Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,663,851 – 6,663,971 |
Length | 120 |
Max. P | 0.871281 |
Location | 6,663,851 – 6,663,971 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.36 |
Mean single sequence MFE | -41.34 |
Consensus MFE | -25.07 |
Energy contribution | -26.18 |
Covariance contribution | 1.11 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.10 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.87 |
SVM RNA-class probability | 0.871281 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6663851 120 - 27905053 ACAGAAUGCCAAUUAGGAGGCUGAUUGUCAGCAGUCGAUAGGCGGUCAUUGCGCCCAACCAGGGACCAAUUGGACCCAGUCGCGAUGGCCAGUGGUGCUGCAUCUGCUGGUUCUGAUGAU .((((((..(((((((....))))))).((((((..(...(((((((((((((....((..(((.((....)).))).))))))))))))......))).)..))))))))))))..... ( -45.10) >DroPse_CAF1 49987 109 - 1 ACAGAAUACCAAUUAGGAGGCUGAUUGUCAGCAAUCGAUAGGCGGUCAUUGCACUCAGCCAGGGCCCAAAAAAAGCCCAUAGAGAUUGCCAGCCUUGUUGAAUCUGUUG----------- (((((....((((...(((((((((((....)))))....(((((((...((.....))..((((.........)))).....)))))))))))))))))..)))))..----------- ( -36.00) >DroSim_CAF1 49090 120 - 1 ACAGAAUGCCAAUUAGGAGGCUGAUUGUCAGCAGUCGAUAGGCGGUCAUUGCGCCCAACCAGGGACCAAUUGGACCCACUCGCGAUGGCCAGUGGUGCUGCAUCUGCUGGUUCUGAUGAU .((((((..(((((((....))))))).((((((..(...((((((((((((((((.....))).((....)).......))))))))))......))).)..))))))))))))..... ( -44.60) >DroEre_CAF1 49675 120 - 1 ACAGAAUGCCAAUUAGGAGGCUGAUUGUCAGCAGUCGAUAGGCGGUCAUUGCGCCCAACCAGGGACCAAUUGGACCCAGUCGCGAUGGCCAGUGGUGCUGCAUCUGCUGGUUCUGGUGAU .((((((..(((((((....))))))).((((((..(...(((((((((((((....((..(((.((....)).))).))))))))))))......))).)..))))))))))))..... ( -45.30) >DroAna_CAF1 50520 103 - 1 ACAGAAUGCCAAUUAGGAGGCUGAUUGUCAGCAGCCGAUAGGCGGUCAUUGCGCCCAACCAUGGUCCGAUCGGACCCAUCCGCGAUGGCCAUCCAAGCUG---------GUU-------- .(((...(((.(((.((..((((.....))))..))))).)))((((((((((.........(((((....)))))....)))))))))).......)))---------...-------- ( -41.42) >DroPer_CAF1 57330 109 - 1 ACAGAAUACCAAUUAGAAGGCUGAUUGUCAGCAAUCGAUAGGCGGUCAUUGCACUCAGCCAGGGCCCAAAAAAAGCCCAUAGAGAUUGCCAGCCUUGUUGAAUCUGUUG----------- (((((....((((...(((((((((((....)))))....(((((((...((.....))..((((.........)))).....)))))))))))))))))..)))))..----------- ( -35.60) >consensus ACAGAAUGCCAAUUAGGAGGCUGAUUGUCAGCAGUCGAUAGGCGGUCAUUGCGCCCAACCAGGGACCAAUUGGACCCAAUCGCGAUGGCCAGCCGUGCUGCAUCUGCUGGUU________ .(((...(((.(((.((..((((.....))))..))))).)))(((((((((.(((.....))).((....))........))))))))).......))).................... (-25.07 = -26.18 + 1.11)
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