Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,118,335 – 1,118,445 |
Length | 110 |
Max. P | 0.951092 |
Location | 1,118,335 – 1,118,445 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.09 |
Mean single sequence MFE | -40.05 |
Consensus MFE | -28.79 |
Energy contribution | -29.52 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.70 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 1.41 |
SVM RNA-class probability | 0.951092 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1118335 110 + 27905053 CCGA-CAUCGAAUGG-----AUUC----GUACUCACCUCCCAGGACUCGCGGGUCAGGUCGCUAAUCUCCUCGCCAUCCUGGCUACCGCCUCCCAUGCCGGCUUUGGUCGUGCCGCUCUU ..((-.(((.....)-----))))----((((..(((..((((((...(((((..((((.....)))).)))))..)))))).....(((.........)))...))).))))....... ( -27.60) >DroPse_CAF1 58584 108 + 1 UCUA-CAGAUAAACG-----G--U----GAACUUACCUCCCAGGACUCGCGGGUUAGGUCGCUGAUCUCCUCGCCAUCCUGGCUGCCGCCGCCGAGGCCAGCCUUGGUGGUGCCGCUCUU ....-(((......(-----(--(----(....))))..((((((...(((((..(((((...))))).)))))..))))))))).(((((((((((....)))))))))))........ ( -43.50) >DroWil_CAF1 55171 111 + 1 AUUAUGAUUAAAUGG-----CAUG----AGACUCACCUCCCAGGAUUCACGGGUUAGAUCGCUGAUCUCUUCACCAUCUUGACUGCCACCGCCAAGGCCUGCUUUGGUGGUGCCGCUCUU .............((-----((.(----((......))).((((((....(((((((....))))))).......))))))..))))((((((((((....))))))))))......... ( -32.50) >DroMoj_CAF1 47108 111 + 1 AA-----UCAAUUGGAUAAAUAUG----GCACUCACCUCCCAGGAUUCGCGGGUGAGAUCGCUGAUUUCCUCGCCAUCCUGGCUGCCGCCAUAGCCGCCAGCUUUGGUGGUGCCACCCUU ..-----...............((----((((.((((...((((((..(((((.((((((...))))))))))).))))))(((((.((....)).).))))...))))))))))..... ( -44.80) >DroAna_CAF1 49803 110 + 1 CCGA-AA----AAGG-----AUUUCGGUGCACUCACCUCCCAGGACUCGCGGGUCAGGUCGCUGAUCUCCUCGCCAUCCUGGCUGCCACCGCCGAGAAUGGCCUUGGUGGUGCCGCUCUU ((((-((----....-----.)))))).((.........((((((...(((((..(((((...))))).)))))..))))))..(.((((((((((......)))))))))).))).... ( -43.50) >DroPer_CAF1 57960 108 + 1 UCUA-CAGAUAAACG-----G--U----GAACUUACCUCCCAGGACUCGCGGGUGAGGUCGCUGAUCUCCUCGCCAUCCUGGCUGCCGCCGCCGAGGCCAGCCUUGGUGGUGCCGCUCUU ....-(((......(-----(--(----(....))))..((((((...(((((.((((((...)))))))))))..))))))))).(((((((((((....)))))))))))........ ( -48.40) >consensus ACUA_CAUAAAAAGG_____A_UU____GAACUCACCUCCCAGGACUCGCGGGUCAGGUCGCUGAUCUCCUCGCCAUCCUGGCUGCCGCCGCCGAGGCCAGCCUUGGUGGUGCCGCUCUU .......................................((((((...(((((..(((((...))))).)))))..)))))).((.(((((((((((....))))))))))).))..... (-28.79 = -29.52 + 0.73)
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