Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,097,899 – 8,098,019 |
Length | 120 |
Max. P | 0.906916 |
Location | 8,097,899 – 8,098,019 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 98.67 |
Mean single sequence MFE | -31.30 |
Consensus MFE | -29.00 |
Energy contribution | -28.84 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.59 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 1.05 |
SVM RNA-class probability | 0.906916 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8097899 120 + 27905053 GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCACAACUGACAGCAAACCUGGGCCAACCCCUCGUUCU .((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))(((..(((.....)))..))).. ( -32.70) >DroSec_CAF1 49561 120 + 1 GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUGGGCCAACCCCUCGUUCU .((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))(((..(((.....)))..))).. ( -33.00) >DroSim_CAF1 21645 120 + 1 GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUGGGCCAACCCCUCGUUCU .((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))(((..(((.....)))..))).. ( -33.00) >DroEre_CAF1 24637 119 + 1 GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUG-GCCAACCCCUCGCUCU .((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))......-................ ( -28.90) >DroYak_CAF1 18027 119 + 1 GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUG-GCCAACCCCUCGCUCU .((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))......-................ ( -28.90) >consensus GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUGGGCCAACCCCUCGUUCU .((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))....................... (-29.00 = -28.84 + -0.16)
Location | 8,097,899 – 8,098,019 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 98.67 |
Mean single sequence MFE | -37.10 |
Consensus MFE | -33.58 |
Energy contribution | -33.74 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.49 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 0.51 |
SVM RNA-class probability | 0.764146 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8097899 120 - 27905053 AGAACGAGGGGUUGGCCCAGGUUUGCUGUCAGUUGUGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC .((((...(((....)))..))))(((((((.((((((((.....))))...(((.((.(((..((((((((.......))))))))..))).)).)))........))))))))))).. ( -37.90) >DroSec_CAF1 49561 120 - 1 AGAACGAGGGGUUGGCCCAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC .((((...(((....)))..))))(((((((.(((.((((.....))))...(((.((.(((..((((((((.......))))))))..))).)).))).........)))))))))).. ( -36.40) >DroSim_CAF1 21645 120 - 1 AGAACGAGGGGUUGGCCCAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC .((((...(((....)))..))))(((((((.(((.((((.....))))...(((.((.(((..((((((((.......))))))))..))).)).))).........)))))))))).. ( -36.40) >DroEre_CAF1 24637 119 - 1 AGAGCGAGGGGUUGGC-CAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC ...((....(((((((-..((...(((((.....)))))....)).)))))))....((((((.((((((((.......))))))))...((((....)))).......)))))).)).. ( -37.40) >DroYak_CAF1 18027 119 - 1 AGAGCGAGGGGUUGGC-CAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC ...((....(((((((-..((...(((((.....)))))....)).)))))))....((((((.((((((((.......))))))))...((((....)))).......)))))).)).. ( -37.40) >consensus AGAACGAGGGGUUGGCCCAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC .((((...(((....)))..))))(((((((.(((.((((.....))))...(((.((.(((..((((((((.......))))))))..))).)).))).........)))))))))).. (-33.58 = -33.74 + 0.16)
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