Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 7,059,725 – 7,059,885 |
Length | 160 |
Max. P | 0.758558 |
Location | 7,059,725 – 7,059,845 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.50 |
Mean single sequence MFE | -39.05 |
Consensus MFE | -26.22 |
Energy contribution | -24.50 |
Covariance contribution | -1.72 |
Combinations/Pair | 1.50 |
Mean z-score | -1.72 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.50 |
SVM RNA-class probability | 0.758558 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7059725 120 + 27905053 AGUUGAGCGCAUUAAGCAGCAGCUCGCCGUUCUUGGUGAGAUUGCGCUGCGUCUCCGAAUUGCACGUGAACUCUUUCUGCAGCUCGGGGUUCUUCUGGGCCAGAUCGGCGAAGGAGUCGG ......(((((....((.(((((((((((....))))))).)))))))))))((((((.(((((...(((....)))))))).))))))..(((((..(((.....)))..))))).... ( -44.30) >DroVir_CAF1 3401 120 + 1 AGUUUAACGCAUUCAAGAGUAAUUCGCCAUUUUUGGUCAAGUUUCGUUGCGUCUCCGAAUUGCAGAUGAACUCCUUCUGCAGUUCGGGAUUUUUUUGUGCCAAAUCGGCGAAGGCGUCUG ......(((((((....)))..((((((...(((((((((((......))(((.((((((((((((.(.....).)))))))))))))))....))).))))))..)))))).))))... ( -41.00) >DroGri_CAF1 3094 120 + 1 AGUUCAGUGCGUUCAAGAGCAGUUCGCCGUUCUUGGUCAAGUUGCGUUGCGUCUCCGAAUUGCAGAUGAAUUCCUUCUGCAGUUCGGGAUUCUUUUGCGCCAGAUCAGCAAAGGCAUCUG ....(((((((..(((((((.(....).)))))))..).....((((.(.(((.((((((((((((.(.....).))))))))))))))).)....)))).............))).))) ( -41.20) >DroWil_CAF1 2612 120 + 1 AGUUAAGUGCAUUUAGCAACAAUUCACCAUUCUUGGUUAAAUUUCGUUGUGUCUCCGAAUUGCAGGUGAAUUCUUUUUGGAGUUCAGGGUUCUUUUGAGCUAAAUCCGCAAAUGAAUCAG ......(((.(((((((.........(((....)))(((((...(.(((...(((((((....(((.....))).)))))))..))).)....)))))))))))).)))........... ( -25.60) >DroMoj_CAF1 2920 120 + 1 AGUUUAAUGCAUUUAACAGCAGUUCACCAUUUUUGGUCAAAUUUCGUUGCGUUUCCGAGUUGCAGAUGAACUCCUUCUGCAGCUCGGGAUUCUUCUGCGCCAGAUCAGCGAACGCAUCGG .......(((........)))....((((....)))).......((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))))))))))........(((.......))).))))).)). ( -38.70) >DroAna_CAF1 3077 120 + 1 AAUUAAGCGCAUUGAGGAGCAGCUCGCCGUUCUUGGUCAGGUUUCGCUGCGUCUCCGAGUUGCAGGUGAACUCCUUUUGCAGCUCUGGAUUCUUUUGUGCCAGAUCCGCAAAAGAAUCUG .....((((((..((((((....(((((((.(((((..(.((......)).)..)))))..)).))))).)))))).))).)))..(((((((((((((.......))))))))))))). ( -43.50) >consensus AGUUAAGCGCAUUCAACAGCAGUUCGCCAUUCUUGGUCAAAUUUCGUUGCGUCUCCGAAUUGCAGAUGAACUCCUUCUGCAGCUCGGGAUUCUUUUGCGCCAGAUCAGCAAAGGAAUCUG ..................((((((.((((....)))).))......))))....((((((((((((.........))))))))))))(((.(((((((.........))))))).))).. (-26.22 = -24.50 + -1.72)
Location | 7,059,765 – 7,059,885 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.56 |
Mean single sequence MFE | -44.18 |
Consensus MFE | -24.88 |
Energy contribution | -25.22 |
Covariance contribution | 0.34 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -1.91 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.579313 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7059765 120 + 27905053 AUUGCGCUGCGUCUCCGAAUUGCACGUGAACUCUUUCUGCAGCUCGGGGUUCUUCUGGGCCAGAUCGGCGAAGGAGUCGGCCAGGGCGUGCUGUGUGACGACCACGUGCUGGAAGUGCGA .(((((((.....((((....(((((((..(((...(.(((((((..(((.(((((..(((.....)))..)))))...))).)))).))).)...)).)..)))))))))))))))))) ( -45.20) >DroVir_CAF1 3441 120 + 1 GUUUCGUUGCGUCUCCGAAUUGCAGAUGAACUCCUUCUGCAGUUCGGGAUUUUUUUGUGCCAAAUCGGCGAAGGCGUCUGCCAGUGAUUGCUGCGACACCACAACGUGUUGGAAAUGUGA (((((((.((((((((((((((((((.(.....).))))))))))))..........((((.....)))).))))))..))((((....))))((((((......))))))))))).... ( -42.10) >DroGri_CAF1 3134 120 + 1 GUUGCGUUGCGUCUCCGAAUUGCAGAUGAAUUCCUUCUGCAGUUCGGGAUUCUUUUGCGCCAGAUCAGCAAAGGCAUCUGCUAGCGCCUGCUGCGACACAACAACAUGCUGGAAAUGUGA ((((.((((((((.((((((((((((.(.....).)))))))))))))))......(((((((((..((....)))))))...)))).....))))).)))).((((.......)))).. ( -45.60) >DroWil_CAF1 2652 120 + 1 AUUUCGUUGUGUCUCCGAAUUGCAGGUGAAUUCUUUUUGGAGUUCAGGGUUCUUUUGAGCUAAAUCCGCAAAUGAAUCAGCCAGAGCAUGCUGAGUAACAACCACAUGCUGGAAAUGUGA .....(((((..(((.(...(((.(((..(((((((.((((......(((((....)))))...)))).))).))))..)))...)))..).)))..)))))(((((.......))))). ( -32.00) >DroMoj_CAF1 2960 120 + 1 AUUUCGUUGCGUUUCCGAGUUGCAGAUGAACUCCUUCUGCAGCUCGGGAUUCUUCUGCGCCAGAUCAGCGAACGCAUCGGCCAGCGAUUGCUGCGAGGCGACAACGUGUUGAAAGUGUGA .(((((..((((((((((((((((((.(.....).))))))))))))))......((((((....((((((.(((........))).))))))...)))).))))))..)))))...... ( -49.40) >DroAna_CAF1 3117 120 + 1 GUUUCGCUGCGUCUCCGAGUUGCAGGUGAACUCCUUUUGCAGCUCUGGAUUCUUUUGUGCCAGAUCCGCAAAAGAAUCUGCCAGCGCGUGCUGGGUGACGACCACGUGUUGAAAGUGGGA .(..((((((......((((((((((.(.....).)))))))))).(((((((((((((.......)))))))))))))))(((((((((.(.(....).).)))))))))..))))..) ( -50.80) >consensus AUUUCGUUGCGUCUCCGAAUUGCAGAUGAACUCCUUCUGCAGCUCGGGAUUCUUUUGCGCCAGAUCAGCAAAGGAAUCUGCCAGCGCGUGCUGCGAGACGACAACGUGCUGGAAAUGUGA .(((((..((((..((((((((((((.........))))))))))))(((.(((((((.........))))))).)))...((((....))))..........))))..)))))...... (-24.88 = -25.22 + 0.34)
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