Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 926,318 – 926,469 |
Length | 151 |
Max. P | 0.899123 |
Location | 926,318 – 926,437 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.80 |
Mean single sequence MFE | -39.72 |
Consensus MFE | -28.42 |
Energy contribution | -30.03 |
Covariance contribution | 1.62 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -3.12 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 1.01 |
SVM RNA-class probability | 0.899123 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 926318 119 + 27905053 CGAAAUGAUCUAUUUUUGUCAGUGUAUUAUUGUGCUAUCAUGG-UGCCGUGCUCAGUGUUCUUGUACCUAAUUGCCAUGGCUUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGAGUCCAUACUUUUG (((((........)))))..((..((....))..))...((((-..((((((((((.((...((..((((...((....))....))))..))))))))))).)))...))))....... ( -34.20) >DroSec_CAF1 15366 119 + 1 CGAAAGUCUUUAUUUUUGUCAGUGUAUUAUCGUGCUAUCAUGG-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUG (((((((..........(..((..(......)..))..)((((-(.((((((((((.(((...(((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))))))))))) ( -44.60) >DroSim_CAF1 21246 119 + 1 CGAAAGUCUCUAUUUUUGUCAGUGUAUUAUCGUGCUAUCAUGG-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUG (((((((..........(..((..(......)..))..)((((-(.((((((((((.(((...(((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))))))))))) ( -44.60) >DroEre_CAF1 16424 112 + 1 -----GGCUCU--UUUUUCCAGUGUAUUAUCGAGAUAUCAUGC-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUUUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGUAUCCAUACUUUUG -----((....--......((((((..(((....)))..))))-))((((((((((.(((...((((((((.(((....)))..)))))))))))))))))).)))...))......... ( -40.80) >DroYak_CAF1 35709 119 + 1 CGAUAGGCUCUAUUUUUGCCAGUGUAAUAUUGUGAUAUCAUGG-UGCCUUGCUUAGUGCUCUUGUGGCUAAUUGCCAUGGCAUUUUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCUAUACUUUUA .....(((.........)))((((((.(((..((....))..)-))((((((((((.(((...(((.((((.(((....)))..)))).)))))))))))))..)))...)))))).... ( -38.00) >DroAna_CAF1 13774 101 + 1 ----------UCUUUUUGUUAGUGCAGAAAC--GCUAUCAAAAUUGCCGU-------GCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUGUGGGCGCACCCUGAGCAUCGGGAUCUAUACUUUUC ----------...(((((.(((((......)--)))).)))))...((((-------((((.((((((((..(((....)))...))))))))....))))).))).............. ( -36.10) >consensus CGAAAGGCUCUAUUUUUGUCAGUGUAUUAUCGUGCUAUCAUGG_UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUG .......................................((((.(.((((((((((.((...((((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))))....... (-28.42 = -30.03 + 1.62)
Location | 926,358 – 926,469 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.50 |
Mean single sequence MFE | -47.30 |
Consensus MFE | -36.92 |
Energy contribution | -38.82 |
Covariance contribution | 1.89 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -2.69 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.37 |
SVM RNA-class probability | 0.708657 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 926358 111 + 27905053 UGG-UGCCGUGCUCAGUGUUCUUGUACCUAAUUGCCAUGGCUUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGAGUCCAUACUUUUGGGGCUCGGCUUCGGGAGCCAAGAAGAGCCGAA (((-..((((((((((.((...((..((((...((....))....))))..))))))))))).)))...)))..(((((..(((((..(....)))))).)))))....... ( -42.40) >DroSec_CAF1 15406 111 + 1 UGG-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUGGGGCUCGGCUACGGGAGCCAAGAAGAGCCGAA (((-(.((((((((((.(((...(((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))).........(((((((((.....)))).....)))))... ( -50.70) >DroSim_CAF1 21286 111 + 1 UGG-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUGGGGCUCGGCUACGGGAGCCAAGAAGAGCCGAA (((-(.((((((((((.(((...(((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))).........(((((((((.....)))).....)))))... ( -50.70) >DroEre_CAF1 16457 111 + 1 UGC-UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUUUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGUAUCCAUACUUUUGGGGCCCGGCUACGGGAGCCGAGAAGCGCCGAA .((-((((((((((((.(((...((((((((.(((....)))..)))))))))))))))))).))))........((((((..((((....))))..)))))))))...... ( -54.60) >DroYak_CAF1 35749 111 + 1 UGG-UGCCUUGCUUAGUGCUCUUGUGGCUAAUUGCCAUGGCAUUUUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCUAUACUUUUAAGGUUCGGCUACUGGAGCCAAGAAGGGCCGAA .((-(.((((((((((.(((...(((.((((.(((....)))..)))).))))))))))))....((((((.........))))))((((.....))))...)))))))... ( -39.50) >DroAna_CAF1 13802 105 + 1 AAAUUGCCGU-------GCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUGUGGGCGCACCCUGAGCAUCGGGAUCUAUACUUUUCGGGCACGGCAACGGGAGCCCAGAAGAGCCAAA ......((((-------((((.((((((((..(((....)))...))))))))....))))).)))........((((((((((.((....))...)))).))))))..... ( -45.90) >consensus UGG_UGCCGUGCUCAGUGCUCUUGUGCCUAAUUGCCAUGGCAUUCUGGGCGCAGCCUGAGCAUCGGGAUCCAUACUUUUGGGGCUCGGCUACGGGAGCCAAGAAGAGCCGAA (((.(.((((((((((.((...((((((((..(((....)))...))))))))))))))))).))).).))).........(((((((((.....)))).....)))))... (-36.92 = -38.82 + 1.89)
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