Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,681,537 – 7,681,655 |
Length | 118 |
Max. P | 0.924913 |
Location | 7,681,537 – 7,681,655 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.16 |
Mean single sequence MFE | -42.17 |
Consensus MFE | -38.20 |
Energy contribution | -38.95 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -1.56 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 1.17 |
SVM RNA-class probability | 0.924913 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7681537 118 - 27905053 CCGUUAGCGGCAGCCCGUGAAACUUGGCUCAUGGCCUCGUGGCCCAUUCAGCUGCGGCCCAGGCCAAAAAGUUUGGCCAAAACGGAUGCGUCAAGUUGAAUGGCUAUAAAAGCGUUGA (((....)))((((.(((..((((((((.(((((((..(..((.......))..)))))..((((((.....)))))).......))).))))))))..)))(((.....))))))). ( -43.40) >DroSec_CAF1 31475 118 - 1 CCGUUAGCGGCAGCCCGUGGAACUUGGCUCAUGGCCUCGUAGCCCAUUCAGCUGCGGCCCAGGCCAAAAAGUUUGGCCAAAACGGAUGCGUCAAGUUGAAUGGCUAUAAAAGCGUUGA (((....)))((((.(((..((((((((.(((((((..(((((.......)))))))))..((((((.....)))))).......))).))))))))..)))(((.....))))))). ( -44.20) >DroSim_CAF1 31492 118 - 1 CCGUUAGCGGCAGCCCGUGGAACUUGGCUCAUGGCCUCGUGGCCCAUUCAGCUGCGGCCCAGGCCAAAAAGUUUGGCCAAAACGGAUGCGUCAAGUUGAAUGGCUAUAAAAGCGUUGA (((....)))((((.(((..((((((((.(((((((..(..((.......))..)))))..((((((.....)))))).......))).))))))))..)))(((.....))))))). ( -43.00) >DroEre_CAF1 32111 118 - 1 CCGUUCGCGGCAGCCCGUGAAACUUGGCUCAUGGCCUCGUGGCCCAUUCAGCUGCGGCCCAGGCCAAAAAGUUUGGCCAAAACGGAUGCGUCAAGUUGAAUGGCUAUAAAAGCGUUGA (((....)))((((.(((..((((((((.(((((((..(..((.......))..)))))..((((((.....)))))).......))).))))))))..)))(((.....))))))). ( -43.40) >DroYak_CAF1 31750 118 - 1 CCGUUAGCGGCAGCCCAUGGAACUUGGCUCAUGGCCUCGUGGCCCAUUCAGCUGCGGCCCAGGCCAAAAAGUUUGGCCAAAACGGAUGCGUCAAGUUGAAUGGCUAUAAAAGCGUUGA (((....)))((((.(((..((((((((.(((((((..(..((.......))..)))))..((((((.....)))))).......))).))))))))..)))(((.....))))))). ( -43.40) >DroAna_CAF1 33972 109 - 1 UCGUUAGCGA---CUCAUGGAACU------ACGGCCCCGUGGCCCUUUCAGCUCUGGCUCGGGCCAAAAAGUUUGGCCAAAACGGAUGCGUCAAGUUGAAUGGCUAUAAAAGCGUUGA ...((((((.---(((((((..(.------...)..)))))(((..(((((((.((((...((((((.....)))))).....(....)))))))))))).)))......)))))))) ( -35.60) >consensus CCGUUAGCGGCAGCCCGUGGAACUUGGCUCAUGGCCUCGUGGCCCAUUCAGCUGCGGCCCAGGCCAAAAAGUUUGGCCAAAACGGAUGCGUCAAGUUGAAUGGCUAUAAAAGCGUUGA (((....)))((((.(((..((((((((.(((((((..(((((.......)))))))))..((((((.....)))))).......))).))))))))..)))(((.....))))))). (-38.20 = -38.95 + 0.75)
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