Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,379,996 – 7,380,116 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 7,379,996 – 7,380,116 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.67 |
Mean single sequence MFE | -39.10 |
Consensus MFE | -32.56 |
Energy contribution | -31.28 |
Covariance contribution | -1.28 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -1.32 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | -0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7379996 120 - 27905053 UGCGACACCUCGUGCAGUAGACGAUAGUCAUCGAUCAGGGAGCUCCUAUCCAGAUUCACGGACGCCAGCUCCUCGUCGGUCAACUUGUCGAUAUUGUAGAGACUCGACAGCUCGUUAUUA (((((...(((.(((((((..(((((((.((((((..(((((((....(((........)))....))))))).))))))..)).))))).))))))))))..))).))........... ( -36.40) >DroSec_CAF1 55556 120 - 1 UGCGACACCUCGUGCAGCAGACGAUAGUCAUCGAUAAGGGAGUUCCUAUCCAGAUUCACGGACGCCAGCUCCUCGUCGGUCAACUGAUCGAUGUUGUAGAGACUCGACAGCUCGUCAUUA (((..(((...)))..)))(((((..((..((((...(((((((....(((........)))....)))))))((((((((....))))))))..........))))..))))))).... ( -36.60) >DroSim_CAF1 59132 120 - 1 UGCGACACCUCGUGCAGCAGACGAUAGUCAUCGAUAAGGGAGUUCCUAUCCAGAUUCACGGACGCCAACUCCUCGUCGGUCAACUGAUCGAUAUUGUAGAGACUCGACAGCUCGUCAUUA (((..(((...)))..)))(((((..((..((((...(((((((....(((........)))....))))))).(((((((....)))))))...........))))..))))))).... ( -35.00) >DroEre_CAF1 59968 120 - 1 AUCGAAAGCUCGUGCAGAAGACGAUAGUCAUCGAUCAGGGAGCUUCUCUCCAGGCCCACGGAGGCCAGCUCCUCGUCGGUCAACUGAUCGAUCCUGUAGAGACUCGACAGCUCCUCAUUA .((((...(((.(((((..(((....)))(((((((((((((.....)))).((((.(((.(((......)))))).))))..))))))))).))))))))..))))............. ( -45.30) >DroYak_CAF1 65231 120 - 1 AGCGAAAGCUCAUGCAGUAGACGAUAGUCAUCGAUCAGGGAACUCCUCUCCAGGCCCACGGAGGCCAGUUCCUCGUCGGUCAGCUGAUCGAUCCUGUAGAGACUCGACAGCUCCUCGUUG ..(((...(((.(((((..(((....)))((((((((((((.......))).((((.(((.(((......)))))).))))..))))))))).))))))))..))).((((.....)))) ( -42.20) >consensus UGCGACACCUCGUGCAGCAGACGAUAGUCAUCGAUCAGGGAGCUCCUAUCCAGAUUCACGGACGCCAGCUCCUCGUCGGUCAACUGAUCGAUAUUGUAGAGACUCGACAGCUCGUCAUUA ..(((...(((.(((((....(((((((.((((((..(((((((....(((........)))....))))))).))))))..))).))))...))))))))..))).............. (-32.56 = -31.28 + -1.28)
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