Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,683,151 – 7,683,258 |
Length | 107 |
Max. P | 0.889285 |
Location | 7,683,151 – 7,683,258 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.31 |
Mean single sequence MFE | -28.79 |
Consensus MFE | -16.13 |
Energy contribution | -17.99 |
Covariance contribution | 1.86 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.17 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 0.96 |
SVM RNA-class probability | 0.889285 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7683151 107 - 27905053 --UAAGAUGAGUGUGGUUAUACCCUCGCCUCAUCAUCGCUUUCAUUGCCAUUUUGUGGUUGAUGACUUAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU--------GUAACCACGAAAGGGUU---U --...((((((.((((........))))))))))............(((.(((((((((((((((........)))).(((.....)))..--------.))))))))))).))).---. ( -29.30) >DroSec_CAF1 33043 107 - 1 --UAUGAUGAGUGUGGUUGUAACCUCGCCUCAUCAUCGCUUUCAUUGCCAUUUUGUGGUUGAUGACUUAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU--------GUAACCACGAAAGGGUU---U --.((((((((((.(((....))).)).))))))))..........(((.(((((((((((((((........)))).(((.....)))..--------.))))))))))).))).---. ( -31.40) >DroSim_CAF1 33032 107 - 1 --UAUGAUGAGUGUGGUUGUAUCCUCGCCUCAUCAUCGCUUUCAUUGCCAUUUUGUGGUUGAUGACUUAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU--------GUAACCACGAAAGAGUU---U --.((((((((((.((......)).)).))))))))..........((..(((((((((((((((........)))).(((.....)))..--------.)))))))))))..)).---. ( -27.70) >DroEre_CAF1 33607 102 - 1 --UAAGAUGAGUGCGGUUAGAAC-----CUCUUCAUCGCUGCCAUUGCCAUUUUGUGGUUAAUGUCUUAUGAUUCAAAUCUUUAUUAGAAU--------UUAACCACGAAAGGGUU---U --...((((((.(.(((....))-----).))))))).........(((.((((((((((((..(((.((((.........)))).)))..--------)))))))))))).))).---. ( -29.50) >DroYak_CAF1 33333 107 - 1 --AAAGACAAGUGUGGUUAGAACCCUGCCUCAUCAUUGCUCCCAUUGCCAUUUCGUGGUUAAUGACUCAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU--------GUAGCCACGAAAGGGUU---U --...((((((((.(((.((....))))).)))..))).)).....(((.(((((((((((((((........)))).(((.....)))..--------.))))))))))).))).---. ( -25.80) >DroAna_CAF1 35398 109 - 1 CCUAAGACAUGUGCGGUUAGAGCUCAG-----------UCCUCAUAAACAUUUCGUGGUUGACGACUCGGGAUUCAUAUCUGUAUUAGAAGGCGGGAGCGAAACCACGAAAGGGUUCGUU (((.......((((((.((((((((((-----------((.(((...((.....))...))).)))).))).))).)).))))))........)))((((((.((.(....))))))))) ( -29.06) >consensus __UAAGAUGAGUGUGGUUAGAACCUCGCCUCAUCAUCGCUUUCAUUGCCAUUUUGUGGUUGAUGACUUAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU________GUAACCACGAAAGGGUU___U .....((((((((.((......)).)))....))))).........(((.(((((((((((..........((((............)))).........))))))))))).)))..... (-16.13 = -17.99 + 1.86)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:46:29 2006