Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,135,108 – 7,135,217 |
Length | 109 |
Max. P | 0.991373 |
Location | 7,135,108 – 7,135,217 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.46 |
Mean single sequence MFE | -39.30 |
Consensus MFE | -26.33 |
Energy contribution | -27.50 |
Covariance contribution | 1.17 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -3.41 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 2.26 |
SVM RNA-class probability | 0.991373 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7135108 109 + 27905053 -GUGG-UUGCCAGCUAGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUAUACGGCAAGUGCUGACCCCCAU-CUACCACA-UCCCUAUUUCAUGCUGCUCCUGCCGUUGGCAGCCAU -((((-(((((((((((....(((((.((((((((((....))))))((((....))))......))-)).)))))-...))).........((....)).)))))))))))) ( -40.80) >DroVir_CAF1 92624 96 + 1 CGUGG-UUGCUUG-UUGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACAAGCAAAGUGC----UCCUCUCU----------UCUGC-CGCUGCUGCUUAUGCUGCUGGCAGCCAU .((((-(((((.(-(.((((..(..((((.(((((((....)))))))((((((.(.----....).))----------).)))-..))))..)..)))).)).))))))))) ( -40.40) >DroGri_CAF1 82134 99 + 1 -GUGGUCUGCUUG-UUGUAUUUGCGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACAAGCAAAGUGCCGUCUCCCAUUCCGUUCCCC------------CUUGCUGCUGUUGCUGGCAGCCAU -((((.(((((..-..(((...(((((((.(((((((....)))))))((.....))....................------------.)))))))...))).))))))))) ( -32.60) >DroSec_CAF1 67856 109 + 1 -GUGG-UUGCCAGCUAGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACACGGCAAGUGCUGACCCCCAU-CCACCACA-AACCUAUUUCAUGCUGCUCCUGCCGUUGGCAGCCAU -((((-((((((((.(((((((((((..(((((((((....))))))((((....))))......))-)..)))))-).........)))))((....)).)))))))))))) ( -42.00) >DroEre_CAF1 69432 109 + 1 -GUGG-UUGCCAGCUAGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACACGGCAAGUGCUGACCCCCAU-CCACCACA-UCCCUAUUUCAUGCUGCUUCUGCCGUUGGCAGCCAU -((((-(((((((((((....(((((..(((((((((....))))))((((....))))......))-)..)))))-...))).........((....)).)))))))))))) ( -40.70) >DroYak_CAF1 71367 109 + 1 -GUGG-UUGCCAGCUAGUAUUUGUUGCAGAUUGUACCCCAAGGUGCACGGCAAGUGCUGACCCCCAU-CCACCACA-UCCACAUUUCAUACUGCUUCUGCCGUUGGCAGCCAU -((((-((((((((((((((((((((.....((((((....))))))))))))))))))........-........-...............((....)).)))))))))))) ( -39.30) >consensus _GUGG_UUGCCAGCUAGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACACGGCAAGUGCUGACCCCCAU_CCACCACA_UCCCUAUUUCAUGCUGCUUCUGCCGUUGGCAGCCAU .((((.((((((((((((((((((.(.....((((((....))))))).)))))))))).................................((....)).)))))))))))) (-26.33 = -27.50 + 1.17)
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