Locus 2805

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,509,668 – 7,509,787
Length 119
Max. P 0.977401
window4535

overview

Window 5

Location 7,509,668 – 7,509,787
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.76
Mean single sequence MFE -38.97
Consensus MFE -19.25
Energy contribution -19.32
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.46
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 1.79
SVM RNA-class probability 0.977401
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7509668 119 + 27905053
CAGUUAACUCACCAGUGAGCUCCACAUCUAUGCUGAUCCUGAGCAUUAGAGUGGCAUAGUUUUCUCCCGGUGCCAUCGCUGGCUUCACCCGGAAGCCCACUAUCUUGGAGAACUGAUCC
(((((..((((....))))(((((..((((((((.......)))).))))(((((((.(........).)))))))....((((((.....))))))........)))))))))).... ( -36.90)
>DroVir_CAF1 8553 117 + 1
--UUUUACUCACCUGUCAGCUCUGCCUCAAUGCUCACUCUCAGCAUGAGCGUCGCAUAGUUCUCGCCAGCGCCCAUGGCGGGCUUUACGCUGAAGCUUUGAAUUUUUGAGAACUGCGGC
--................((((.......(((((.......)))))))))((((((..((((((((((.......))))(((((((.....))))))).........)))))))))))) ( -34.71)
>DroGri_CAF1 9509 117 + 1
--UCUUACUCACCAGUUAGCUCUGCUUGGAUGCUCACUCUCAGCAUGAGCGUCGCAUAGUUCUCGCCAGCAGCCACGGCUGCCUUUACAUUAAAGCUCUGUAUCUUUGAGAAUUGCGGC
--................((((((((.(((.......))).)))).))))((((((..((((((....(((((....)))))...((((.........)))).....)))))))))))) ( -36.70)
>DroEre_CAF1 5421 119 + 1
CGGUUAACUCACCAGUCAGCUCCACAUCUAUGCUGAUUCUCAGCAUAAGUGUGGCAUAGUUUUCUCCGGGUGCCAUGGCGGGCUUCACCCGGAAGCCCACUAUCUUAGAGAAAUGAUCC
.(((......))).((((((((((((..(((((((.....)))))))..)))))...)))((((((..((....((((.(((((((.....))))))).))))))..)))))))))).. ( -46.60)
>DroYak_CAF1 5448 119 + 1
CAGUGAACUCACCGGUCAGCUCCACAUCUAUGUGGAUUCUCAGCAUAAGUGUGGCAUAGUUCUCUCCGGGCGCCAUGGCGGGCUUCACCCGGAAGCCCACUAUCUUGGCGAACUGAUCC
((((.......((((..(((((((((..(((((.(.....).)))))..)))))...))))....)))).((((((((.(((((((.....))))))).)))...))))).)))).... ( -47.60)
>DroMoj_CAF1 6540 119 + 1
CAUUUCACUCACCUAUCAGCUCCGCCUCAAUUUUUACUCUCAGCAUGAGGGUCGCAUAGUUCUCUCCAGCUCCCAUGGCGGCUUUCGCAUUAAAGCUGCGAAUCUCUGAGAACUGGGGU
.......................(((((.......((((((.....)))))).....(((((((...((((.(....).))))((((((.......)))))).....)))))))))))) ( -31.30)
>consensus
CAGUUAACUCACCAGUCAGCUCCACAUCUAUGCUGACUCUCAGCAUGAGCGUCGCAUAGUUCUCUCCAGCUGCCAUGGCGGGCUUCACCCGGAAGCCCACUAUCUUUGAGAACUGAGCC
..................((..(((....(((((.......)))))..)))..)).(((((((((.....(((....)))((((((.....)))))).........))))))))).... (-19.25 = -19.32 +   0.06)

alignment

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secondary structure

Postscript

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