Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,017,660 – 8,017,796 |
Length | 136 |
Max. P | 0.999365 |
Location | 8,017,660 – 8,017,762 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 5 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.87 |
Mean single sequence MFE | -42.36 |
Consensus MFE | -28.24 |
Energy contribution | -28.56 |
Covariance contribution | 0.32 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -3.82 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 1.82 |
SVM RNA-class probability | 0.978655 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8017660 102 + 27905053 GAAGCU------ACAACUGCAGCUACAGCUAAGGCUAAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGUAGUCUGUACUCCGUAGUUGGUGGUACAUG ...(((------((((((((((.((((((((.(((((.((((((((((((.......))))))))))))..)))))..))).)))))))..)))))).)))))..... ( -44.90) >DroSec_CAF1 83903 108 + 1 GAAGCUACAGCUACAACUGCAGCUACAGCUAAGGCUAAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUUGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG ...(((((((((((.(((((.(((((......(((...((((((((((((.......))))))))))))....))).)))))..)))))..)))))).)))))..... ( -43.50) >DroSim_CAF1 84244 108 + 1 GAAGCUACAGCUACAACUGCAGCUACAGCUAAGGCCAAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUUGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG ...(((((((((((.(((((.(((((......(((((..(((((((((((.......))))))))))))))))....)))))..)))))..)))))).)))))..... ( -44.60) >DroEre_CAF1 86700 100 + 1 GAAGCCGAAGCUA------AAGCUACAGCUAUAGCUACAGCUA--AGCUAAAGCUGGUAGCUGCCAGUUGGUAGUCGGUAGUCGGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG ...((((.(((((------.(((....))).))))).((((((--.((((..((((.(..(((((....)))))..).))))...))))...)))))).))))..... ( -35.70) >DroYak_CAF1 88217 102 + 1 GAAGCUAAAGCUA------AAGCUACAGCUAAGGCUAAAGCUGGUAGCUAAAGCUGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGCAGUCUGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG ...((((.(((((------..(((((((((..(((((.((((((((((((.......))))))))))))..)))))...)).)))))))...)))))..))))..... ( -43.10) >consensus GAAGCUAAAGCUACAACUGCAGCUACAGCUAAGGCUAAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG .....................((((((((((.......((((((((((((.......))))))))))))((....(((....)))....)).))))).)))))..... (-28.24 = -28.56 + 0.32)
Location | 8,017,660 – 8,017,762 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 5 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.87 |
Mean single sequence MFE | -32.08 |
Consensus MFE | -20.76 |
Energy contribution | -21.78 |
Covariance contribution | 1.02 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.85 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.76 |
SVM RNA-class probability | 0.843031 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8017660 102 - 27905053 CAUGUACCACCAACUACGGAGUACAGACUACCGACUACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUUAGCCUUAGCUGUAGCUGCAGUUGU------AGCUUC ..(((((..((......)).)))))(.((((.((((...((((((......)))))).(((((((.((((........))))))))))).))))))------)))... ( -32.70) >DroSec_CAF1 83903 108 - 1 CAUGUACCACCAACUACGGACUACGGACUACCGACAACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUUAGCCUUAGCUGUAGCUGCAGUUGUAGCUGUAGCUUC .............((((((.((.(((....)))(((((.((((((......)))))).(((((((.((((........)))))))))))..))))))))))))).... ( -36.00) >DroSim_CAF1 84244 108 - 1 CAUGUACCACCAACUACGGACUACGGACUACCGACAACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUUGGCCUUAGCUGUAGCUGCAGUUGUAGCUGUAGCUUC .............((((((.((.(((....)))(((((.((((((......)))))).(((((((.((((........)))))))))))..))))))))))))).... ( -36.00) >DroEre_CAF1 86700 100 - 1 CAUGUACCACCAACUACGGACUACCGACUACCGACUACCAACUGGCAGCUACCAGCUUUAGCU--UAGCUGUAGCUAUAGCUGUAGCUU------UAGCUUCGGCUUC ................(((....)))....((((..........(((((((..(((....)))--)))))))(((((.(((....))).------))))))))).... ( -28.10) >DroYak_CAF1 88217 102 - 1 CAUGUACCACCAACUACGGACUACAGACUGCCGACUACCAGCUGGCAACUACCAGCUUUAGCUACCAGCUUUAGCCUUAGCUGUAGCUU------UAGCUUUAGCUUC ..((((...((......))..))))...(((((.(.....).)))))......((((..(((((..((((.((((....)))).)))).------)))))..)))).. ( -27.60) >consensus CAUGUACCACCAACUACGGACUACAGACUACCGACUACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUUAGCCUUAGCUGUAGCUGCAGUUGUAGCUGUAGCUUC ................(((...........)))..........((......))((((..(((.....)))..))))..(((((.((((((....)))))).))))).. (-20.76 = -21.78 + 1.02)
Location | 8,017,690 – 8,017,796 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 5 |
Columns | 106 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.77 |
Mean single sequence MFE | -41.66 |
Consensus MFE | -33.74 |
Energy contribution | -33.90 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -2.20 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 1.64 |
SVM RNA-class probability | 0.969190 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8017690 106 + 27905053 AAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGUAGUCUGUACUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGUAGCUGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG ..((((((((((((.......))))))))))))......((((....(((((((((....))).))))))(((((((((...(.....)..))))).)))))))). ( -42.00) >DroSec_CAF1 83939 106 + 1 AAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUUGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGUAGCAGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG ...((((((((((...(((((((.(..((((((((....(((....)))....))..))))))..)))).)))).((.((......))..)))))).))))))... ( -39.20) >DroSim_CAF1 84280 106 + 1 AAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUUGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGUAGCAGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG ...((((((((((...(((((((.(..((((((((....(((....)))....))..))))))..)))).)))).((.((......))..)))))).))))))... ( -39.20) >DroEre_CAF1 86730 104 + 1 ACAGCUA--AGCUAAAGCUGGUAGCUGCCAGUUGGUAGUCGGUAGUCGGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGCAGCUGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG ..(((..--.)))...((((((((((((((((.(((..(((((.(((((((.((((....))).).))).)))).))))).)))))).).)))))).))))))... ( -40.90) >DroYak_CAF1 88247 106 + 1 AAAGCUGGUAGCUAAAGCUGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGCAGUCUGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGCAGCCGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG ...((((((((((..(((((((....)))))))(((..(((((.(((((((.((((....))).).)))).))).))))).)))........)))).))))))... ( -47.00) >consensus AAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGUAGCAGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG ...((((((((((...(((((((.(..((((((((....(((....)))....))..))))))..)))).)))).(((((......))).)))))).))))))... (-33.74 = -33.90 + 0.16)
Location | 8,017,690 – 8,017,796 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 5 |
Columns | 106 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.77 |
Mean single sequence MFE | -36.82 |
Consensus MFE | -31.94 |
Energy contribution | -31.94 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.69 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 3.54 |
SVM RNA-class probability | 0.999365 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8017690 106 - 27905053 CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCAGCUACCAUGUACCACCAACUACGGAGUACAGACUACCGACUACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUU ..(((((((.(((((.(((.(((((....)))))..(((((..((......)).)))))......))).....((((((......)))))).)))))))))))).. ( -37.90) >DroSec_CAF1 83939 106 - 1 CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCUGCUACCAUGUACCACCAACUACGGACUACGGACUACCGACAACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUU ..(((((((.(((((...(.(((((....)))))).(((....((......))....(((....))))))...((((((......)))))).)))))))))))).. ( -35.60) >DroSim_CAF1 84280 106 - 1 CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCUGCUACCAUGUACCACCAACUACGGACUACGGACUACCGACAACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUU ..(((((((.(((((...(.(((((....)))))).(((....((......))....(((....))))))...((((((......)))))).)))))))))))).. ( -35.60) >DroEre_CAF1 86730 104 - 1 CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCAGCUGCCAUGUACCACCAACUACGGACUACCGACUACCGACUACCAACUGGCAGCUACCAGCUUUAGCU--UAGCUGU ..(((((((.(((((((.(.(((((.......))))).............(((....)))...............).)))))))))))))).((((.--..)))). ( -34.40) >DroYak_CAF1 88247 106 - 1 CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCGGCUGCCAUGUACCACCAACUACGGACUACAGACUGCCGACUACCAGCUGGCAACUACCAGCUUUAGCUACCAGCUUU ..(((((((.(((((...(.((((..(((((.....((((...((......))..))))....))))))))))((((((......)))))).)))))))))))).. ( -40.60) >consensus CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCAGCUACCAUGUACCACCAACUACGGACUACAGACUACCGACUACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUU ..(((((((.(((((.(((.(((((....)))))..((((...((......))..))))......))).....((((((......)))))).)))))))))))).. (-31.94 = -31.94 + -0.00)
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