Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 940,520 – 940,633 |
Length | 113 |
Max. P | 0.871867 |
Location | 940,520 – 940,633 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 5 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.73 |
Mean single sequence MFE | -30.65 |
Consensus MFE | -23.32 |
Energy contribution | -24.24 |
Covariance contribution | 0.92 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.07 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 0.87 |
SVM RNA-class probability | 0.871867 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 940520 113 - 27905053 GUCGCAUGUUCUUGGCAUUUAAUGAGUGCUACGCACAUGAAAAAAUGUUGUGGCAACUAUUGAUUUUCUAAUCGUUUGCGGUCAAUUUAUUGAACUCCCCAAUUAUGCGGCAC ((((((((...((((..((((((((((((((((.((((......))))))))))................((((....))))..))))))))))....)))).)))))))).. ( -32.80) >DroSec_CAF1 29579 110 - 1 GUCGCAUGUUCUUGGCAUUUAAUGAGUGCUACGCACAUGGAAAAAUG---UGGAAAAUAUUGAUUUUCUAAUCGUUUGCGGUCAAUUUAUUGAACUCCCCAAUUAUGCGGCAC ((((((((...((((..((((((((((....((((.((((.......---((((((((....)))))))).)))).))))....))))))))))....)))).)))))))).. ( -32.80) >DroSim_CAF1 35523 113 - 1 GUCGCAUGUUCUUGGCAUUUAAUGAGUGCUACGCACAUGGAAAAAUGUUGUGGCAAGUAUUGAUUUUCUAAUCGUUUGCGGUCAAUUUAUUGAACUCCCCAAUUAUGCGGCAC ((((((((...((((..((((((((((((((((.((((......))))))))))..(((.(((((....)))))..))).....))))))))))....)))).)))))))).. ( -34.70) >DroEre_CAF1 30288 113 - 1 GUCGCAUGUUCUUGGCAUUUAAUGAGUGCUACGCACACGGAGAAAACUAGUGGCAAGUAUCGAUUUUCUAAUCGUUUGCGGUCAAUUUAUUGAGCUCCCCAAUUAUACGGCAC ((((..(((.(.((((((((...)))))))).).))).((((........((((..(((.(((((....)))))..))).))))..........)))).........)))).. ( -26.67) >DroYak_CAF1 50166 107 - 1 ------UGUUCUUGGCAUUUAAUGAGUGCUACGCACACGGAAAGAAGUAUUGGCAAGUAUUGAUUUUCUAUUCGUAUGCGGCCAAUUUAUUGAACUCCCCAAUUAUAUAGCAC ------(((..((((..((((((((((....((((.(((((.(((((.((..(......)..))))))).))))).))))....))))))))))....))))..)))...... ( -26.30) >consensus GUCGCAUGUUCUUGGCAUUUAAUGAGUGCUACGCACAUGGAAAAAUGUAGUGGCAAGUAUUGAUUUUCUAAUCGUUUGCGGUCAAUUUAUUGAACUCCCCAAUUAUGCGGCAC ((((((((...((((..((((((((((....((((.((((..........(((.((((....)))).))).)))).))))....))))))))))....)))).)))))))).. (-23.32 = -24.24 + 0.92)
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