Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,222,900 – 7,222,995 |
Length | 95 |
Max. P | 0.998400 |
Location | 7,222,900 – 7,222,995 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 98 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.85 |
Mean single sequence MFE | -27.28 |
Consensus MFE | -25.48 |
Energy contribution | -24.85 |
Covariance contribution | -0.64 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -3.13 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 3.09 |
SVM RNA-class probability | 0.998400 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7222900 95 + 27905053 AUCUUUCUUUAAAACAAACUGCAAUAGAGCAGCACACAGUGCGUAUAC--UUUCGGCAUGCACUGUGUGCCUGCACCA-AUGGACUUAGUUAAACAAU ................(((((.......((((((((((((((((...(--....)..)))))))))))).)))).((.-..))...)))))....... ( -27.80) >DroPse_CAF1 89804 98 + 1 AUUUUCUGUUCCAACAAACUGCAAUAGAGCAGCGCACGGUGCCCAUACAGUUUCGGCCCGCACUGUGCGCCUGCACCAAACGGAUUAAGUUCAACAAA ....((((((.((......)).))))))((((((((((((((((..........))...)))))))))).)))).((....))............... ( -30.70) >DroSec_CAF1 54751 95 + 1 AUCUUUCUUUAAAACAAACUGCAAUAGAGCAGCACACAGUGCGUAUAC--UUUCGGCAUGCACUGUGUGUUUGCACCA-AUGGACUUAGUUAAACAAU ................(((((.......((((((((((((((((...(--....)..)))))))))))).)))).((.-..))...)))))....... ( -25.40) >DroEre_CAF1 59834 95 + 1 AUCUUUAUUUAAAACAAACUGCAAUAGAGCAGCACACAGUGCGUAUAC--UUUCGGCAUGCACUGUGUACCUGCACCA-AUGGACUUAGUUAAACAAU ................(((((.......((((.(((((((((((...(--....)..)))))))))))..)))).((.-..))...)))))....... ( -23.10) >DroYak_CAF1 60199 95 + 1 AUCUUUAUUUACAACAAACUGCAAUAGAGCAGCACACAGUGCGAAUAC--UUUCGGCAUGCACUGUGUGCCUGCACCA-AUGGACUUAGUUAAACAAU ................(((((.......(((((((((((((((....(--....)...))))))))))).)))).((.-..))...)))))....... ( -26.00) >DroPer_CAF1 92887 98 + 1 AUUUUCUGUUCCAACAAACUGCAAUAGAGCAGCGCACGGUGCCCAUACAGUUUCGGCCCGCACUGUGCGCCUGCACCAAACGGAUUAAGUUCAACAAA ....((((((.((......)).))))))((((((((((((((((..........))...)))))))))).)))).((....))............... ( -30.70) >consensus AUCUUUAUUUAAAACAAACUGCAAUAGAGCAGCACACAGUGCGUAUAC__UUUCGGCAUGCACUGUGUGCCUGCACCA_AUGGACUUAGUUAAACAAU ................((((........((((((((((((((.................)))))))))).)))).((....))....))))....... (-25.48 = -24.85 + -0.64)
Location | 7,222,900 – 7,222,995 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 98 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.85 |
Mean single sequence MFE | -31.80 |
Consensus MFE | -24.76 |
Energy contribution | -24.79 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.94 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.69 |
SVM RNA-class probability | 0.824048 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7222900 95 - 27905053 AUUGUUUAACUAAGUCCAU-UGGUGCAGGCACACAGUGCAUGCCGAAA--GUAUACGCACUGUGUGCUGCUCUAUUGCAGUUUGUUUUAAAGAAAGAU .((.((((((.((.(.((.-(((.((((.(((((((((((((.(....--))))..)))))))))))))).))).)).).)).))..)))).)).... ( -31.60) >DroPse_CAF1 89804 98 - 1 UUUGUUGAACUUAAUCCGUUUGGUGCAGGCGCACAGUGCGGGCCGAAACUGUAUGGGCACCGUGCGCUGCUCUAUUGCAGUUUGUUGGAACAGAAAAU ((((((........(((((...((((....))))...)))))(((((((((((.(((((.(....).)))))...)))))))..)))))))))).... ( -32.80) >DroSec_CAF1 54751 95 - 1 AUUGUUUAACUAAGUCCAU-UGGUGCAAACACACAGUGCAUGCCGAAA--GUAUACGCACUGUGUGCUGCUCUAUUGCAGUUUGUUUUAAAGAAAGAU .((.(((((((((.....)-))))((((((((((((((((((.(....--))))..))))))))))((((......)))))))))..)))).)).... ( -28.40) >DroEre_CAF1 59834 95 - 1 AUUGUUUAACUAAGUCCAU-UGGUGCAGGUACACAGUGCAUGCCGAAA--GUAUACGCACUGUGUGCUGCUCUAUUGCAGUUUGUUUUAAAUAAAGAU .(((((((((.((.(.((.-(((.((((.(((((((((((((.(....--))))..)))))))))))))).))).)).).)).))..))))))).... ( -31.60) >DroYak_CAF1 60199 95 - 1 AUUGUUUAACUAAGUCCAU-UGGUGCAGGCACACAGUGCAUGCCGAAA--GUAUUCGCACUGUGUGCUGCUCUAUUGCAGUUUGUUGUAAAUAAAGAU .(((((((((.((.(.((.-(((.((((.(((((((((((((.(....--))))..)))))))))))))).))).)).).)).))..))))))).... ( -33.60) >DroPer_CAF1 92887 98 - 1 UUUGUUGAACUUAAUCCGUUUGGUGCAGGCGCACAGUGCGGGCCGAAACUGUAUGGGCACCGUGCGCUGCUCUAUUGCAGUUUGUUGGAACAGAAAAU ((((((........(((((...((((....))))...)))))(((((((((((.(((((.(....).)))))...)))))))..)))))))))).... ( -32.80) >consensus AUUGUUUAACUAAGUCCAU_UGGUGCAGGCACACAGUGCAUGCCGAAA__GUAUACGCACUGUGUGCUGCUCUAUUGCAGUUUGUUGUAAAAAAAGAU .......(((..........(((.((((.((((((((((((((.......))))..)))))))))))))).))).........)))............ (-24.76 = -24.79 + 0.03)
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