Locus 2885

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,738,557 – 7,738,655
Length 98
Max. P 0.754198
window4655

overview

Window 5

Location 7,738,557 – 7,738,655
Length 98
Sequences 5
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.41
Mean single sequence MFE -22.30
Consensus MFE -16.54
Energy contribution -15.90
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.48
SVM RNA-class probability 0.754198
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7738557 98 - 27905053
GCGUAUGGCGCAUAAAAAAGCAUAGAAUCAAUAUAGAAACGUAUUAAAAUUGUAUGUAAAUCUGUAUGGCUGUGUAUUUGGAUUUGGUGGGCACUAAU
(((.....)))....(((.((((((.....(((((((.((((((.......))))))...)))))))..)))))).)))....(((((....))))). ( -21.50)
>DroSec_CAF1 35673 98 - 1
GCGUAUGGCGCAUCAAAAAACAUAGAAUCCAUAUAGAAACGUAUUAAAAUUGUAUGUAAAUCUGUAUGGCUGUGUAUUUGGAUUUGGUGGGCACUUAU
.......((.(((((((..((((((...(((((((((.((((((.......))))))...))))))))))))))).......))))))).))...... ( -28.20)
>DroSim_CAF1 35644 98 - 1
GUGUAUGGCGCAUCAAAAAACAUAGAAUCAAUAUAGAAACGUAUUAAAAUUGUAUGUAAAUCUGUAUGGUUGUGUAUUUGGAUUUGGUGGGCACUAAU
.......((.((((((((((.(((.(((((.((((((.((((((.......))))))...))))))))))).))).)))...))))))).))...... ( -24.30)
>DroEre_CAF1 35525 95 - 1
GCGUAUGG---CGUAAAAAACAUAAAACCAAUAUAGAAAUGUAUUAAUAUUGUAUGUAAAUCUGUAUGGAUGUGUAUUUGGAUUUGGUGGGCCAUAAU
...(((((---(.((....(((((.....((((((....)))))).......)))))((((((((((......))))..))))))..)).)))))).. ( -19.40)
>DroYak_CAF1 35994 98 - 1
UCGUAUGGCGGCGUAAAAAACAUAUAACCAAUAUAGAAACGUAUUAAUAUUGUAUGUAAAUCUGUAUGGAUGUGUAUUUGGAUUUGGUGGGCACUAAU
.....((.(.((.(((((((.(((((.(((.((((((.((((((.......))))))...))))))))).))))).)))...)))))).).))..... ( -18.10)
>consensus
GCGUAUGGCGCAUCAAAAAACAUAGAAUCAAUAUAGAAACGUAUUAAAAUUGUAUGUAAAUCUGUAUGGAUGUGUAUUUGGAUUUGGUGGGCACUAAU
((.(((.(.......(((.((((((..((.(((((((.((((((.......))))))...))))))))))))))).))).....).))).))...... (-16.54 = -15.90 +  -0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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