| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,428,505 – 6,428,654 |
| Length | 149 |
| Max. P | 0.924924 |
| Location | 6,428,505 – 6,428,614 |
|---|---|
| Length | 109 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 91.12 |
| Mean single sequence MFE | -36.58 |
| Consensus MFE | -33.08 |
| Energy contribution | -32.55 |
| Covariance contribution | -0.53 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -1.66 |
| Structure conservation index | 0.90 |
| SVM decision value | 1.17 |
| SVM RNA-class probability | 0.924924 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6428505 109 - 27905053 GCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCCGGUGUGCAAGGUGGCGAUGUCUGUUCGUCGGAAUCGUUCAACGAGGAUAUUGCAAUGUUCAGUAAACAGGUAAG---AA-------U- ((......(((((.(((((((((.((...)))))))))))..)))))(((((((..((((.(((....))).)))))))))))))..((((.....))))......---..-------.- ( -36.80) >DroVir_CAF1 214051 109 - 1 GCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGCGAUGUUUGUUCAUCGGAAUCGUUUAACGAGGAUAUUGCAAUGUUCAGUAAACAGGUAAG---CG-------A- ((((....(((((.((((((((.(((...)))))))))))..)))))((((......))))....))(((((..(((.((......)).)))..)))))......)---).-------.- ( -37.50) >DroGri_CAF1 244729 116 - 1 GCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGCGAUGUUUGUUCGUCGGAAUCGUUUAACGAGGAUAUUGCAAUGUUCAGUAAACAGGUAAG---UUGUUCAGCA- ((((((..(((((.((((((((.(((...)))))))))))..)))))..((((((.((((..((....))..))))((((((....))))))..))))))......---..)))).)).- ( -39.10) >DroWil_CAF1 291409 110 - 1 GCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGUGAUGUUUGUUCAUCGGAAUCGUUUAACGAGGAUAUUGCAAUGUUCAGUAAACAGGUAAG---AU-------UU (((((((.(((((.((((((((.(((...)))))))))))..))))).).))))))..(((...((((((((..(((.((......)).)))..))))).)))..)---))-------.. ( -33.70) >DroMoj_CAF1 259631 109 - 1 GCGAACUGGCCACAUGUACGCCGAGAGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGCGAUGUUUGUUCGUCGGAAUCGUUUAACGAGGAUAUUGCAAUGUUCAGUAAACAGGUAAG---CA-------A- ((..(((.(((((.(((((((((........)))))))))..)))))..((((((.((((..((....))..))))((((((....))))))..)))))))))..)---).-------.- ( -38.10) >DroAna_CAF1 187713 112 - 1 GCGAACUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCCGGGGUGCAAGGUGGCGAUGUCUGUUCGUCCGAAUCGUUCAACGAGGAUAUUGCAAUGUUCAGUAAACAGGUAAGAAGAA-------U- ..((((..(((((.(((((.(((.((...))))).)))))..)))))(((((((..((((..((.....)).))))))))))).....))))...................-------.- ( -34.30) >consensus GCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGCGAUGUUUGUUCGUCGGAAUCGUUUAACGAGGAUAUUGCAAUGUUCAGUAAACAGGUAAG___AA_______A_ ((((....(((((.(((((((((.(....).)))))))))..)))))((((......))))....)))).......((((((....))))))............................ (-33.08 = -32.55 + -0.53)
| Location | 6,428,534 – 6,428,654 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 93.78 |
| Mean single sequence MFE | -43.20 |
| Consensus MFE | -40.41 |
| Energy contribution | -40.38 |
| Covariance contribution | -0.02 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -1.14 |
| Structure conservation index | 0.94 |
| SVM decision value | 0.68 |
| SVM RNA-class probability | 0.822063 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6428534 120 - 27905053 CAUCCGCUAUUCCCGCUUUUGGCGCUGAUCUUUGAGAAGUGCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCCGGUGUGCAAGGUGGCGAUGUCUGUUCGUCGGAAUCGUUCAACGAGGAU .((((....((((..(..((.(((((..((...))..))))).))..)(((((.(((((((((.((...)))))))))))..)))))((((......))))))))(((.....))))))) ( -45.70) >DroVir_CAF1 214080 120 - 1 CAUCCGCUAUUCCCGCUCUUGGCGCUAAUAUUCGAGAAAUGCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGCGAUGUUUGUUCAUCGGAAUCGUUUAACGAGGAU .((((....(((((((((((((.........))))))...))).....(((((.((((((((.(((...)))))))))))..)))))((((......))))))))(((.....))))))) ( -43.60) >DroGri_CAF1 244765 120 - 1 CAUCCGCUAUUCCCGCUCUUGGCGCUAAUAUUCGAGAAAUGCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGCGAUGUUUGUUCGUCGGAAUCGUUUAACGAGGAU .((((....(((((((.....)))...........((...(((((((.(((((.((((((((.(((...)))))))))))..))))).).))))))...))))))(((.....))))))) ( -43.30) >DroWil_CAF1 291439 120 - 1 CAUCCGCUAUUCCCGCUCUUGGCGCUUAUAUUCGAGAAAUGCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGUGAUGUUUGUUCAUCGGAAUCGUUUAACGAGGAU .((((....(((((((((((((.........))))))...))).....(((((.((((((((.(((...)))))))))))..)))))((((......))))))))(((.....))))))) ( -41.30) >DroMoj_CAF1 259660 120 - 1 CAUCCGCUAUUCCCGCUCUUAGCGCUCAUAUUCGAGAAAUGCGAACUGGCCACAUGUACGCCGAGAGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGCGAUGUUUGUUCGUCGGAAUCGUUUAACGAGGAU .((((....(((((((.....)))...........((...(((((((.(((((.(((((((((........)))))))))..))))).).))))))...))))))(((.....))))))) ( -43.80) >DroAna_CAF1 187745 120 - 1 CAUCCGCUAUUCCCGCUAUUGGCGCUGAUCUUCGAGAAGUGCGAACUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCCGGGGUGCAAGGUGGCGAUGUCUGUUCGUCCGAAUCGUUCAACGAGGAU .((((((.......))..((((((((..((...))..)))))((((..(((((.(((((.(((.((...))))).)))))..)))))((((......))))......))))..))))))) ( -41.50) >consensus CAUCCGCUAUUCCCGCUCUUGGCGCUAAUAUUCGAGAAAUGCGAAUUGGCCACAUGUACGCCGAGGGAGCCUGGCGUGCAAGGUGGCGAUGUUUGUUCGUCGGAAUCGUUUAACGAGGAU .((((....(((((((.....)))...........((...(((((((.(((((.(((((((((.(....).)))))))))..))))).).))))))...))))))(((.....))))))) (-40.41 = -40.38 + -0.02)
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