Locus 2508

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	6,842,225 – 6,842,357
Length	132
Max. P	0.900418

overview

Window 0

Location	6,842,225 – 6,842,322
Length	97
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.55
Mean single sequence MFE	-35.33
Consensus MFE	-26.28
Energy contribution	-29.37
Covariance contribution	3.09
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.67
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	1.01
SVM RNA-class probability	0.900418
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6842225 97 + 27905053
UUAUUAUUACUAUUACGACCCACCGACGUUGCUGCCCCGCUGUUGUGGCACAUUUCUGAG----------CAACAAUACGGGGCCGUGCAACAACACAAGUUAUUUA
...............((......))..(((((.((((((.((((((.((.((....)).)----------).))))))))))))...)))))............... ( -29.10)
>DroSec_CAF1 4396 107 + 1
UUAUUAUUACUAUUACGACCCACCGACGUUGCUGCCCCGCUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGGCCGUGCAACAACACAAGUUAUUUA
...............((......))..(((((.((((((.((((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))))...)))))............... ( -38.20)
>DroSim_CAF1 4414 107 + 1
UUAUUAUUACUAUUACGACCCACCGACGUUGCUGCCCCGCUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGGCCGUGCAACAACACAAGUUAUUUA
...............((......))..(((((.((((((.((((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))))...)))))............... ( -38.20)
>DroEre_CAF1 4483 103 + 1
UUAUUAUUACUAUUACGAC----CGACGUUGCUGCCCCGUUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGGCCAUGCAACAACACAAGUUAUUUA
...................----....(((((.(((((((.(((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))))...)))))............... ( -38.10)
>DroYak_CAF1 4627 103 + 1
UUAUUAUUACUAUUACGAC----CGACGUUGCUGCCCCGUUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGGCCAUGCAACAACACAAGUUAUUUA
...................----....(((((.(((((((.(((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))))...)))))............... ( -38.10)
>DroAna_CAF1 4055 94 + 1
CUAUUAUUAUUAUUACGAC-UACGGGUGUUGUUG------------GCCACAUUUUGGAGCACGGAAGUGCAACAAUAAGGGGCCAAGCAACAACGCAAGAUAUUUU
...................-..(..(((((((((------------(((.....(((..((((....))))..))).....)))))....)))))))..)....... ( -30.30)
>consensus
UUAUUAUUACUAUUACGAC_CACCGACGUUGCUGCCCCGCUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGGCCAUGCAACAACACAAGUUAUUUA
...........................(((((.((((((.((((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))))...)))))............... (-26.28 = -29.37 +   3.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	6,842,260 – 6,842,357
Length	97
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.22
Mean single sequence MFE	-31.07
Consensus MFE	-17.56
Energy contribution	-19.09
Covariance contribution	1.53
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.629443
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6842260 97 + 27905053
CCCGCUGUUGUGGCACAUUUCUGAG----------CAACAAUACGGGG-------CCGUGCAACAACACAAGUUAUUUACUA--AGGCGAAAAUAG--GACCAGCAAAAUGGGCGAAA
((((.((((((.((.((....)).)----------).))))))))))(-------(((((......))).(((.....))).--.)))........--..(((......)))...... ( -25.60)
>DroSec_CAF1 4431 105 + 1
CCCGCUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGG-------CCGUGCAACAACACAAGUUAUUUACUA--AGGCGAAAAUAG--GACCAGCAAAAUGGGC--AA
((((.((((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))(-------(((((......))).(((.....))).--.)))........--..(((......)))..--.. ( -34.70)
>DroSim_CAF1 4449 105 + 1
CCCGCUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGG-------CCGUGCAACAACACAAGUUAUUUACUA--AGGCGAAAAUAG--GACCAGCAAAAUGGGC--AA
((((.((((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))(-------(((((......))).(((.....))).--.)))........--..(((......)))..--.. ( -34.70)
>DroEre_CAF1 4514 105 + 1
CCCGUUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGG-------CCAUGCAACAACACAAGUUAUUUACUA--AGGCGAAAGUGG--GAUGAACAAAAUGGGC--GA
(((((.(((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))(-------((.............(((.....))).--..((....))..--.............)))--.. ( -32.30)
>DroYak_CAF1 4658 105 + 1
CCCGUUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGG-------CCAUGCAACAACACAAGUUAUUUACUA--AGGCGAAAGUGG--GAUGAGCAAAAUGGGC--GA
(((((.(((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))(-------((.(((.........(((.....))).--..((....))..--.....))).....)))--.. ( -34.40)
>DroPer_CAF1 5581 113 + 1
--UGUUGUUGUGGCACAUUUCAAAGCAGGAAAGUGCAACACAAAAGGGGAGUCCCCUCUGCAGCAA-ACAAGUUAUUUACAAGAAGGAAAAAAUGGUGGAGGUGGAAAGUGCAA--GG
--..((((.((.((((.((((......)))).)))).))))))...(.(..(((((((..((((..-....))).(((........)))......)..)))).)))...).)..--.. ( -24.70)
>consensus
CCCGCUGUUGUGGCACAUUUCGGAGCACGGAAGUGCAACAAUACGGGG_______CCGUGCAACAACACAAGUUAUUUACUA__AGGCGAAAAUAG__GACCAGCAAAAUGGGC__AA
((((.((((((.((((.(((((.....))))))))).))))))))))........((((.............((((((.(........).))))))............))))...... (-17.56 = -19.09 +   1.53)

alignment

secondary structure

dotplot

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