Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,214,793 – 8,214,907 |
Length | 114 |
Max. P | 0.805986 |
Location | 8,214,793 – 8,214,907 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.02 |
Mean single sequence MFE | -46.05 |
Consensus MFE | -27.89 |
Energy contribution | -28.40 |
Covariance contribution | 0.51 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -2.03 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.63 |
SVM RNA-class probability | 0.805986 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8214793 114 + 27905053 GCAACCCUGGCGGCGGACACCUUCUGCCAGCACAGCCGGG---AGCGCAGUGC---CACGCCUAUUUAUAGCGCGGGUCGAUUGCUCGGACUGCGCCUCCGGUUCCAGCAGCCGCCCACC ........((((((((.((.....)))).((..((((((.---.(((((((((---(.((((((....))).))))))(((....))).)))))))..))))))...)).)))))).... ( -52.40) >DroVir_CAF1 88568 117 + 1 UCGACGCUGUCGGCGUAUACCUGGUGCCAGCACAGCACGAUGUCACGCAAUGC---CACGCCUAUUUAUAGCGCCGGCAGGCUGCUGGGACUGCGACUAAGCUUUCGGCAGCCGCCCACA .....((((((((((((((...((((...(((..((..........))..)))---..))))....))).)))))))))((((((((..(..((......)))..))))))))))..... ( -45.90) >DroPse_CAF1 38546 117 + 1 UCAACACUGCCGGCGGACACUUUCUGCCAGCACAGCAAGA---AUCGCAGUUCCACCACGCCUAUUUAUAGCGCGGGCCGACUGCUGGGUCUGCGUCUGCGGUUCCAGCAUCCGCCGACA .......(((.((((((.....)))))).)))..(((.((---..(((((((...((.((((((....))).)))))..)))))).)..)))))(((.((((.........)))).))). ( -43.90) >DroGri_CAF1 8065 111 + 1 UCAACGCUGCCGGCGUACACUUGGUGCCAGCACAGCG------CUCGAAAUGC---CACGCCUAUUUAUAGCGCUGGGAGGCUGCUGGGAUUGCGGCUAAGGUUUCAGCAGCCACCCACA .....((((.((.((......)).)).))))..((((------((..(((((.---......)))))..))))))(((.((((((((..(((........)))..)))))))).)))... ( -45.40) >DroAna_CAF1 65611 114 + 1 UCAACUUUGGCGGCGGACACCUUCUGCCAGCACAGCCGGA---ACCGCAGUGC---CACGCCUAUUUAUAGCGCCGGUCGAUUGUUUGGACUGCGACUCCGGUUCCAACAGCCGCCCACC ........((((((((.((.....)))).....(((((((---..((((((((---(..(((((....))).)).)))(((....))).))))))..)))))))......)))))).... ( -40.40) >DroPer_CAF1 43511 117 + 1 UCAACACUGCCGGCGGACACUUUCUGCCAGCACAGCAAGA---AUCGCAGUUCCACCACGCCUAUUUAUAGCGCGGGCCGACUGCUGGGACUGCGUCUGCGGUUCCAGCAUCCGCCGACA .....(((((.((((((.....)))))).((...))....---...))))).......((((((....))).)))(((.((.((((((((((((....)))))))))))))).))).... ( -48.30) >consensus UCAACACUGCCGGCGGACACCUUCUGCCAGCACAGCAAGA___AUCGCAGUGC___CACGCCUAUUUAUAGCGCGGGCCGACUGCUGGGACUGCGACUACGGUUCCAGCAGCCGCCCACA .......(((.((((((.....)))))).))).................(((.......(((((....))).)).(((.(.((((((((((((......))))))))))))).)))))). (-27.89 = -28.40 + 0.51)
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