Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,054,509 – 8,054,607 |
Length | 98 |
Max. P | 0.555938 |
Location | 8,054,509 – 8,054,607 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.27 |
Mean single sequence MFE | -32.15 |
Consensus MFE | -18.31 |
Energy contribution | -18.53 |
Covariance contribution | 0.22 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -2.65 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.555938 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8054509 98 + 27905053 CGAUCUGGCGUUGGUUUUGCGCUC----------GAGCAUUG-GCAAAUUAAACAGAUUCUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCAGGGAACAGCGACCAGAUA ..(((((((((((....(((....----------..)))(((-(((.........((((((((((((.....))))))))).))).))))))....))))).)))))). ( -31.80) >DroPse_CAF1 140427 109 + 1 CGAUCUGGCAUUGGCUUCGCUCCGACUCAGACUUGGGCAUUGGGCAAAUUAAACAGAUUUUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAGCACAGUGCAGAUA ..(((((.((((((((((((.((((.......))))))....((((.........((((((((((((.....))))).))))))).))))..))))).)))))))))). ( -33.60) >DroEre_CAF1 125939 98 + 1 CGAUCUGGCAUUGGCUCUGCGCCG----------CAGCAUUG-GCAAAUUAAACAGAUUCUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAACAGCGGCCAGAUA ..(((((((..((((.....((((----------......))-))..........((((((((((((.....))))))))).)))..))))((......))))))))). ( -32.00) >DroYak_CAF1 125806 95 + 1 CGAUCUGGCAUUGGCUCUGCGUCG----------GGGCAUUG-GCAAAUUAAACAGAUUCUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAACAGCGGCCAG--- ...........((((((((..(((----------.(((((((-..........))((((((((((((.....))))))))).)))))))).)))..))).))))).--- ( -29.10) >DroAna_CAF1 128949 96 + 1 CGAUCUGGCAAAGGCUCUG-GCCC----------GAGCAUUGGGCAAAUUAAACAGAUUUUUAUUUGCAAAUCAGAUAA--GAUCAUGCCACAGAGCAGAGCGCAGAUA ..(((((((....((((((-((((----------((...))))))..........((((((.(((((.....)))))))--))))......))))))...)).))))). ( -32.80) >DroPer_CAF1 138977 109 + 1 CGAUCUGGCAUUGGCUUCGCUCCGACUCAGACUUGGGCAUUGGGCAAAUUAAACAGAUUUUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAGCACAGUGCAGAUA ..(((((.((((((((((((.((((.......))))))....((((.........((((((((((((.....))))).))))))).))))..))))).)))))))))). ( -33.60) >consensus CGAUCUGGCAUUGGCUCUGCGCCG__________GAGCAUUG_GCAAAUUAAACAGAUUCUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAACAGAGGCCAGAUA ..(((((......((((((.................((.....))..........((((((((((((.....)))))))))).))......))))))......))))). (-18.31 = -18.53 + 0.22)
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