Locus 2682

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,215,199 – 7,215,315
Length 116
Max. P 0.800644
window4354

overview

Window 4

Location 7,215,199 – 7,215,315
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.16
Mean single sequence MFE -29.32
Consensus MFE -18.08
Energy contribution -19.30
Covariance contribution 1.22
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.63
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.62
SVM RNA-class probability 0.800644
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7215199 116 + 27905053
CGUAUAUG-ACUUGUACAGAUGCUUAU--AUAUAGAUACAAUGCAAAAGUGUUGCCAAUUACUUCAU-UAAUGUAUGAGGUAGAGAUGUCUGCAUAUGUGUGGGUGAGUAUGUGUGAGCU
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>DroVir_CAF1 58326 97 + 1
UGCUUACAUAUAUAU--------------------AUAUAU--AUAAAGUGUUGCCAAUUACUUCAU-UAAUGUAUGAGGUAGAGAUGUCUGCAUAUGUGUGGGUGAGUAUGUGUGAGCU
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>DroPse_CAF1 81245 116 + 1
CGUAUAUG-ACUUAUACAGAUGCCUCUAUAUAUAGAUACAU--AUAAAGUGUUGUCAAUUACUUCAU-UAAUGUAUGAGGUAGAGAUGUCUGCAUAUGUGUGGGUGAGUAUGUGUGAGCU
........-.((((((((....(.(((((((((((((((((--.....))).))))..(((((((((-......)))))))))...........)))))))))).)....)))))))).. ( -29.80)
>DroSec_CAF1 47120 116 + 1
CGUAUAUG-ACUUGAACAGAUGCUUAU--AUAUAGAUACAAUGCAAAAGUGUUGCCAAUUACUUCAU-UAAUGUAUGAGGUAGAGAUGUCUGCAUAUGUGUGGGUGAGUAUGUGUGAGCU
........-............((((((--(((((..(((.(((((...((((.(.((.(((((((((-......)))))))))...)).).)))).)))))..)))..))))))))))). ( -28.00)
>DroWil_CAF1 73132 105 + 1
CGUAUAUG-ACUUAUACAGAUGCUUAU--AA------------CUAAAGUGUUGCCAAUUACUUCAUUUAAUGUAUGAGGUAGAGAUGUCUGCAUAUGUGUGGGUGAGUAUGUGUGAGCU
(((((.(.-(((((((((.((((...(--((------------(......))))....(((((((((.......)))))))))........)))).))))))))).))))))........ ( -26.20)
>DroAna_CAF1 46146 106 + 1
CGUAUAUG-ACUUAUACAGUUGCUUAU--AUAAGUAUAUA----------GAUGCCAAUUACUUCAU-UAAUGUAUGAGGUAGAGAUGUCUGCAUAUGUGUGGGUGAGUAUGUGUGAGCU
........-.((((((((.(..(((((--((..((((.((----------(((..(..(((((((((-......))))))))).)..))))).)))))))))))..)...)))))))).. ( -29.80)
>consensus
CGUAUAUG_ACUUAUACAGAUGCUUAU__AUAUAGAUACA___CUAAAGUGUUGCCAAUUACUUCAU_UAAUGUAUGAGGUAGAGAUGUCUGCAUAUGUGUGGGUGAGUAUGUGUGAGCU
((((((((.(((((((((.((((...................................(((((((((.......)))))))))((....)))))).)))))))))...)))))))).... (-18.08 = -19.30 +   1.22)

alignment

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secondary structure

Postscript

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