Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,233,834 – 6,233,951 |
Length | 117 |
Max. P | 0.995832 |
Location | 6,233,834 – 6,233,951 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.27 |
Mean single sequence MFE | -33.90 |
Consensus MFE | -33.61 |
Energy contribution | -33.61 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -5.13 |
Structure conservation index | 0.99 |
SVM decision value | 2.62 |
SVM RNA-class probability | 0.995832 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6233834 117 + 27905053 AACUUCGAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCA--AGAAU-UUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA .....................(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((........--.....-.........))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -33.75) >DroPse_CAF1 7682 105 + 1 ------------GUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUAACAUA--CAAAU-CCUUUACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA ------------.........(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((........--.....-.........))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -33.75) >DroSim_CAF1 9156 117 + 1 AACUUCGAUCGCGUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCA--UGCAU-UUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA .....................(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((........--.....-.........))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -33.75) >DroWil_CAF1 5814 116 + 1 AUCUUCG---CCGACAUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUAAUUAUUCAAAU-CUUUGACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA .......---...........(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((.((((..........-..))))...))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -34.50) >DroAna_CAF1 9408 101 + 1 -----------------AGAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCU--CGAAGUCAUUCCCAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA -----------------.(((....)))(((((((((((((((((((((((.(((((........--.(((....)))....))))).))))))))))).))))))))))))........ ( -33.92) >DroPer_CAF1 7618 106 + 1 ------------GUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUAACAUA-ACAAAU-CCUUUACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA ------------.........(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((........-......-.........))))).))))))))))).))))))))))))...))))) ( -33.70) >consensus ____________GUCCUGAAUUUAUAUCGAGUUAUCUAAGGAAAUAGUAGCCGUGAUUUUACCCA__CAAAU_CUUUCACAUAUCACAGUUGCUGUUUCUUUUAGAUAGCUCUUUUGUAA .....................(((((..(((((((((((((((((((((((.(((((.........................))))).))))))))))).))))))))))))...))))) (-33.61 = -33.61 + -0.00)
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