Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,099,669 – 6,099,770 |
Length | 101 |
Max. P | 0.995864 |
Location | 6,099,669 – 6,099,770 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 5 |
Columns | 101 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.55 |
Mean single sequence MFE | -34.98 |
Consensus MFE | -28.82 |
Energy contribution | -30.94 |
Covariance contribution | 2.12 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -2.62 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 2.62 |
SVM RNA-class probability | 0.995864 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 6099669 101 + 27905053 CAUAGAGGGGUUGGGUUCCUUCGUCGGGAUUGCUGCGCAGAUUAAUGCUGCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAA .........((((((((.....(.(((...((((.(((((((((.(((.....))))))).))))).))))......))))(((....))))))))))).. ( -37.20) >DroSec_CAF1 11757 101 + 1 CAUUGAGGGGUUGAGAUCCUACGUCAGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUCCAUGCAUAAUCCUGUAGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAG ...((..((((((...((((.....)))).(((((((..(((((.(((((..((((......))))))))))))))..))))))).....))))))..)). ( -35.10) >DroSim_CAF1 12273 101 + 1 CAUUGAGGGGUUGGGCUCCUUCGUAGGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUCCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAG ...((..(((((((..((((.....)))).(((((((..(((((.(((((((((........))))))))))))))..)))))))....)))))))..)). ( -42.30) >DroEre_CAF1 11892 96 + 1 CAUUGAAGG-----ACUCCCACAUCGGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUGCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAGCGCUAACCCAGCAG ...((..((-----..((((.....)))).(((((((..(((((.((((.((((........)))).)))))))))..))))))).........))..)). ( -29.00) >DroYak_CAF1 12088 96 + 1 CAUUGAAGG-----ACUCCUACAUCGGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUCCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAG ...((..((-----..((((.....)))).(((((((..(((((.(((((((((........))))))))))))))..))))))).........))..)). ( -31.30) >consensus CAUUGAGGGGUUG_GCUCCUACGUCGGGAAAGCUGCGCAGAUUAAUGCUCCAUGCAUAAUCCUGUGGAGCGUAAUUACCGCAGCUAACGCUAACCCAGCAG ..(((..((((((...((((.....)))).(((((((..(((((.(((((((((........))))))))))))))..))))))).....))))))..))) (-28.82 = -30.94 + 2.12)
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