Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,923,900 – 6,924,005 |
Length | 105 |
Max. P | 0.605036 |
Location | 6,923,900 – 6,924,005 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.72 |
Mean single sequence MFE | -35.17 |
Consensus MFE | -21.25 |
Energy contribution | -23.13 |
Covariance contribution | 1.88 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -2.30 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.605036 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6923900 105 - 27905053 --GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCGAG------UAUUUGCGUUUGGCUAUUUCCAAAUGUUGCUCGUCCUUGAUGAGCAAUGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC --((((((((((.....(((....(((((..(((((.------...)))))..)))))....))).((((((((((((...))))))))))))....)))).))))))..... ( -40.00) >DroSec_CAF1 72666 105 - 1 --GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCGAG------UAUUUGCGUUUGGCUAUUUCCAAAUGUUGCUCGUCCUCGAUGGGCAAUGUAAUAAGGCUUUGCCCGCAUC --(((((..........)))))...(((..(..((((------((...((((((((......))))))))))))))..)..)))((((((.((......)).))))))..... ( -37.90) >DroSim_CAF1 72917 105 - 1 --GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCGAG------UAUUUGCGUUUGGCUAUUUCCAAAUGUUGCUCGUCCUCGAUGGGAAACGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC --((((((((((.(((.((.(((..(((..(..((((------((...((((((((......))))))))))))))..)..))))))...)).))).)))).))))))..... ( -38.90) >DroEre_CAF1 74562 111 - 1 --GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCCAGUACGAGUAUUUGCGUUUGGCUAUUUUCAAAUGUUGCUUGUCCUCGAUGGGAAAUGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC --((((((((((....((((((........).)))))..((((((...((((((((......))))))))))))))((((....)))).........)))).))))))..... ( -35.50) >DroYak_CAF1 74531 105 - 1 --GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCCAG------UAUUUGCGUUUGGCUAUUUUCAAAUGUUGCUCGUCCUCGAUGGGCAAUGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC --((((((((((....((((((........).)))))------...((((((((((......))))))((((((((((...))))))))))))))..)))).))))))..... ( -37.70) >DroAna_CAF1 70605 84 - 1 CGGGCCAAGU--GGUUCUGGCUAAGGUCGAGUGCGAA------UAUUUGCGUUUGCUUAUUUUGA---------------------AUAAGGUAAUAAGCCAAUGGACGCAUC .(((((....--)))))((((....)))).(((((..------((((.((..((((((.......---------------------...))))))...)).))))..))))). ( -21.00) >consensus __GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCGAG______UAUUUGCGUUUGGCUAUUUCCAAAUGUUGCUCGUCCUCGAUGGGCAAUGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC ..((((((((((.....(((....(((((..((((((........))))))..)))))....))).(((((.((((((...)))))).)))))....)))).))))))..... (-21.25 = -23.13 + 1.88)
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