Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,442,306 – 7,442,422 |
Length | 116 |
Max. P | 0.612106 |
Location | 7,442,306 – 7,442,422 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.66 |
Mean single sequence MFE | -36.43 |
Consensus MFE | -29.35 |
Energy contribution | -29.93 |
Covariance contribution | 0.58 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 0.16 |
SVM RNA-class probability | 0.612106 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7442306 116 + 27905053 UGGCCGCCUCUGUAUAGA-CAAGCAGAGGGCGUAUAUCUAAC-CAUAAUGGUAAUCGCCCAUGUA--CGACAACCGCCAGAAGGCAGAUACGACGCAAACAGAUCGUUCUGCAAAUGGCA ..(((((((((((.....-...)))))))((((.(((((...-......(((..(((........--)))..)))(((....))))))))..))))...((((....))))....)))). ( -38.00) >DroSec_CAF1 25001 116 + 1 UGGCCGCCUCUGUGUAGA-CAAGCAGAGGGCGUAGAUCUAAC-CAUAAUGGUAAUCGCCCAUGUA--CAACAACCGCCAGAAGGCAGAUACGACGCAAACAGAUCGUUCUGCAAAUGGCA .((((((((((((.....-...))))).))))..(((...((-(.....))).))))))......--........((((....(((((.(((((.......).)))))))))...)))). ( -38.00) >DroSim_CAF1 23647 116 + 1 UGGCCGCCUCUGUGUAGA-CAAGCAGAGGGCGUAGAUCUAAC-CAUAAUGGUAAUCGCCCAUGUA--CAACAACCGCCAGAAGGCAGAUACGACGCAAACGGAUCGUUCUGCAAAUGGCA .((((((((((((.....-...))))).))))..(((...((-(.....))).))))))......--........((((....(((((.((((((....))..)))))))))...)))). ( -37.90) >DroEre_CAF1 25119 116 + 1 UGGCCGCCUCUGUAAAGA-CAUGCAGAGGGCGUAGAGCUAAC-CAUAAUGGUAAUCGCCCAUGUA--CAACAACCGCCAGAAGGCAGAUACGACGCAAACAGAUCGUUCUGCAAAUGGCA .(((((((((((((....-..)))))).))))..((....((-(.....)))..)))))......--........((((....(((((.(((((.......).)))))))))...)))). ( -38.40) >DroYak_CAF1 25762 116 + 1 UGGCCGCCUCUGUACAGA-CAAGCAGAGGGCGUAGAGCUAAC-CAUAAUGGUAAUCGCCCAUGUA--CAACAAACGCCAGAAGGCAGAUACGACGCAAACAGAUCGUUCUGCAAAUGGCA .((((((((((((.....-...))))).))))..((....((-(.....)))..)))))......--........((((....(((((.(((((.......).)))))))))...)))). ( -37.40) >DroAna_CAF1 23177 120 + 1 CAACCUCGAUUGUCUAUAAGUAACAGAGGGCGUACAGCAAGCCCAUAAUGGUAAUCGCCCAUGUACACAACAAGAGCCAGAAGGCAGCCUCGACGCGGACAGAUCGUUCUGGAAAUGGCA ...((.(((((((((....((....(((((.(((((((..(((......)))....))...))))).).......(((....)))..)))).))..))))).))))....))........ ( -28.90) >consensus UGGCCGCCUCUGUAUAGA_CAAGCAGAGGGCGUAGAGCUAAC_CAUAAUGGUAAUCGCCCAUGUA__CAACAACCGCCAGAAGGCAGAUACGACGCAAACAGAUCGUUCUGCAAAUGGCA ..(((.(((((((.........)))))))((((..((((........((((.......)))).............(((....)))))))...))))...((((....)))).....))). (-29.35 = -29.93 + 0.58)
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