Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,462,967 – 7,463,078 |
Length | 111 |
Max. P | 0.821728 |
Location | 7,462,967 – 7,463,078 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.10 |
Mean single sequence MFE | -50.60 |
Consensus MFE | -23.11 |
Energy contribution | -24.75 |
Covariance contribution | 1.64 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -2.26 |
Structure conservation index | 0.46 |
SVM decision value | 0.68 |
SVM RNA-class probability | 0.821728 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7462967 111 - 27905053 AGCCCUCGGUGACGGUGGCCGCUG------CAGC---GGCAACGGGCAGCACGGCUGGUGAUCCAUGGUUCCUGCAGACCACCGGUCACCAGAUGCCACCCACUGCACCGUUGCGGCACA .((((.(((((.((((((..((((------(..(---(....)).)))))..(((((((((((..(((((......)))))..))))))))...)))..)))))))))))..).)))... ( -59.30) >DroPse_CAF1 2524 114 - 1 AGCCAUCGGUGACGGUGGCCGCCG------CAGCAACGGCGACGGGCAGCACAUCGGGGGAUCCAUGGUUCCUGCAGACCACCGGGCACCAGAUGCCGCCCACAGCACCGCUGCGUCACA .(((((((....))))))).(.((------((((....((...((((.(((..((..((..(((.(((((......)))))..)))..)).))))).))))...))...)))))).)... ( -53.50) >DroWil_CAF1 2519 117 - 1 AGCCAUCGGUAACGGUUGCGGCAGCGACUGCAGC---AGCCGGUGGUAGCACAGCAGGUGAUCCAUGGUUUCUGCAGACAACUGGGCAUCAAAUGCCACCCACAGCACCGCUGAGACAUA .(((((((((....(((((((......)))))))---.)))))))))....((((.((((.....(((......(((....)))(((((...)))))..)))...))))))))....... ( -45.20) >DroMoj_CAF1 8067 114 - 1 AGCCAUCGAUUGCUGCCACCGCCGCGA---CAGC---CGCGUCCGGCGGUACUGCCGGCGAUCCAUGGUAUCUACAGGCGACUGGGCAUCAGAUGCCGCCAACCGCUCCGCUGAGGCACA .(((((.(((((((((.(((((((.((---(...---...))))))))))...).)))))))).))))).....(((....)))(((((...)))))(((....((...))...)))... ( -48.30) >DroAna_CAF1 2453 111 - 1 AGCCCUCGGUGACGGUGGCAGCUG------GCUC---AUCAACGGGCAGCACUGCCGGCGAUCCAUGGUUCCUCCAGACCACCGGCCACCAAAUGCCACCCACCGCCCCCCUGCGGCACA .(((...((((..(((((((((((------.(((---......)))))))...(((((.(.((..(((.....))))).).))))).......)))))))))))((......)))))... ( -46.80) >DroPer_CAF1 2532 114 - 1 AGCCAUCGGUAACGGUGGCCGCCG------CAGCAACGGCGACGGGCAGCACAUCGGGGGAUCCAUGGUUCCUGCAGACCACCGGGCACCAGAUGCCGCCCACAGCACCGCUGCGUCACA .(((((((....))))))).(.((------((((....((...((((.(((..((..((..(((.(((((......)))))..)))..)).))))).))))...))...)))))).)... ( -50.50) >consensus AGCCAUCGGUGACGGUGGCCGCCG______CAGC___GGCGACGGGCAGCACAGCCGGCGAUCCAUGGUUCCUGCAGACCACCGGGCACCAGAUGCCACCCACAGCACCGCUGCGGCACA .(((.(((....))).)))...........((((....((...((((.(((.....((....)).((((.((((........)))).))))..))).))))...))...))))....... (-23.11 = -24.75 + 1.64)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:44:52 2006