Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,215,335 – 8,215,455 |
Length | 120 |
Max. P | 0.669159 |
Location | 8,215,335 – 8,215,455 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.22 |
Mean single sequence MFE | -53.05 |
Consensus MFE | -36.01 |
Energy contribution | -35.98 |
Covariance contribution | -0.02 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -2.24 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.29 |
SVM RNA-class probability | 0.669159 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8215335 120 + 27905053 CUAUCCGGCGCACAUUAAGUGUGCCUACAAGUUCAUUGGUCGGCCGGACACGCACGUGGAGAUCCUCUUCGAAGAACUGCAGCUGCCGCCUGUGGUCAGUGGAGGCUGCCAGUUGGAUGC .((((((((((((.....))))))).........(((((.(((((...(((...((.((((...)))).))..((.(..((((....).)))..))).)))..)))))))))).))))). ( -46.40) >DroVir_CAF1 88932 120 + 1 UUAUCCGGCGCACAUCAAGUGCGCCUACAAGUUCAUUGGGCGUCCCGACAGUCGCGUGGAGCUGCUGUUCGAGGAGCUGCAGCUGCCGCCGGUGGUCAGUGGCGGCUGCCAACUGGACGC ......(((((((.....))))))).....(((((((((((.((((((((((.((.....)).)))).))).))))))(((((((((((.(.....).)))))))))))))).))))).. ( -60.00) >DroGri_CAF1 8416 120 + 1 CUAUCCGGCACACAUUAAGUGCGCCUACAAGUUCAUCGGGCGUCCCGAUAGCCGUGUGGAGCUGCUAUUCGAGGAGCUCCGGCUGCCGCCAGUGGCCACCGGCGGCUGCCAGCUAGAUGC .((((.(((.(((.....))).)))..........(((((...)))))((((.....((((((.((.....)).))))))(((.((((((.((....)).)))))).))).)))))))). ( -53.90) >DroWil_CAF1 92612 120 + 1 UUAUCCGGCGCAUAUAAAGUGUGCCUACAAGUUCAUUGGACGACCAGAUACACGUGUGGAGUUGCUCUUCGAAGAACUCCAGCUGCCGCCAGUGACCAGCGGUGGUUGCCAAUUGGAUGC .((((((((((((.....))))))).........(((((.(((((........((.(((((((.((......))))))))))).(((((.........))))))))))))))).))))). ( -43.70) >DroMoj_CAF1 7715 120 + 1 CUAUCCGGCGCACAUCAAGUGCGCGUACAAGUUCAUUGGCCGCCCGGACAGCCGUGUAGAGCUGCUAUUCGAGGAGCUGCAGCUGCCGCCAGUGGUCAGCGGCGGCUGUCAACUGGACGC ((.(((((.((((.....))))(((..(((.....)))..)))))))).)).(((.(((((((.((.....)).))))(((((((((((.........)))))))))))...))).))). ( -52.70) >DroAna_CAF1 65962 120 + 1 UUAUCCGGCGCACAUCAAGUGCGCCUACAAGUUCAUCGGGCGGCCGGACACUCAUGUGGAGCUCCUGUUUGAGGAGCUCCAACUGCCGCCGGUCGUCAGUGGCGGUUGCCAGCUGGAUGC .((((((((((((.....)))))))....(((......(((((((((.....((..((((((((((.....))))))))))..))...)))))))))..((((....)))))))))))). ( -61.60) >consensus CUAUCCGGCGCACAUCAAGUGCGCCUACAAGUUCAUUGGGCGGCCGGACACCCGUGUGGAGCUGCUAUUCGAGGAGCUCCAGCUGCCGCCAGUGGUCAGCGGCGGCUGCCAACUGGAUGC .((((((((((((.....)))))))....(((((.((((....)))).....((.((((.....)))).))..))))).((((((((((.........))))))))))......))))). (-36.01 = -35.98 + -0.02)
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