Locus 2967

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,927,964 – 7,928,083
Length 119
Max. P 0.885103
window4770

overview

Window 0

Location 7,927,964 – 7,928,083
Length 119
Sequences 5
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.38
Mean single sequence MFE -40.32
Consensus MFE -37.70
Energy contribution -37.94
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.32
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.885103
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7927964 119 + 27905053
GCCCAGUGUUGCGUAUACGCACUGUUGUAUGUGGCACGUUGCCGGGUGCGCGUUGCGUGUUGUUAGCCUUUUGCUAAAGUAAAGUUGUUAAUGGUCAGGCUGACGCUACGUAUUUCUUU
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>DroSec_CAF1 59194 117 + 1
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>DroSim_CAF1 60970 119 + 1
GCCCAGUGUUGCGUAUACGCACUGUUGUAUGUGGCACGUUGCCGGGUGCGCGUUGCGUGUUGUUAGCCUUUCGCUAAAGUAAAGUUGUUAAUGGCCAGGCUGACGCUACGUUUUCCUUU
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>DroEre_CAF1 60093 119 + 1
GCCCAGUGUUGCGUAUACGCACUGUUGUAUGUGGCACGUUGCCGGGUGCGCGUUGCGUGUUGUUAGCCUUUCGCUUAAGUAAAGUUGUUAAUGGCCGGGCUGGCGCUACGUAUUCCUUU
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>DroYak_CAF1 61357 119 + 1
GCCCAGUGUUGCGUAUACGCACUGUUGUAUGUGGCACGUUGCCGGGUGCGCGUUGCGUGCUGUUAGCCUUUCGCUAAAGUAAAGUUGUUAAUGGCCGCGCUGACGCUACGUAUUGCUUU
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>consensus
GCCCAGUGUUGCGUAUACGCACUGUUGUAUGUGGCACGUUGCCGGGUGCGCGUUGCGUGUUGUUAGCCUUUCGCUAAAGUAAAGUUGUUAAUGGCCAGGCUGACGCUACGUAUUCCUUU
....((...((((((((((((.(((.((((.((((.....)))).))))))).))))))..((((((((...((((...(((.....))).)))).))))))))..))))))...)).. (-37.70 = -37.94 +   0.24)

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