Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,118,142 – 6,118,262 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 6,118,142 – 6,118,262 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.89 |
Mean single sequence MFE | -41.78 |
Consensus MFE | -28.29 |
Energy contribution | -29.60 |
Covariance contribution | 1.31 |
Combinations/Pair | 1.36 |
Mean z-score | -1.56 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | -0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6118142 120 + 27905053 CAGUAUCGAGCAAAUCUGCUCGCACUGGUGGGUCAACGAGAACGAUAAUGUGUCCUGUCUGGAUCUGGCCGAGGAUCUGGCCAAUCAGACCCCAGUGCGAUUGGAUGUCCUGCUUUCCCU .......(((((.((((..(((((((((..((((..(.(((..(((.....)))...))).)...((((((......))))))....)))))))))))))..))))....)))))..... ( -44.20) >DroVir_CAF1 29982 120 + 1 CACCAUCGAGCAAAUUUGCUCGCAUUGGUGGGUGAACGAGAACGACAAUGUCUCCUGCCUUGAUUUGGCUGAGGAUUUGGCUAAUCAAACGCCGGUACGCCUCGAUGUACUCCUGUCACU (((((.((((((....))))))...)))))(((((..(((.(((.(..........(((.......))).((((..(((((.........)))))....))))).))).)))...))))) ( -40.70) >DroGri_CAF1 35501 120 + 1 CACCAUCGAGCAGAUCUGUUCGCAUUGGUGGGUCAACGAGAAUGAUAAUGUCUCCUGUCUGGAUUUGGCCGAGGAUUUGGCCAAUCAGACACCAGUGCGCCUCGAUGUCCUCCUCUCGCU ...((((((((.((.....))((((((((........((((((....)).))))..((((((..((((((((....))))))))))))))))))))))).)))))))............. ( -43.30) >DroWil_CAF1 33234 120 + 1 CACCAUUGAGCAGAUCUGUUCACAUUGGUGGGUCAAUGAGAACGAUAAUGUAUCAUGUUUGGAUUUAGCUGAAGAUUUGGCCAACCAGACACCCGUGCGUCUGGAUGUUCUACUCUCACU (((((.((((((....))))))...)))))((((((.......((((...))))((.((..(......)..)).))))))))..((((((........))))))................ ( -32.50) >DroMoj_CAF1 42248 120 + 1 CACCAUCGAGCAGAUAUGCUCGCAUUGGUGGGUGAACGAGAACGACAAUGUGUCAUGUCUGGAUUUGGCCGAGGAUUUGGCGAAUCAGACGCCAGUGCGUCUCGACGUUCUGCUAUCGCU (((((.((((((....))))))...)))))(((((..(((((((((.....)))..(((..((((((.((((....))))))))))((((((....)))))).)))))))).)..))))) ( -47.60) >DroAna_CAF1 25965 120 + 1 CACCAUCGAGCAGAUCUGCUCGCACUGGUGGGUGAACGAGAACGACAACGUGUCCUGCCUGGACCUGGCCGAGGACCUAGCCAACCAGACCCCCGUGCGACUGGAUGUGCUAUUGUCCCU ...((...((((.((((..((((((.((.((((........(((....)))((((((((.......)))..)))))............))))))))))))..)))).))))..))..... ( -42.40) >consensus CACCAUCGAGCAGAUCUGCUCGCAUUGGUGGGUCAACGAGAACGACAAUGUGUCCUGUCUGGAUUUGGCCGAGGAUUUGGCCAAUCAGACACCAGUGCGACUCGAUGUCCUACUCUCACU ...(((((((((....)))))((((((((..............(((.....)))..((((((..(((((((......))))))))))))))))))))).....))))............. (-28.29 = -29.60 + 1.31)
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