((-....)).)))))...))).)))))).))))))).)).)))..).)))........--..... ( -33.50) >consensus __GGGCCGCAAUUGCUGGAAUCAAGUUGCUGACUUUGUAAGCAGUGCACAAGCCUUC_CCCUUACAGGCUACACAGUCAACUUAAUUCCAGGAACUGCAACGCAAUUGCC_UU__UAU__ .......(((.((.(((((((.(((((((((....((((.....))))..(((((..........)))))...))).)))))).))))))).)).)))...................... (-29.90 = -29.98 + 0.09)
Location | 8,377,238 – 8,377,353 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.04 |
Mean single sequence MFE | -43.03 |
Consensus MFE | -38.72 |
Energy contribution | -38.92 |
Covariance contribution | 0.19 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -3.82 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 2.31 |
SVM RNA-class probability | 0.992175 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8377238 115 - 27905053 GGAUA--AUCGGUGAUUGCGUUGCAGUUCCUGGAAUUAAGUUGACUGUGUAGCCUGUGAGGG-CAAGGCUUGAAUAAUGCUCCUGAAGUCAGCAACUUGAUUCCAGCAAUUGCGGCCC-- .(.((--(((...))))))(((((((((.((((((((((((((.(((....((((....)))-)..(((.........)))........))))))))))))))))).)))))))))..-- ( -42.10) >DroVir_CAF1 52581 115 - 1 GGAUA--AAUGGAAAUUGCGUUGCAGUUCCUGGAAUUAAGUUGACUGUGUAGCCUGUAAAGG-GAAGGCUUGUGCACUGCUUACAAAGUCAGCAACUUGAUUCCAGCAAUUGCGGCCC-- .....--............(((((((((.((((((((((((((..((..((((((.......-..)))).))..))(((((.....)).))))))))))))))))).)))))))))..-- ( -42.20) >DroGri_CAF1 45261 117 - 1 UAAUAGAUAUGGAAAUUGGGUUGCAGUUCCUGGAAUUAAGUUGACUGUGUAGCCUGUAAGAG-GAAGGCUUGUGCACUGCUUACAAAGUCAGCAACUUGAUUCCAGCAAUUGCGGCUC-- .................(((((((((((.((((((((((((((.(((.......((((((..-..((((....)).)).))))))....))))))))))))))))).)))))))))))-- ( -45.60) >DroWil_CAF1 53248 108 - 1 ----------GACAAUUGCGUUGCAGUUCCUGGAAUUAAGUUGACUGUGUAGCCUGUUAGGGGAAAGGCUUGAGCAUUGCAUACUAAGUCAGCAACUUGAUUCCAGCAAUUGCGGCCC-- ----------.........(((((((((.((((((((((((((.(((.(((((.((((..((......))..))))..)).))).....))))))))))))))))).)))))))))..-- ( -41.20) >DroMoj_CAF1 48120 104 - 1 -------------AAUUGCGUUGCAGUUCCUGGAAUAAAGUUGACUGUGUCGCCUGUAAGGG-GAAGGCUUUUGCAUUGCUUACAAAGUCAGCAACUUGAUUCCAGCAACUGCGGCCC-- -------------......(((((((((.(((((((.((((((.(((...(...((((((.(-(...((....)).)).))))))..).))))))))).))))))).)))))))))..-- ( -41.70) >DroAna_CAF1 40236 117 - 1 CAACA--AAAGGCAAUUGCGUUGCAGUUCCUGGAAUUAAGUUGACUGUGUAGCCUGUGAGGG-CAAGGCUUGAGAACUGCUUCAGAAGUCAGCAACUUGAUUCCAGCAAUUGCGGCCCAA .....--....((....))(((((((((.((((((((((((((.((.....((((....)))-)..(((((..(((....)))..))))))))))))))))))))).))))))))).... ( -45.40) >consensus __AUA__AA_GGAAAUUGCGUUGCAGUUCCUGGAAUUAAGUUGACUGUGUAGCCUGUAAGGG_GAAGGCUUGAGCACUGCUUACAAAGUCAGCAACUUGAUUCCAGCAAUUGCGGCCC__ ...................(((((((((.((((((((((((((.(((....((((..........)))).........(((.....)))))))))))))))))))).))))))))).... (-38.72 = -38.92 + 0.19)
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