Locus 2986

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>3R_DroMel_CAF1 7993675 107 + 27905053
GG-----AGCCGCUUCCGGGUGUAUUUUGCUAAAUUGCAAAUAUUUCUCAAUUCGCAUGCAUCAGCAGAGAAUGCAAUGCAAACAAUUUUCACCCAGCGGCCACAAUA-------AAAA-
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>DroVir_CAF1 148537 116 + 1
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>DroGri_CAF1 96975 116 + 1
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>DroWil_CAF1 90245 105 + 1
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>DroMoj_CAF1 105580 116 + 1
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>DroAna_CAF1 67633 107 + 1
GG-----GACCGCUUCCGGGUGUAUUUUGCUAAAUUGCAAAUAUUUCUCGAAUCGCAUGCAUCAGCAGAGAAUGCAAUGCAAACAAUUUUCGCCCAGCGGCCACAAUA-------AAAA-
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>consensus
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...........(((.(.((((....(((((......))))).............((((((....)))..........)))...........)))).).)))................... (-18.98 = -18.23 +  -0.75) 

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Window 5

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>3R_DroMel_CAF1 7993675 107 - 27905053
-UUUU-------UAUUGUGGCCGCUGGGUGAAAAUUGUUUGCAUUGCAUUCUCUGCUGAUGCAUGCGAAUUGAGAAAUAUUUGCAAUUUAGCAAAAUACACCCGGAAGCGGCU-----CC
-....-------......((((((((((((....((((.(((((((((.....))).)))))).))))...........(((((......)))))...)))))...)))))))-----.. ( -36.60)
>DroVir_CAF1 148537 116 - 1
-UUUUUGUGGCCCAUUGUGGCUGCUGGGC-AAAAUUGUUUGCAUUUUGG--GCUGCUGAUGCAUGCGAAUUGGAAAAUAUUUGCAAUUUAGCAAAAUGCGCCCGGAAGCGUUCAAAAGCC
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>DroGri_CAF1 96975 116 - 1
-UUUUUGUGGCCCAUUGUGGCCGCUGGGC-AAAAUUGUUUGCAUAUUGU--GCUGCUGAUGCAUGCGAAUUGGAAAAUAUUUGCAAUUUAGCAAAAUACGCCCGGAAGCAUUCGAUGCCA
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>DroWil_CAF1 90245 105 - 1
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.....-------.......(((.((((((-.(((((((.((..(((((((.(-(((........)))))))))))..))...))))))).((.....)))))))).)))....-----.- ( -31.10)
>DroMoj_CAF1 105580 116 - 1
-UUUUUGUGAGCCAUUGUGGCUGCCAGGC-AAAAUUGUUUGCAUUUCGU--GCUGCUGAUGCAUGCGAAUUGGAAAAUAUUUGCAAUUUAGCAAAAUGCGCCCGGAAGCGUGCAAAACCU
-.((((((.((((.....)))).....((-(((....(((.((.(((((--(.(((....))))))))).)).)))...)))))......))))))(((((.(....).)))))...... ( -35.30)
>DroAna_CAF1 67633 107 - 1
-UUUU-------UAUUGUGGCCGCUGGGCGAAAAUUGUUUGCAUUGCAUUCUCUGCUGAUGCAUGCGAUUCGAGAAAUAUUUGCAAUUUAGCAAAAUACACCCGGAAGCGGUC-----CC
-....-------......(((((((((((((..(((((.(((((((((.....))).)))))).)))))))).......(((((......))))).....)))...)))))))-----.. ( -33.90)
>consensus
_UUUU_______CAUUGUGGCCGCUGGGC_AAAAUUGUUUGCAUUUCAU__GCUGCUGAUGCAUGCGAAUUGAAAAAUAUUUGCAAUUUAGCAAAAUACGCCCGGAAGCGUUC_____CC
...................((..((((((........(((((...........(((....)))(((((((........))))))).....)))))....))))))..))........... (-23.41 = -23.55 +   0.14) 

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