Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,235,136 – 6,235,256 |
Length | 120 |
Max. P | 0.671768 |
Location | 6,235,136 – 6,235,256 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.22 |
Mean single sequence MFE | -51.45 |
Consensus MFE | -31.99 |
Energy contribution | -32.88 |
Covariance contribution | 0.89 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.64 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.29 |
SVM RNA-class probability | 0.671768 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6235136 120 + 27905053 AUCGGGCAGCAGGCGAGGUUCUAGCAAUAGAUCCAGCCGGCGAGAUGUGAUCCGUGGUGACGGAAUCGCCUAGGAAGAGCAGGCAACGUGCCUUCUGAAUGCUCUGCAGCUUGGGAAGAU .((((((.(((((((.((.((((....)))).))....(((((..(((.((.....)).)))...)))))..(((((.((((....).))))))))...))).)))).))))))...... ( -46.50) >DroGri_CAF1 1971 120 + 1 AGCGUGCCGCCGGCGAGUUUCUGGCUAUAGAACCAGCGGGUGAGAUGUGAUCUGUGGUCACAGAAUCACCCAAGAAGAGCAGACAGCGCGCGUUUUGAAUGCUCUUCAGCUGAGGCAGCU (((.(((((((((.......)))))........((((((((((..((((((.....))))))...))))))..((((((((..(((........)))..)))))))).)))).))))))) ( -55.80) >DroSim_CAF1 666 120 + 1 AUCGGGCAGCAGGCGAGGUCCUAGCAAUGGAUCCAGCCGGCGAGAUGUGGUCCGUGGUCACGGAAUCGCCCAGGAAGAGCAGGCAACGUGCCUUCUGGAUGCUCUGCAGCUUGGGAAGAU .((((((.(((((((.(((((.......))))))..(((((((..((((..(...)..))))...)))))..(((((.((((....).))))))))))..)).)))).))))))...... ( -49.70) >DroYak_CAF1 669 120 + 1 AUCGAGCAGCAGGCGAGGUCCUAGCAAUGGAUCCUGCCGGCGAGAUGUGAUCCGUGGUCACGGAAUCGCCCAGGAAGAGCAGGCAACGUGCCUUCUGGAUGCUCUGCUGCUUGGGAAGAU .((((((((((((((((((((.......))).))).(((((((..((((((.....))))))...)))))..(((((.((((....).)))))))))).))).)))))))))))...... ( -57.60) >DroMoj_CAF1 2401 120 + 1 AACGAGCUGCUGGCGAGUUUCUGGCGAUGGAGCCGGCUGGUGAAAUGUGAUCUGUGGUCACAGAGUCGCCCAAGAAGAGCAAGCAGCGCGCCUUCUGAAUGCUCUGCAGCUUCGGGAGCU ..((.((((((.((...((((((((......)))....(((((..((((((.....))))))...)))))..))))).)).)))))).)).((((((((.(((....))))))))))).. ( -50.60) >DroAna_CAF1 903 120 + 1 AACGAGCCGCUGGCGAUGUCCUGGCAAUAGAUCCCGCAGGGGAGAUAUGAUCCGUAGUCACGGAAUCGCCCAGGAAAAGCAGACAGCGCGCCUUCUGGAUGCUCUGCUGCUUGGGCAGAU .....(((..........(((((((.(((..((((....))))..)))(((((((....)))).)))).)))))).((((((.(((.(((((....)).))).))))))))).))).... ( -48.50) >consensus AUCGAGCAGCAGGCGAGGUCCUAGCAAUAGAUCCAGCCGGCGAGAUGUGAUCCGUGGUCACGGAAUCGCCCAGGAAGAGCAGGCAACGCGCCUUCUGAAUGCUCUGCAGCUUGGGAAGAU ..(((((.((.(((..(((.(((....))))))..)))(((((..((((((.....))))))...))))).....((((((..((..........))..)))))))).)))))....... (-31.99 = -32.88 + 0.89)
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