| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,778,606 – 7,778,707 |
| Length | 101 |
| Max. P | 0.862080 |
| Location | 7,778,606 – 7,778,707 |
|---|---|
| Length | 101 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 72.73 |
| Mean single sequence MFE | -36.78 |
| Consensus MFE | -16.82 |
| Energy contribution | -17.35 |
| Covariance contribution | 0.53 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.97 |
| Structure conservation index | 0.46 |
| SVM decision value | 0.83 |
| SVM RNA-class probability | 0.862080 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7778606 101 - 27905053 --CGGUCGACG--------AUGCUCACCA------CCACCAGUUACGGAGCGUUCUAGCUCCCGCUUGCGAUGUCGCAGCAGUGUUUGCUCAUCAAGCAGCUCUUGCUUGGCCACUC --.((((((.(--------(.((.(((..------...........(((((......))))).(((.(((....)))))).)))...)))).))((((((...)))))))))).... ( -33.80) >DroVir_CAF1 4688 103 - 1 --UGCUCGGUGAGAGCGCAAUGCCUGGCAGCC------U------CAGAACGCUCCAAUUCCUGCUUGCGGUGUUGCUGCAGUUUUUGCUCAUCCAAUUGCUCCUGCAGCGACACAC --.((((.....))))((((.((.(((.(((.------.------......))))))......)))))).((((((((((((.....((..........))..)))))))))))).. ( -37.70) >DroSim_CAF1 1159 104 - 1 --CGGUCGACG--------AUGCUCACCACCA---CCACCAGUUACGGAGCGCUCUAGCUCCCGCUUGCGAUGUCGCAGCAGGGUUUGCUCAUCAAGCAGCUCUUGCUUGGCCACUC --.((((((.(--------(.((..(((....---...........(((((......))))).(((.(((....))))))..)))..)))).))((((((...)))))))))).... ( -35.80) >DroEre_CAF1 1330 101 - 1 --CGGUCGACG--------AUGCUCACCAGCA------CCAGGAACGGAGCGCUCUAGUUCCCGCUUGCGUUGUCGCAGCAGGGUUUGCUCAUCAAGCAGCUCUUGCUUGGCCACUC --.((((((((--------((((.....(((.------...((((((((....))).))))).))).))))))))..((((((..(((((.....)))))..)))))).)))).... ( -39.50) >DroYak_CAF1 1220 107 - 1 --CGGUCGACG--------AUGCUCACCAGCACCAGCACCAGCAAGGGAGCGCUCCAGUUCCCGCUUGCGUUGUCGCAGCAGAGUUUGCUCAUCCAGCAGCUCUUGCUUGGCCACUC --.((((((((--------((((.....(((....((....))..((((((......))))))))).))))))))..(((((((((.(((.....)))))))).)))).)))).... ( -44.50) >DroPer_CAF1 5919 97 - 1 AUACGUCGCCU--------UUCCUUGUCAGCA------U------CUGAACGUUCUCGUUCCUGCUUGCGAUGUCGCUGCAGUGUCUGCUCAUCGCGCUGCUCCUGCUUGGCCACAC ....((.(((.--------........((((.------.------..(((((....)))))......((((((.....((((...)))).)))))))))).........))).)).. ( -29.37) >consensus __CGGUCGACG________AUGCUCACCAGCA______CCAG__ACGGAGCGCUCUAGUUCCCGCUUGCGAUGUCGCAGCAGUGUUUGCUCAUCAAGCAGCUCUUGCUUGGCCACUC ...((((.......................................(((((......))))).....(((....)))(((((...(((((.....)))))...))))).)))).... (-16.82 = -17.35 + 0.53)
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