Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,658,899 – 6,658,998 |
Length | 99 |
Max. P | 0.989863 |
Location | 6,658,899 – 6,658,998 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 104 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.63 |
Mean single sequence MFE | -36.90 |
Consensus MFE | -24.60 |
Energy contribution | -24.88 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -3.12 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 2.18 |
SVM RNA-class probability | 0.989863 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6658899 99 - 27905053 UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCGCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACGGGCUUUAGUCUAUGGU-----CUAUAGUCUCUGGUCCAUAGUACGAGUAUAUCCCCAC ((((((.((.((((((.((((.(....).)))).)))))).))...)))....((((((((.-----(((.......))).)))))).))..........))). ( -34.90) >DroSec_CAF1 43654 99 - 1 UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCGCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACGGGAUAUAGUCUAUGGU-----CUAUAGUCUUUGGACCAUGGUACGAGUAUAUCCCCAC .......((.((((((.((((.(....).)))).)))))).))..(((((((((((((((((-----(((.......)))))))))).))...))))))))... ( -41.10) >DroSim_CAF1 44204 99 - 1 UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCGCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACGGGCUAUAGUCUAUGGU-----CUAUAGUCUUUGGUCCAUGGUACGAGUAUAUCCCCAC (((((((((.((((((.((((.(....).)))).)))))).))..(((((((((.(....).-----))))))))).)))))))(((...((.....)).))). ( -39.10) >DroEre_CAF1 44707 98 - 1 UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCUCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACCAGCUAUGGUCUAUGGCUAUGGCUAUGGCCUGUGCUCCAU------AGCAUAUUCCCAC .((((((((.((((((.((((.(....).)))).)))))).))...(((((((((.....))))))))).))))))(((((....------)))))........ ( -43.10) >DroYak_CAF1 44770 97 - 1 UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCUCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACCAGCCCUAGUCUAUAGCUAUGGC-AUGGUCUGUGCUCCAC------AGCAUAUUCCCAC ((((...((.((((((.((((.(....).)))).)))))).))(((((((.((((.....)))).)))-.)))).((((((....------))))))..)))). ( -37.50) >DroAna_CAF1 45276 78 - 1 UGGGCCAAGUCUGUGGUCUAGUCCCUGGUCUAGUCUGCGGUCUAUGGUCUAUGCUCUAUGGC-----UUAU----------------UCCG-----AUUCCCAU (((((((((.(((..(.((((.(....).)))).)..))).)).))))))).(((....)))-----....----------------....-----........ ( -25.70) >consensus UGGGCCAAGUCUGCGGUCUAGUCGCUGGUCUAGUCUGCGGUCUACGGGCUAUAGUCUAUGGC_____CUAUAGUCUGUGGUCCAU__UACGAGUAUAUCCCCAC ((((...((.((((((.((((.(....).)))).)))))).)).........((.((((((......)))))).)).......................)))). (-24.60 = -24.88 + 0.28)
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