| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,049,275 – 7,049,407 |
| Length | 132 |
| Max. P | 0.983402 |
| Location | 7,049,275 – 7,049,371 |
|---|---|
| Length | 96 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 107 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.78 |
| Mean single sequence MFE | -37.73 |
| Consensus MFE | -31.76 |
| Energy contribution | -31.42 |
| Covariance contribution | -0.34 |
| Combinations/Pair | 1.39 |
| Mean z-score | -2.38 |
| Structure conservation index | 0.84 |
| SVM decision value | 1.94 |
| SVM RNA-class probability | 0.983402 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7049275 96 + 27905053 A-UUCCA---UAUUUC---CCGACGUCCUUGGCCUUGUUGCGCCACUGGUGCUGGGUCCUC----GGGCUCGGUGCCUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGC .-.....---......---.(((.((.(((((((..((.((((((..((..(((((((...----.)))))))..))..))))))))..))))....))).))))). ( -39.50) >DroVir_CAF1 2842 85 + 1 -GUCUAU---UACUGC---GCGACGUCCUUGGUCUUGUUGUGCCGACUGUGCU------UC----GCGGC-----CGGUCGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGC -......---......---((((.((.(((((((..((.(..(((((((.(((------..----..)))-----)))))))..)))..))))....))).)))))) ( -29.60) >DroPse_CAF1 1303 100 + 1 A-CUCUUU--GAUCGU---ACGACGUCCUUGGCCUUGUUGCGCCAUCUGUGCUGGGUUCUUUCGGGGGCUUGGC-CGUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCAC .-..((((--((.((.---....))))...((((..((.((((((..((.((..((((((....))))))..))-))..))))))))..))))...))))....... ( -34.20) >DroYak_CAF1 3265 102 + 1 A-UUCCAUUGUAUUUCAUUACGACGUCCUUGGCCUUGUUGCGCCACUGGUGCUGGGUCCUC----GGGCUCGGUGCCUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGC .-.....(((((......))))).......((((..((.((((((..((..(((((((...----.)))))))..))..))))))))..)))).............. ( -41.40) >DroAna_CAF1 3365 93 + 1 A-UUUAA---AAU------GCGAUGUCCUUGGCCUUGUUGCGCCAUUGGUGUUGGGUCCUC----GGACUCGGCGCCUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGU .-.....---...------(((((((....((((..((.((((((..(((((((((((...----.)))))))))))..))))))))..))))......))).)))) ( -44.70) >DroPer_CAF1 1303 100 + 1 A-CUCUUU--GAUCGU---ACGACGUCCUUGGCCUUGUUGCGCCAUCUGUGCUGGGUCCUUUCGGGGGCUUGGC-CGUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCAC .-..((((--((.((.---....))))...((((..((.((((((..((.((..((((((....))))))..))-))..))))))))..))))...))))....... ( -37.00) >consensus A_UUCAA___UAUUGC___ACGACGUCCUUGGCCUUGUUGCGCCAUCGGUGCUGGGUCCUC____GGGCUCGGC_CCUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGC ..............................((((..((.((((((..((.(((((((((......))))))))).))..))))))))..)))).............. (-31.76 = -31.42 + -0.34)
| Location | 7,049,296 – 7,049,407 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.69 |
| Mean single sequence MFE | -51.42 |
| Consensus MFE | -40.54 |
| Energy contribution | -41.05 |
| Covariance contribution | 0.51 |
| Combinations/Pair | 1.37 |
| Mean z-score | -3.99 |
| Structure conservation index | 0.79 |
| SVM decision value | 1.68 |
| SVM RNA-class probability | 0.971719 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7049296 111 + 27905053 UUGGCCUUGUUGCGCCACUGGUGCUGGGUCCUC----GGGCUCGGUGCCUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGCGCUGUGGU-UUUCAAUGCACGGUUUAGGGAUGCAACG ..((((..((.((((((..((..(((((((...----.)))))))..))..))))))))..))))......((((((..((((((..-........))))))....)))))).... ( -52.00) >DroVir_CAF1 2863 100 + 1 UUGGUCUUGUUGUGCCGACUGUGCU------UC----GCGGC-----CGGUCGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGCGCUGUGCC-CCUCAAUGCACAGUUCAUGAAUGCAACG ..((((..((.(..(((((((.(((------..----..)))-----)))))))..)))..))))......(((((((.(((((((.-.......)))))))...))))))).... ( -45.00) >DroPse_CAF1 1325 114 + 1 UUGGCCUUGUUGCGCCAUCUGUGCUGGGUUCUUUCGGGGGCUUGGC-CGUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCACGCUGUGUC-UCUCGAUGCACAGUUAAGGAAUGCAACG ..((((..((.((((((..((.((..((((((....))))))..))-))..))))))))..))))......((((((..(((((((.-.......)))))))....)))))).... ( -50.70) >DroMoj_CAF1 2867 101 + 1 UUGGUCUUGUUGCGCCGGCUGUGCC------UC----ACGGC-----CGGCCGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGCGCUGUGAUUUGUCGAUGCACAGUUUAUGGAUGCAACG ..((((..((.((((((((((.(((------..----..)))-----))))))))))))..))))......(((((((.(((((((((....))).))))))...))))))).... ( -48.40) >DroAna_CAF1 3383 110 + 1 UUGGCCUUGUUGCGCCAUUGGUGUUGGGUCCUC----GGACUCGGCGCCUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGUGCUG-GGC-UCUCAAUGUCCGGUUAAGGAGUGCAACG ..((((..((.((((((..(((((((((((...----.)))))))))))..))))))))..))))......((((((.(((((-(((-.......)))))))..).)))))).... ( -58.90) >DroPer_CAF1 1325 114 + 1 UUGGCCUUGUUGCGCCAUCUGUGCUGGGUCCUUUCGGGGGCUUGGC-CGUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCACGCUGUGUC-UCUCGAUGCACAGUUAAGGAAUGCAACG ..((((..((.((((((..((.((..((((((....))))))..))-))..))))))))..))))......((((((..(((((((.-.......)))))))....)))))).... ( -53.50) >consensus UUGGCCUUGUUGCGCCAUCUGUGCUGGGUCCUC____GGGCU_GGC_CGUUUGGUGCGCCUGGCCUAAAAAGCAUUCGCGCUGUGGC_UCUCAAUGCACAGUUAAGGAAUGCAACG ..((((..((.((((((..((.(((((((((......))))))))).))..))))))))..))))......((((((..((((((...........))))))....)))))).... (-40.54 = -41.05 + 0.51)
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