Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,691,132 – 7,691,238 |
Length | 106 |
Max. P | 0.909458 |
Location | 7,691,132 – 7,691,238 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.84 |
Mean single sequence MFE | -32.03 |
Consensus MFE | -25.36 |
Energy contribution | -25.95 |
Covariance contribution | 0.59 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -3.24 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 1.07 |
SVM RNA-class probability | 0.909458 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7691132 106 - 27905053 AUCUGGGGCUUGG-----CAAACAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCUUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCAUGCCGCAUA ...((.(((.(((-----(......((((((((....((((((((((((......))))....))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -34.30) >DroSec_CAF1 41121 106 - 1 AUCUGGGGCUUGG-----CCAACAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCUUUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCAUGCCGCAUA ...((.(((.(((-----(......((((((((....(((((((((((...........).))))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -32.10) >DroSim_CAF1 41075 106 - 1 AUCUGGGGCUUGG-----CCAACAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCUUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCAUGCCGCAUA ...((.(((.(((-----(......((((((((....((((((((((((......))))....))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -34.30) >DroEre_CAF1 41544 106 - 1 AUCUGGGGCUUGG-----UCAGCAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCAUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCACGCCGCAUA ...((.(((.(((-----(......((((((((....((((((((((((......))))....))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -33.00) >DroYak_CAF1 41574 111 - 1 AUCUGGGGCUUGGCCCAGCCAGCAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCAUCGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCACGCCGCAUA ...((.(((.((((...(....)..((((((((....((((((((((((......))))....))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -34.90) >DroAna_CAF1 43238 106 - 1 AUACGGGGAUCAG-----CAAACAUUUGCAUAAAAGUACAAUUAAAGCGAUUGCCGGCCGCCUUUAAUUGUUUCGUAUCUCACGGAUACAUUGUGUAAGCGACGCUACAUA ...........((-----(...(.(((((((((..(.((((((((((((.........)).))))))))))..)(((((.....))))).))))))))).)..)))..... ( -23.60) >consensus AUCUGGGGCUUGG_____CCAACAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCAUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCACGCCGCAUA ....(.(((.(((...........(((((((((....((((((((((((......))))....))))))))...(((((.....))))).)))))))))))).))).)... (-25.36 = -25.95 + 0.59)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:46:40 2006