Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,978,029 – 6,978,149 |
Length | 120 |
Max. P | 0.938246 |
Location | 6,978,029 – 6,978,149 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.75 |
Mean single sequence MFE | -37.49 |
Consensus MFE | -28.97 |
Energy contribution | -29.81 |
Covariance contribution | 0.84 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -2.24 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 1.29 |
SVM RNA-class probability | 0.938246 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6978029 120 - 27905053 UCCAUUUAUCAUGCUAAACCCGUGAUCGGUUUGCCGAUCUUUAGUGAUCAGUUUUUCAACAUGGCUCAUGCCGAGCAAAACGGCUAUGGCAUAAUGCUGGACUUCAAGACGCUGAAUGCC ((((..(((.((((((...((((..(((((..(((((((......)))).(((....)))..)))....))))).....))))...)))))).))).)))).........((.....)). ( -33.50) >DroPse_CAF1 48154 120 - 1 UCCAUAUAUCAUGGCAAGCCCGUCAUCGGUCUGCCGAUCUUCAGCGAUCAGUUCUUCAAUAUGGCCCACGCCGAACAGACCGGCUAUGGUAUUAUGUUGAACUUCAAGUCACUGAAGGCU ...........(((((.(.(((....))).)))))).(((((((.(((..(...((((((((((((...((((.......))))...)))..)))))))))...)..))).))))))).. ( -37.80) >DroEre_CAF1 17331 120 - 1 UCCAUUUAUCAUGGCAAACCCGUGAUCGGAUUGCCGAUCUUCAGUGAUCAGUUCUUUAACAUGGCUCAUGCCGAGCAAACCGGCUAUGGCAUCAUGCUGGACUUCAAGACGCUGAAUGCC ............((((.......((((((....))))))(((((((.((.((((........(((....)))))))...(((((.(((....)))))))).......))))))))))))) ( -37.70) >DroAna_CAF1 14054 120 - 1 UCCAUUUAUCAUGGCAAGCCAGUGAUUGGUUUGCCAAUCUUCAGUGAUCAGUUCUUCAAUAUGGCUCAUGCUGAGCAAGCGGGAUACGGUAUCAUGUUGGACUUUAAGAAUUUGAAGGCU ...........(((((((((((...))))))))))).(((((((..........(((((((((((((.....))))..((.(....).))..)))))))))..........))))))).. ( -36.45) >DroPer_CAF1 48942 120 - 1 UCCAUAUAUCAUGGAAAGCCCGUCAUCGGUCUGCCGAUCUUCAGUGAUCAGUUCUUCAAUAUGGCCCACGCCGAACAGACCGGCUAUGGUAUUAUGUUGGACUUCAAGUCACUGAAGGCU (((((.....))))).((((....(((((....))))).(((((((((..(...((((((((((((...((((.......))))...)))..)))))))))...)..))))))))))))) ( -42.00) >consensus UCCAUUUAUCAUGGCAAGCCCGUGAUCGGUUUGCCGAUCUUCAGUGAUCAGUUCUUCAAUAUGGCUCAUGCCGAGCAAACCGGCUAUGGUAUCAUGUUGGACUUCAAGACACUGAAGGCU ...........(((((((((.......))))))))).(((((((((........((((((((((((...((((.......))))...)))..)))))))))........))))))))).. (-28.97 = -29.81 + 0.84)
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