Locus 2298

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	6,541,052 – 6,541,158
Length	106
Max. P	0.827926

overview

Window 4

Location	6,541,052 – 6,541,158
Length	106
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.88
Mean single sequence MFE	-43.85
Consensus MFE	-28.38
Energy contribution	-29.50
Covariance contribution	1.12
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.70
SVM RNA-class probability	0.827926
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6541052 106 + 27905053
ACCAGUGUCCGUGCAAUGGUCUGCUGGCCAUUGUCAUCGUGGAGGUGAUAGUGAUAUUUGUGAAUUGCCACCGGUGG-GCUCGUCUAUCGAUGCUCUGGAUGACUGG
.(((((((((..(((((((((....)))))))))((((((((..((.((((......))))..))..)))).(((((-(....))))))))))....)))).))))) ( -39.50)
>DroSec_CAF1 17948 106 + 1
ACCAGUGUCCGUGCAAUGGCCUGUUGGCCAUUGUCAUCGUGGAGGUGAUCGUCAUCUUUGUGAAUUGCCACCGUUGG-GCUCGUCUAUCGAUGCUCUGGAUGGCUGG
.((((((((((((((((((((....))))))))...(((..((((((.....))))))..))).....)))....((-(((((.....))).)))).)))).))))) ( -44.50)
>DroSim_CAF1 17381 106 + 1
ACCAGUGUCCGUGCAAUGGCCUGUUGGCCAUUGUCAUCGUGGAGGUGAUCGUCAUCUUUGUGAAUUGCCACCGGUGG-GCGCGUCUAUCGAUGCUCUGGAUGGCUGG
.(((((((((..(((((((((....)))))))))..(((..((((((.....))))))..)))...(((.......)-))(((((....)))))...)))).))))) ( -46.30)
>DroEre_CAF1 20174 106 + 1
GCCAGUGUCCGUGCAAUGGCCUCCUGGCCAUUGUUGUCGUGGAGGUGAUGGUCAUCUUUGUGAAUUGCCACCGGUGG-GCGCGGCUAUCGAUGAGCUGGAUGGCUGG
.(((((((((..(((((((((....)))))))))..(((..((((((.....))))))..)))...((((.((((((-......)))))).)).)).)))).))))) ( -46.00)
>DroYak_CAF1 18373 106 + 1
GCCAGUGUCCGUGCAAUGGCCUGCUGGCCAUUGUGGUCGUGGAGGUGGUUGCGAUCUUUGUGAAUUGCCACCGGUGG-GCGCGUCUAUCGCUGCCCUGGAUGGCUGG
.(((((((((..(((((((((....))))))))).....(((.((..(((((((...)))).)))..)).)))..((-(((((.....))).)))).)))).))))) ( -47.40)
>DroAna_CAF1 23671 106 + 1
ACACGUGCCCGAUCAACUACCUACUGGCCCUCGUCAUAGUGGAGGCUGUGGUGUUCUUCACGGCCUGCGACCGCUGGAGCAAGAUUACCUUUGA-CUGGGGCGUAGG
...................(((((..(((((.((((.((((.(((((((((......))))))))).))...((....))........)).)))-).)))))))))) ( -39.40)
>consensus
ACCAGUGUCCGUGCAAUGGCCUGCUGGCCAUUGUCAUCGUGGAGGUGAUCGUCAUCUUUGUGAAUUGCCACCGGUGG_GCGCGUCUAUCGAUGCUCUGGAUGGCUGG
.((((((((((((((((((((....))))))))...(((..((((((.....))))))..))).....)))((((((.......)))))).......)))).))))) (-28.38 = -29.50 +   1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	6,541,052 – 6,541,158
Length	106
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.88
Mean single sequence MFE	-32.27
Consensus MFE	-22.17
Energy contribution	-21.59
Covariance contribution	-0.57
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-1.54
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.676448
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6541052 106 - 27905053
CCAGUCAUCCAGAGCAUCGAUAGACGAGC-CCACCGGUGGCAAUUCACAAAUAUCACUAUCACCUCCACGAUGACAAUGGCCAGCAGACCAUUGCACGGACACUGGU
(((((..(((.(((....(((((.((...-....))((((....))))........)))))..)))...(.((.((((((........)))))))))))).))))). ( -25.10)
>DroSec_CAF1 17948 106 - 1
CCAGCCAUCCAGAGCAUCGAUAGACGAGC-CCAACGGUGGCAAUUCACAAAGAUGACGAUCACCUCCACGAUGACAAUGGCCAACAGGCCAUUGCACGGACACUGGU
((((...(((....(((((........((-((....).)))..........(((....))).......))))).((((((((....))))))))...)))..)))). ( -31.90)
>DroSim_CAF1 17381 106 - 1
CCAGCCAUCCAGAGCAUCGAUAGACGCGC-CCACCGGUGGCAAUUCACAAAGAUGACGAUCACCUCCACGAUGACAAUGGCCAACAGGCCAUUGCACGGACACUGGU
((((...(((....(((((......((((-(....))).))..........(((....))).......))))).((((((((....))))))))...)))..)))). ( -32.10)
>DroEre_CAF1 20174 106 - 1
CCAGCCAUCCAGCUCAUCGAUAGCCGCGC-CCACCGGUGGCAAUUCACAAAGAUGACCAUCACCUCCACGACAACAAUGGCCAGGAGGCCAUUGCACGGACACUGGC
((((...(((.(.((((((((.(((((..-......))))).)))......))))).)................((((((((....))))))))...)))..)))). ( -32.80)
>DroYak_CAF1 18373 106 - 1
CCAGCCAUCCAGGGCAGCGAUAGACGCGC-CCACCGGUGGCAAUUCACAAAGAUCGCAACCACCUCCACGACCACAAUGGCCAGCAGGCCAUUGCACGGACACUGGC
((((...(((.((((.(((.....)))))-))...(((((....((.....))......)))))..........((((((((....))))))))...)))..)))). ( -39.60)
>DroAna_CAF1 23671 106 - 1
CCUACGCCCCAG-UCAAAGGUAAUCUUGCUCCAGCGGUCGCAGGCCGUGAAGAACACCACAGCCUCCACUAUGACGAGGGCCAGUAGGUAGUUGAUCGGGCACGUGU
(((((((((..(-(((.(((..(((..((....)))))..)((((.(((........))).))))...)).))))..))))..)))))................... ( -32.10)
>consensus
CCAGCCAUCCAGAGCAUCGAUAGACGCGC_CCACCGGUGGCAAUUCACAAAGAUCACCAUCACCUCCACGAUGACAAUGGCCAGCAGGCCAUUGCACGGACACUGGU
...(((((((....(((((........(......)(((((...................)))))....))))).((((((((....))))))))...)))...)))) (-22.17 = -21.59 +  -0.57)

alignment

secondary structure

dotplot

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