Locus 2314

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,580,765 – 6,580,870
Length 105
Max. P 0.596201
window3738

overview

Window 8

Location 6,580,765 – 6,580,870
Length 105
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.69
Mean single sequence MFE -30.92
Consensus MFE -16.75
Energy contribution -17.50
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.596201
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6580765 105 - 27905053
--------AUUAAAAUGUUAUCAUUU--AUG----CUAUGAACUUCCCCAUUCUAGCAUCUGCGGUCCAUUUGCGGUCGUGGUCAGCUACCUGGCCGAGUUCCAUGGCAAAAAGCAUCG
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>DroSec_CAF1 57692 111 - 1
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>DroSim_CAF1 57744 111 - 1
UGCCUACUAUUAAAAUGUAAUCGUUA--AUG----CUAUGACCUUC--CAUUCUAGCAUCUGCGGUCCAUUUGCGGUUGUGGUCAGCUACCUGGCCGAGUUCCAUGGCAAAAAGCACCG
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>DroEre_CAF1 61394 111 - 1
UUUUUAGUUUUUGCAUGUGCUUAUUA--AUG----CUAUGAGCUUC--CUAUCCAGCAUCUGCGGUCCAUUUGCGGUCGUGGUCAGCUACCUGGCCGAGUUCCAUGGCAAAAAGCAUCG
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>DroYak_CAF1 60936 102 - 1
UUUUUAGUUUUUACAUGU-----UUA--AUG----CUAUGAGCUUU--CU----AGCAUCUGCGGUCCAUUUGCGGUCGUGGUCAGCUACCUGGCCGAGUUCCAUGGCAAAAAGCACCG
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>DroMoj_CAF1 106447 103 - 1
----UGC--------UGUCCUUGGCCCAAUUAUAUCUACUACCUUC--C--UGCAGUAUCUGCGGCCCCUUUGCGGUUGUCAUCAGCUAUCUGGCCGAGUUCCAUGGCCAGAAGCACAG
----..(--------(((....((((......((.....)).....--.--.((((...)))))))).....(((((((....))))).((((((((.......)))))))).)))))) ( -27.70)
>consensus
U___UACUAUUAAAAUGUAAUCAUUA__AUG____CUAUGAACUUC__CAUUCUAGCAUCUGCGGUCCAUUUGCGGUCGUGGUCAGCUACCUGGCCGAGUUCCAUGGCAAAAAGCACCG
...................................((((((((((..........((..((((((.....))))))..))((((((....))))))))))).)))))............ (-16.75 = -17.50 +   0.75)

alignment

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secondary structure

Postscript

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