Locus 2768

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	7,411,863 – 7,411,999
Length	136
Max. P	0.854104

overview

Window 1

Location	7,411,863 – 7,411,963
Length	100
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.29
Mean single sequence MFE	-34.47
Consensus MFE	-24.88
Energy contribution	-24.69
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-1.50
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.80
SVM RNA-class probability	0.854104
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7411863 100 + 27905053
UAUCAUCUCGGCAU------CCCCCAGGCCUGGAUGGUGUUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCGCGGAGGCUGUGCAACUCACCCACCGCAUCAGCACC---------GUCCGCA
.........(((..------.......))).((((((((((.......(.((((...)))).)((((.((.((.......)).)).))))...))))))---------))))... ( -33.90)
>DroSec_CAF1 3214 100 + 1
UAUCAUCUCGGCAU------CCCCCAGGCCCGGAUGGUGCUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCACCCACCGCAGCAGCAUC---------GUCCUCA
((((((((.(((..------.......))).)))))))).....((..((((((((((((((......))))(((.....))).....)))))))))).---------.)).... ( -33.50)
>DroSim_CAF1 14039 100 + 1
UAUCAUCUCGGCAU------CCCCCAGGCCCGGAUGGUGCUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCACCCACCGCAGCAGCAUC---------GUCCUCA
((((((((.(((..------.......))).)))))))).....((..((((((((((((((......))))(((.....))).....)))))))))).---------.)).... ( -33.50)
>DroEre_CAF1 7643 100 + 1
UAUCAUCUCGGCAU------CCCCCAUACCCGGAUGGUGCUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCACCCGCCGCGGCAGCACC---------GUCUUCA
(((((((.(((...------.........)))))))))).....((..((((((((((.((.....(((.........)))....)).)))))))))).---------.)).... ( -32.20)
>DroYak_CAF1 7635 100 + 1
UAUCAUCUCGGCAU------CUCCCAAACUCGGAUGGUGCUUACGAAUGUGCUGCUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCAGCCACCGCUGCAGCACC---------GUCUUCA
.........(((((------(..((......))..))))))...(((..((.(((((((((....((.(((((.......))))).))))))))))).)---------)..))). ( -40.60)
>DroMoj_CAF1 11508 114 + 1
UUGCAUUUGCUUGUCCUGCGCCACCACAUCCGGAUGUACGUCGCGUAUGUGCUGUUGCAGUUCACGCAUACUGUGUAAUCCGGCAGCCGCCACACCAUGACUUACCCCAUCCG-G
((((((.(((.((..(((((.((.(((((.(((((....))).)).))))).)).)))))..)).)))....))))))...(((....)))......................-. ( -33.10)
>consensus
UAUCAUCUCGGCAU______CCCCCAGACCCGGAUGGUGCUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCACCCACCGCAGCAGCACC_________GUCCUCA
((((((((.(((...............))).)))))))).........((((((((((((((......))))(((.........))).))))))))))................. (-24.88 = -24.69 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	7,411,895 – 7,411,999
Length	104
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.24
Mean single sequence MFE	-38.63
Consensus MFE	-25.70
Energy contribution	-26.68
Covariance contribution	0.98
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.58
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.543499
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7411895 104 + 27905053
GUUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCGCGGAGGCUGUGCAACUCACCCACCGCAUCAGCACC---------GUCCGCACUGCU-CUGCUUGCAUAGUUUGCAACGGAUGUAGGCC
......((..((((((.(((.(....)((.((.((.......)).)).))))).)))))).---------.)).((.(((((-(((.(((((.....))))))))).)))))). ( -35.20)
>DroGri_CAF1 15239 113 + 1
CGUCGCGCAUAUGUUGCUGCAGCUCACACAUGCUGUGCAUCCCGGCUGCAACGGGACCAUGACCCAGUUCAUCCG-GCUGCUGUUGCUCGCACAGCUGGCAACGUAUGUAGGCG
((((..(((((((((((((((((........)))((((...((((.((.((((((.......))).))))).)))-)..((....))..)))).)).)))))))))))).)))) ( -46.80)
>DroSec_CAF1 3246 104 + 1
GCUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCACCCACCGCAGCAGCAUC---------GUCCUCACUGCU-CUGCUUGCAUAGUUUGCAACGGAUGUAGGCC
((((((((..((((((((((((((......))))(((.....))).....)))))))))).---------.))........(-(((.(((((.....))))))))).)))))). ( -37.30)
>DroSim_CAF1 14071 104 + 1
GCUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCACCCACCGCAGCAGCAUC---------GUCCUCACUGCU-CUGCUUGCAUAGUUUGCAACGGAUGUAGGCC
((((((((..((((((((((((((......))))(((.....))).....)))))))))).---------.))........(-(((.(((((.....))))))))).)))))). ( -37.30)
>DroEre_CAF1 7675 104 + 1
GCUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCACCCGCCGCGGCAGCACC---------GUCUUCACUGCU-CUGCUUGCACAGUUUACAACGGAUGUAGGCC
(((((((..((.((((...)))).))((.(((((((((((..........((((.((((..---------(....)..))))-)))))))))))))))....))..))))))). ( -34.80)
>DroYak_CAF1 7667 104 + 1
GCUUACGAAUGUGCUGCUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCAGCCACCGCUGCAGCACC---------GUCUUCACUGCU-CUGCUUGCACAGUUUACAUCGGAUGUAGGCC
(((((((.......(((((((((....((.(((((.......))))).)))))))))))((---------(.....((((..-(.....)..))))......))).))))))). ( -40.40)
>consensus
GCUUACGAAUGUGCUGUUGCAGCUCACGGAGGCUGUGCAACUCACCCACCGCAGCAGCACC_________GUCCUCACUGCU_CUGCUUGCACAGUUUGCAACGGAUGUAGGCC
(((((((..((.((((...)))).)).(.(((((((((((..........((((.((((...................)))).))))))))))))))).)......))))))). (-25.70 = -26.68 +   0.98)

alignment

secondary structure

dotplot

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