Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,720,678 – 6,720,785 |
Length | 107 |
Max. P | 0.680815 |
Location | 6,720,678 – 6,720,785 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.82 |
Mean single sequence MFE | -54.40 |
Consensus MFE | -31.84 |
Energy contribution | -33.90 |
Covariance contribution | 2.06 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -2.01 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.31 |
SVM RNA-class probability | 0.680815 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6720678 107 - 27905053 GGUGGAUGGCAGUUGGCUAUAGGCCGGAGCUCCUCCUGCUGCUGCACCGCCUGUU---GGCGGGGCGGCGACCACUCCGGCCGGCGGUGGUGUGAGGGCAAGGAGCGAGU (((..(((((.....)))))..)))...((((((((((((..(((((((((.(((---(((((((.((...)).)))).)))))))))))))))..))).))))).)))) ( -58.00) >DroSec_CAF1 5068 107 - 1 GGUGGAUGUCAGUUGGCUAUAGGCAGGAGCUCCUCCUGCUGCUCCACCGCCUGUU---GGCGGAGCGGCGACCACUCCGGCCGGCGGUGGUGUGAGCGCCAGGAGCGAGU (((.(((....))).)))..........((((((((((.((((((((((((.(((---(((((((.((...)).)))).))))))))))))).))))).)))))).)))) ( -58.00) >DroSim_CAF1 5049 107 - 1 GGUGGAUGGCAGUUGGCUAUAGGCCGGAGCUCCUCCUGCUGCUCCACCGCCUGUU---GGCGGGGCGGCGACCACUCCGGUCGGCGGUGGUGUGAGCGCAAGGAGCGAGU (((..(((((.....)))))..)))...(((((((((((.(((((((((((.(((---(((((((.((...)).)))).))))))))))))).)))))).))))).)))) ( -59.00) >DroEre_CAF1 5169 110 - 1 GGUGGAUGGCAGUUGGCUGUAUCCCGGUGCUCCUCCUGCUGCUGCACCAGCUGUUGGUGGCGGAGCGGCGACCACUCCGGCCGGCGGUGGUGUGAGGGCAAGGAGCGAGU .(.(((((.(((....)))))))))...((((((((((((..(((((((.((((((((..(((((.((...)).))))))))))))))))))))..))).))))).)))) ( -55.30) >DroYak_CAF1 5170 110 - 1 CGUGGAUGGCAGUUGGCUGUAUCCCGGUGCUCCGCCUGCUGCUCCACCAGCUGUUGCUGGCGGUGCAGCGACCACUCCCGCCGGCGGUGGUGUGAGGGCAAGGAGCGAGU ((.(((((.(((....)))))))))).(((((((((((((((.((.(((((....))))).)).)))))..((((..(((....)))..))).).))))..))))))... ( -59.00) >DroAna_CAF1 4572 101 - 1 GGUGGAUGGCAGCUGACUGUAUGCUGGGACUCCUGACCCUGCUCCCC---CUGUA---GCUGGAGAUGGAGCCG---UAUUCGGUGGGGGGGUCAGUGCGAGUAGAGAGU ........(((.(((((.....((.(((.(....).))).)).((((---((...---((((((.(((....))---).))))))))))))))))))))........... ( -37.10) >consensus GGUGGAUGGCAGUUGGCUAUAGGCCGGAGCUCCUCCUGCUGCUCCACCGCCUGUU___GGCGGAGCGGCGACCACUCCGGCCGGCGGUGGUGUGAGGGCAAGGAGCGAGU (((..(((((.....)))))..)))...(((((((((((((((((.((..........)).)))))))).((((((((....)).)))))).........))))).)))) (-31.84 = -33.90 + 2.06)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:33:20 2006