Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,375,430 – 7,375,529 |
Length | 99 |
Max. P | 0.603420 |
Location | 7,375,430 – 7,375,529 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.47 |
Mean single sequence MFE | -28.13 |
Consensus MFE | -19.17 |
Energy contribution | -19.48 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -2.59 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.603420 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7375430 99 + 27905053 ACUCAUGUGUUUGG----CGAACCAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCCAUGGCUGUCACUGCUCAGUCAGUUGUUUUCAUGCCCUUGCCA .((.(((((((.((----....))))))))--))).(---------------((((((((....)))))..(((((..(..((((.(........).))))..)..))))).....)))) ( -24.00) >DroSec_CAF1 51063 99 + 1 ACUCAUGUGUUUGG----CGAACAAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCGAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUUUUCAUGCCCUUGCCA .((.(((((((((.----....))))))))--))).(---------------((((((((....)))))..(((((.((..((((.((......)).))))..)).))))).....)))) ( -29.70) >DroSim_CAF1 54612 99 + 1 ACUCAUGUGUUUGG----CGAACAAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCCAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUUUUCAUGCCCUUGCCA .((.(((((((((.----....))))))))--))).(---------------((((((((....)))))..(((((..(..((((.((......)).))))..)..))))).....)))) ( -27.60) >DroEre_CAF1 54991 99 + 1 ACUCAUGUGUUUGG----CGAACAAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUCCACAUGACUAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUAUUCAUGCCCUUGCCA .((.(((((((((.----....))))))))--))).(---------------(((.((((....))))...(((((.((..((((.((......)).))))..)).))))).....)))) ( -27.70) >DroYak_CAF1 60704 99 + 1 ACUCAUGUGUUUGG----CGAACAAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCUAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUUUCCAUGCCCUUGCCA .((.(((((((((.----....))))))))--))).(---------------((((((((....)))))..(((((..(..((((.((......)).))))..)..))))).....)))) ( -30.80) >DroAna_CAF1 54670 114 + 1 AUACAUGUGUUCACUUUACAUAUAAAUAUAUAUAGAUAUAUAUGUACAUGGGGGGCAUAUAAAAAUAUGCACAU------GGCUGUUUCUGCUCAGUCAGUUGUUUUUAUACUCUUUCCA .(((((((((....((((.((((....)))).)))).)))))))))..(((..((..((((((((((...((.(------(((((........))))))))))))))))))..))..))) ( -29.00) >consensus ACUCAUGUGUUUGG____CGAACAAAUACA__UAGAU_______________GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCCAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUUUUCAUGCCCUUGCCA .((..((((((((.........))))))))...)).................((((((((....)))))..(((((..(..((((.((......)).))))..)..))))).....))). (-19.17 = -19.48 + 0.31)
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