Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,248,591 – 7,248,708 |
Length | 117 |
Max. P | 0.929450 |
Location | 7,248,591 – 7,248,708 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 70.06 |
Mean single sequence MFE | -40.02 |
Consensus MFE | -21.11 |
Energy contribution | -22.12 |
Covariance contribution | 1.01 |
Combinations/Pair | 1.50 |
Mean z-score | -1.83 |
Structure conservation index | 0.53 |
SVM decision value | 1.20 |
SVM RNA-class probability | 0.929450 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7248591 117 - 27905053 UGGCUACAAAGUGCUCCCUUUCGUUGAGAGCCAGCCACAGGACCAAAAGUUUAGUGGGCGCCGCCUCACUACACUGCGCCCGCAUGGUCAG---UUGCUGCUCAUGCAACAGAUCAUCCA (((((.....(.((((.(.......).))))))))))..(((...........((((((((.(..........).)))))))).(((((.(---((((.......))))).)))))))). ( -40.10) >DroVir_CAF1 3779 117 - 1 GGGGCAUAAAGUGCACCCGUUGCUUUAGGGUCAGGUGCAGAACCAGCUGAUUUGUGGGCGCUGUGUUGCCGCACAACAGCUCCAGUUGCUG---CUGUUGCUUAUGCAGAACCGUGUUUA .((((((....((.((((.........))))))((((((((((.(((((..(((((((((......)))).))))))))))...))).)))---)..((((....)))).))))))))). ( -38.80) >DroSec_CAF1 3381 117 - 1 UGGCUACAAAGUGCUCCCUUUCAUUGAGAGCCAGCCACAGAACCAAAAGUUUAGUGGGCGCCGCCUCACUAUACUGCGCCCGCAUGGUCAG---CUGCUGCUCAUGCAGCAGAUCAUCCA (((((.....(.((((.(.......).))))))))))..((((.....)))).((((((((.(..........).)))))))).(((....---(((((((....))))))).....))) ( -41.40) >DroSim_CAF1 3367 117 - 1 UGGCUACAAAGUGCUCUCUUUCAUUGAGAGCCAGCCACAGAACCAAAAGUUUAGUGGGCGCCGCCUCACUACACUGCGCCCGCAUGGUCAG---CUGCUGCUCAUGCAGCAGAUCAUCCA (((((.....(.((((((.......))))))))))))..((((.....)))).((((((((.(..........).)))))))).(((....---(((((((....))))))).....))) ( -46.20) >DroWil_CAF1 3041 111 - 1 UGGGCACAAAAUGCUCCCGUCGUUGGUGAGCAAGACACAGGACUAUUUCCUUGGUGGGUGGCACU---------GGCAUCCACAAUUCCGACUGCUCCUGUCUGCGUAACACCUCGUCCA .((((......((((((((....))).))))).(..(((((((..........(((((((.(...---------).)))))))..........).))))))...)..........)))). ( -34.75) >DroYak_CAF1 3502 117 - 1 UGGCUACAAAGUGCUCCCUUUGGCUGUGAGCCAGCCACAGGACCAAAAGUUUAGUUGGCGCCGCCUCAGUACAUUGCGUCCGCAUGGUCAG---UUGCUGCUCUUGCAGCAGAUCAUCCA .((...(((.(((((.(((.((((((.....)))))).)))...............(((...)))..))))).)))...))(.((((((..---.((((((....)))))))))))).). ( -38.90) >consensus UGGCUACAAAGUGCUCCCUUUCAUUGAGAGCCAGCCACAGAACCAAAAGUUUAGUGGGCGCCGCCUCACUACACUGCGCCCGCAUGGUCAG___CUGCUGCUCAUGCAGCAGAUCAUCCA ((((((......((((.(.......).))))......................((((((((..............)))))))).))))))....(((((((....)))))))........ (-21.11 = -22.12 + 1.01)
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