| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 1,058,487 – 1,058,599 |
| Length | 112 |
| Max. P | 0.726150 |
| Location | 1,058,487 – 1,058,599 |
|---|---|
| Length | 112 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.35 |
| Mean single sequence MFE | -43.80 |
| Consensus MFE | -28.87 |
| Energy contribution | -26.99 |
| Covariance contribution | -1.88 |
| Combinations/Pair | 1.43 |
| Mean z-score | -1.67 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| SVM decision value | 0.41 |
| SVM RNA-class probability | 0.726150 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1058487 112 + 27905053 CA---UAGAGAUUC-UUUGUUUCCUCCAGAUCUGACCGCCAAGGCAUAUGACAUAUCUGCUCUGGCCGAGGCACUGGGCUUCGCCCUGUCCUCUCCGGACAUGGAGGAGCGUGUGG .(---(((((...)-)))))((((((((..((((...((((..(((.(((...))).)))..)))).((((.((.((((...)))).))))))..))))..))))))))....... ( -42.80) >DroPse_CAF1 31235 114 + 1 CAUCGGAGAG-UUUCUUUGUUUU-UCCAGAUUUGGCCGCUGGCGGAUAUGACAUAUCGCUGCUGGCGGAGGAGUUGGGCUUCGCCCUGUCCUCGCCAGACAUGGAGCAGCGCGUGG (((.((((..-...))))(((.(-((((..(((((((((..((((....((....)).))))..)))(((((...((((...))))..)))))))))))..))))).)))..))). ( -45.50) >DroSec_CAF1 30772 113 + 1 CA---CAGAGAUUCCUUUGUUUCCUUCAGAUCUGACCGCCAAGGCAUACGACAUAUCUGCUCUGGCUGAGGCACUGGGCUUCGCCCUGUCCUCGCCGGACAUGGAGGAGCGUGUGG .(---(((((....))))))((((((((..((((...((((..(((...........)))..)))).((((.((.((((...)))).))))))..))))..))))))))....... ( -43.50) >DroSim_CAF1 30861 113 + 1 CA---CAGAGAUUCCUUUGUUUCCUCCAGAUCUGACCGCCAAGGCAUACGACAUAUCUGCUCUGGCUGAGGCACUGGGCUUCGCCCUGUCCUCGCCGGACAUGGAGGAGCGUGUGG .(---(((((....))))))((((((((..((((...((((..(((...........)))..)))).((((.((.((((...)))).))))))..))))..))))))))....... ( -46.40) >DroAna_CAF1 22914 113 + 1 CA---ACCGGAUUCCUUUGUUUUCCUCAGAUCUGACGGAUGGCGCAUAUGACAUAUCAGUGCUGGCCGAUCAGUUGGGCUUUGCCCUAACGUCGCCAGACACUGAUGAGCGAGUGG ..---.............((..((((((....))).)))..)).(((.((.(.(((((((((((((.(((..(((((((...)))).))))))))))).)))))))).))).))). ( -39.10) >DroPer_CAF1 31276 114 + 1 CAUCGGAGAG-UUUCUUUGUUUU-UCCAGAUUUGGCCGCUGGCGGAUAUGACAUAUCGCUGCUGGCGGAGGAGUUGGGCUUUGCCCUGUCCUCGCCAGACAUGGAGCAGCGCGUGG (((.((((..-...))))(((.(-((((..(((((((((..((((....((....)).))))..)))(((((...((((...))))..)))))))))))..))))).)))..))). ( -45.50) >consensus CA___CAGAGAUUCCUUUGUUUCCUCCAGAUCUGACCGCCAACGCAUAUGACAUAUCUGCGCUGGCCGAGGAACUGGGCUUCGCCCUGUCCUCGCCAGACAUGGAGGAGCGUGUGG ..................(((((.((((..((((...((((.(((.............))).)))).((((.((.((((...)))).))))))..))))..)))))))))...... (-28.87 = -26.99 + -1.88)
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