| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,233,998 – 6,234,103 |
| Length | 105 |
| Max. P | 0.964978 |
| Location | 6,233,998 – 6,234,103 |
|---|---|
| Length | 105 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.95 |
| Mean single sequence MFE | -32.28 |
| Consensus MFE | -27.16 |
| Energy contribution | -26.00 |
| Covariance contribution | -1.16 |
| Combinations/Pair | 1.23 |
| Mean z-score | -2.39 |
| Structure conservation index | 0.84 |
| SVM decision value | 1.57 |
| SVM RNA-class probability | 0.964978 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6233998 105 + 27905053 GGAUG--------AAAAG-----GUCCUUCGGUUUCAGUUUAUGGGAUACACACAGUUCAGUUUUGUCACACUU--CAAGCAUCACUGGGCUUUGUUUAUCUCAUGAGAGCGAAAUUUAU ((((.--------.....-----))))((((.(((((.....(((((((.(((.((((((((..(((.......--...)))..)))))))).))).)))))))))))).))))...... ( -32.70) >DroPse_CAF1 7840 110 + 1 GUGUG--------AAACGUGUGCCUCUUUUGGUUUCAAUUUAUGGGAUGCACCAAGUUCAGUUUUGUCACAUUU--CGAGCAUCACUGGGCUUUGUUUAUCUCAUAAGAGCGAAAUUGAU .....--------...............(..(((((..(((((((((((.((.(((((((((..((((......--.)).))..))))))))).)).)))))))))))...)))))..). ( -30.00) >DroWil_CAF1 5973 108 + 1 GAAUC--------AAUUG--U--GCCAGACGGUUUCAAUUUAUGGGAUACACCAAGUUCAGUUUUGUCGCAUUCCACGAGCAUCACUGGGCUUUGUUUAUCUCAUAGAGGAGAAAUGAAU ...((--------(.(((--.--(((....)))..)))(((((((((((.((.(((((((((..(((((.......))).))..))))))))).)).))))))))))).......))).. ( -31.70) >DroYak_CAF1 7183 105 + 1 GGAUG--------AAAAG-----GUCCUCCGGUUUCAGUUUAUGGGAUACACACAGUUCAGUUUUGUCGCACUA--CAAGCAUCACUGGGCUUUGUUUAUCUCAUGAGAGCGAAAUUUGU (((.(--------(....-----.)).)))((((((..(((((((((((.(((.((((((((..(((.......--...)))..)))))))).))).)))))))))))...))))))... ( -32.50) >DroAna_CAF1 9563 114 + 1 GCAUCCUCCUUCCCCAGG-----GUCCUCCGGUUUCAAUUUGUGGGAUACACACGGUUCAGUUGUGUCACUUUU-GCGAGCAUCACUGGGCUUUGUUUAUCUCAUAAGACUGAAAUUUGU (.(((((........)))-----)).)...(((((((.(((((((((((.(((.((((((((.(((((.(....-).)).))).)))))))).))).)))))))))))..)))))))... ( -35.00) >DroPer_CAF1 7783 110 + 1 GUGCG--------AAACGUGUGCCUCUUUUGGUUUCAAUUUAUGGGAUGCACCAAGUUCAGUUUUGUCACAUUU--CGAGCAUCACUGGGCUUUGUUUAUCUCAUAAGAGCGAAAUUGAU (..((--------.....))..).....(..(((((..(((((((((((.((.(((((((((..((((......--.)).))..))))))))).)).)))))))))))...)))))..). ( -31.80) >consensus GGAUG________AAAAG_____GUCCUUCGGUUUCAAUUUAUGGGAUACACAAAGUUCAGUUUUGUCACAUUU__CGAGCAUCACUGGGCUUUGUUUAUCUCAUAAGAGCGAAAUUUAU ............................(..(((((..(((((((((((.((..((((((((..(((............)))..))))))))..)).)))))))))))...)))))..). (-27.16 = -26.00 + -1.16)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:29:14 2006