Locus 2495

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	6,827,161 – 6,827,377
Length	216
Max. P	0.999686

overview

Window 7

Location	6,827,161 – 6,827,265
Length	104
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.10
Mean single sequence MFE	-27.30
Consensus MFE	-25.50
Energy contribution	-25.53
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.24
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	0.78
SVM RNA-class probability	0.847882
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6827161 104 - 27905053
AGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUCUGCGCCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUUUUCUGUGCCAGCUCAACUGCUCAA----------------
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>DroSec_CAF1 86253 102 - 1
AGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUUUUCUGUGCCAGCUCAACUGCUCAA----------------
...((((........))))........--.((((((...(((((....)))))((((((((........)))))(((((.....))))).)))..))))))...---------------- ( -26.80)
>DroSim_CAF1 92118 102 - 1
AGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUUUUCUGUGCCAGCUCAACUGCUCAA----------------
...((((........))))........--.((((((...(((((....)))))((((((((........)))))(((((.....))))).)))..))))))...---------------- ( -26.80)
>DroEre_CAF1 71191 102 - 1
AGCGCCAUGGAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUUUUCUGUGCCAGCUCAACUGCUCAA----------------
...((((.(....).))))........--.((((((...(((((....)))))((((((((........)))))(((((.....))))).)))..))))))...---------------- ( -27.50)
>DroYak_CAF1 84501 118 - 1
AGCGCCAUGGAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUUUUCUGUGCCAGCUCAACUGCUCAACUGCUCAACUGGUUCA
.(.((((..((((...((........)--)((((((...(((((....)))))((((((((........)))))(((((.....))))).)))..)))))).....))))...)))).). ( -31.80)
>DroAna_CAF1 42751 100 - 1
AGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC--UGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGUAUUUUCUGUGCCAGCUCAACUGCUU------------------
...((((........))))........--.((((((...(((((....)))))((((((((........)))))(((((.....))))).)))..)))))).------------------ ( -24.70)
>consensus
AGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC__CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUUUUCUGUGCCAGCUCAACUGCUCAA________________
...((((........))))...........((((((...(((((....)))))((((((((........)))))(((((.....))))).)))..))))))................... (-25.50 = -25.53 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	6,827,185 – 6,827,303
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.27
Mean single sequence MFE	-28.07
Consensus MFE	-25.47
Energy contribution	-25.63
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.04
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	0.00
SVM RNA-class probability	0.535897
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6827185 118 + 27905053
AAUGCCACAAUUUGUAUGCAUUAUGCUUGCUACGAGUAACAGAUACUGGCGCAGAGAUAUAGCCAAGGCUUCAUGGCGCUUGGCGCAGCAG--AACUAAGCCAAAAAUGCCACAAAACAU
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>DroSec_CAF1 86277 116 + 1
AAUGCCACAAUUUGUAUGCAUUAUGCUUGCUACGAGUAACAGAUACUGCCG--GAGAUAUAGCCAAGGCUUCAUGGCGCUUGGCGCAGCAG--AACUAAGCCAAAAAUGCCACAAAACAU
..........(((((..(((((.((((.((..((.(((........)))))--........(((((((((....))).))))))))))))(--........)...))))).))))).... ( -27.70)
>DroSim_CAF1 92142 116 + 1
AAUGCCACAAUUUGUAUGCAUUAUGCUUGCUACGAGUAACAGAUACUGCCG--GAGAUAUAGCCAAGGCUUCAUGGCGCUUGGCGCAGCAG--AACUAAGCCAAAAAUGCCACAAAACAU
..........(((((..(((((.((((.((..((.(((........)))))--........(((((((((....))).))))))))))))(--........)...))))).))))).... ( -27.70)
>DroEre_CAF1 71215 116 + 1
AAUGCCACAAUUUGUAUGCAUUAUGCUUGCUACGAGUAACAGAUACUGCCG--GAGAUAUAGCCAAGGCUCCAUGGCGCUUGGCGCAGCAG--AACUAAGCCAAAAAUGCCACAAAACAU
..........(((((..(((((.((((.((..((.(((........)))))--........(((((((((....))).))))))))))))(--........)...))))).))))).... ( -26.90)
>DroYak_CAF1 84541 118 + 1
AAUGCCACAAUUUGUAUGCAUUAUGCUUGCUACGAGUAACAGAUACUGCCG--GAGAUAUAGCCAAGGCUCCAUGGCGCUUGGCGCAGCAGAGAACUAAGCCAAAAAUGCCACAAAACAU
..........(((((..(((((.((((.((..((.(((........)))))--........(((((((((....))).))))))))))))..(........)...))))).))))).... ( -26.90)
>DroAna_CAF1 42773 116 + 1
AAUACCACAAUUUGUAUGCAUUAUGCUUGCUACGAGUAACAGAUACUGCCA--GAGAUAUAGCCAAGGCUUCAUGGCGCUUGGCGCUGCAG--AACUAAGCCAAAAAUGCCACAAAACAU
..........(((((..(((((.((((((...)))))).......((((.(--(.......(((((((((....))).)))))).))))))--............))))).))))).... ( -28.80)
>consensus
AAUGCCACAAUUUGUAUGCAUUAUGCUUGCUACGAGUAACAGAUACUGCCG__GAGAUAUAGCCAAGGCUUCAUGGCGCUUGGCGCAGCAG__AACUAAGCCAAAAAUGCCACAAAACAU
..........(((((..(((((.((((((...)))))).......(((((.....).....(((((((((....))).))))))...))))..............))))).))))).... (-25.47 = -25.63 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	6,827,185 – 6,827,303
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.27
Mean single sequence MFE	-34.74
Consensus MFE	-35.30
Energy contribution	-35.27
Covariance contribution	-0.03
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.75
Structure conservation index	1.02
SVM decision value	3.89
SVM RNA-class probability	0.999686
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6827185 118 - 27905053
AUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUCUGCGCCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUU
..((((..((((...((((((.(((..--...))).)))))).))))..))))....((((((...(((((..((((.....)))))))))...((.....))........))))))... ( -35.70)
>DroSec_CAF1 86277 116 - 1
AUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUU
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>DroSim_CAF1 92142 116 - 1
AUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUU
..((((..((((...((((((.(((..--...))).)))))).))))..))))....((((((....--..(((.(((((((((....)))).)).))).)))........))))))... ( -34.94)
>DroEre_CAF1 71215 116 - 1
AUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGGAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUU
..((((..((((...((((((.(((..--...))).)))))).))))..))))....((((((....--..(((.(((((((((....)))).)).))).)))........))))))... ( -35.34)
>DroYak_CAF1 84541 118 - 1
AUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUUCUCUGCUGCGCCAAGCGCCAUGGAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUU
..((((..((((...((((((.((((.....)))).)))))).))))..))))....((((((....--..(((.(((((((((....)))).)).))).)))........))))))... ( -36.44)
>DroAna_CAF1 42773 116 - 1
AUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCAGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC--UGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGUAUU
....(((((((((((....((((....--((((...((((((.((......))))))))........--((((((...))))))...)))).))))..))))).)))))).......... ( -31.10)
>consensus
AUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU__CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC__CGGCAGUAUCUGUUACUCGUAGCAAGCAUAAUGCAUACAAAUUGUGGCAUU
..((((..((((...((((((.((((.....)))).)))))).))))..))))....((((((........(((.(((((((((....)))).)).))).)))........))))))... (-35.30 = -35.27 +  -0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	6,827,225 – 6,827,343
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.27
Mean single sequence MFE	-35.14
Consensus MFE	-33.67
Energy contribution	-33.78
Covariance contribution	0.11
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.74
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	2.80
SVM RNA-class probability	0.997129
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6827225 118 - 27905053
GUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUCUGCGCCAGUAUCU
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>DroSec_CAF1 86317 116 - 1
GUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCU
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>DroSim_CAF1 92182 116 - 1
GUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCU
...(((....(((((........)))))((.(((((((.((.((((..((((...((((((.(((..--...))).)))))).))))..)))).)).))))))).))--.)))....... ( -34.60)
>DroEre_CAF1 71255 116 - 1
GUGGCUAAGAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGGAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCU
(((((((((.(((((........)))))..............((((..((((...((((((.(((..--...))).)))))).))))..))))))))))))).....--........... ( -35.00)
>DroYak_CAF1 84581 118 - 1
GUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUUCUCUGCUGCGCCAAGCGCCAUGGAGCCUUGGCUAUAUCUC--CGGCAGUAUCU
...(((....(((((........)))))((.(((((((.((.((((..((((...((((((.((((.....)))).)))))).))))..)))).)).))))))).))--.)))....... ( -36.10)
>DroAna_CAF1 42813 116 - 1
GUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCAGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC--UGGCAGUAUCU
...((((...(((((........)))))((.(((((((.((.((((..((((...((((((......--.......)))))).))))..)))).)).))))))).))--))))....... ( -31.92)
>consensus
GUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU__CUGCUGCGCCAAGCGCCAUGAAGCCUUGGCUAUAUCUC__CGGCAGUAUCU
...(((....(((((........)))))((.(((((((.((.((((..((((...((((((.((((.....)))).)))))).))))..)))).)).))))))).))...)))....... (-33.67 = -33.78 +   0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	6,827,265 – 6,827,377
Length	112
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.07
Mean single sequence MFE	-32.47
Consensus MFE	-26.37
Energy contribution	-26.90
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.05
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.598092
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6827265 112 - 27905053
GGGAGAGAUAGUGGCGCAGGAAGUGAGACA------GCAAGUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCA
...........(((((((((((.((((.((------((.....)))...........((((((((((..(.((((.....)))).)..).)))))))))))))).))--)..)))))))) ( -32.60)
>DroSec_CAF1 86355 112 - 1
GGGAGAGAUAGUGGCGCAGGGAGUGAGACA------GCAAGUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCA
...........(((((((((((((......------))....((((((((((((.(((....)))((..(.((((.....)))).)..))))))))))))))....)--)).)))))))) ( -32.60)
>DroSim_CAF1 92220 112 - 1
GAGAGAGAUAGUGGCGCAGGGAGUGAGACA------GCAAGUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCA
...........(((((((((((((......------))....((((((((((((.(((....)))((..(.((((.....)))).)..))))))))))))))....)--)).)))))))) ( -32.60)
>DroEre_CAF1 71293 118 - 1
GGGAGAGAUAGUGGCCCAGAGAGUGAGACAGCAAGAGCAAGUGGCUAAGAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCUGCGCCA
(((...........)))...(.(((...(((((.((((....((((((((((((.(((....)))((..(.((((.....)))).)..))))))))))))))..)))--)))))))))). ( -32.10)
>DroYak_CAF1 84619 120 - 1
GGGAGAGAUAGUGGCGCAGAGAGUGAGACGGCAACAGCAAGUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUUCUCUGCUGCGCCA
...........((((((((((((...((((....).......((((((((((((.(((....)))((..(.((((.....)))).)..))))))))))))))..))))))).)))))))) ( -38.30)
>DroAna_CAF1 42851 113 - 1
GGGAGAUAGAAAGACGCACACACU-CGCUUGCA----AAAGUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU--CUGCAGCGCCA
(((((.................))-)(((.(((----.((.(((((((((((((.(((....)))((..(.((((.....)))).)..))))))))))))).)).))--.)))))).)). ( -26.63)
>consensus
GGGAGAGAUAGUGGCGCAGAGAGUGAGACA______GCAAGUGGCUAAAAGUGUACGUAAAAAUGCAUGAUAUAUGGUAAAUGUUUUGUGGCAUUUUUGGCUUAGUU__CUGCUGCGCCA
............(((((((.......................((((((((((((.(((....)))((..(.((((.....)))).)..))))))))))))))(((....)))))))))). (-26.37 = -26.90 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

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