Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,360,740 – 8,360,839 |
Length | 99 |
Max. P | 0.994807 |
Location | 8,360,740 – 8,360,839 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.42 |
Mean single sequence MFE | -23.58 |
Consensus MFE | -18.48 |
Energy contribution | -18.87 |
Covariance contribution | 0.39 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -2.72 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.642544 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8360740 99 + 27905053 GCUCAACUAAUUGCACUCAACGUCCG-------GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA ((((...((((((..(((((.(((.(-------..........).))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))..)))). ( -21.80) >DroSec_CAF1 22904 99 + 1 GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCU-------GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCC ((((.(.((((((..(((((.(..((-------(.........)))..)(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). ( -21.60) >DroSim_CAF1 19929 99 + 1 GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCG-------GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA ((((.(.((((((..(((((.(((.(-------..........).))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). ( -22.80) >DroEre_CAF1 24185 99 + 1 GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCG-------GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA ((((.(.((((((..(((((.(((.(-------..........).))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). ( -22.80) >DroYak_CAF1 23622 99 + 1 GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCG-------GAAUAAGCUACAGACCGAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA ((((.(.((((((..(((((.(((.(-------..........).))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). ( -23.20) >DroAna_CAF1 23739 106 + 1 GCUCAGCUAAUUGCACUCGACGUCCGGACACCGGACUAAACAACGGUCCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGAAAAUGUACGAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA ((((.(.((((((..(((...((((((...))))))....((((((.......))))))............((((((.....)))))))))..))))))).)))). ( -29.30) >consensus GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCG_______GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA ((((.(.((((((..(((((.(((.....................))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). (-18.48 = -18.87 + 0.39)
Location | 8,360,740 – 8,360,839 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.42 |
Mean single sequence MFE | -33.08 |
Consensus MFE | -27.72 |
Energy contribution | -28.11 |
Covariance contribution | 0.39 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -3.50 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 2.51 |
SVM RNA-class probability | 0.994807 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8360740 99 - 27905053 UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC-------CGGACGUUGAGUGCAAUUAGUUGAGC .((((((((((((..(((((.(((((.((((..((((..(((((((.......)))))))..)))).))))..-------.))))))))))..)))))).)))))) ( -29.80) >DroSec_CAF1 22904 99 - 1 GGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC-------AGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC .((((((((((((..(((((.(((((((..((.((((..(((((((.......)))))))..)))).))...)-------)))))))))))..))))).))))))) ( -35.30) >DroSim_CAF1 19929 99 - 1 UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC-------CGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC .((((((((((((..(((((.(((((.((((..((((..(((((((.......)))))))..)))).))))..-------.))))))))))..))))).))))))) ( -32.20) >DroEre_CAF1 24185 99 - 1 UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC-------CGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC .((((((((((((..(((((.(((((.((((..((((..(((((((.......)))))))..)))).))))..-------.))))))))))..))))).))))))) ( -32.20) >DroYak_CAF1 23622 99 - 1 UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUCGGUCUGUAGCUUAUUC-------CGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC .((((((((((((..(((((.((((........((((.(.....).))))......(((..((.....))..)-------)))))))))))..))))).))))))) ( -32.00) >DroAna_CAF1 23739 106 - 1 UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUCGUACAUUUUCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGACCGUUGUUUAGUCCGGUGUCCGGACGUCGAGUGCAAUUAGCUGAGC .((((((((((((..(((((((((.....))))))...........(((((...........)))))...((((((...))))))...)))..))))).))))))) ( -37.00) >consensus UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC_______CGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC .((((((((((((..(((((.............((((.(.....).))))........(((((.................))))).)))))..)))))).)))))) (-27.72 = -28.11 + 0.39)
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