Locus 2082

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 5,926,637 – 5,926,772
Length 135
Max. P 0.986232
window3400 window3401 window3402 window3403

overview

Window 0

Location 5,926,637 – 5,926,733
Length 96
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.93
Mean single sequence MFE -23.45
Consensus MFE -18.77
Energy contribution -18.77
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.00
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.608456
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5926637 96 + 27905053
UAAUCCAAACA-----AGUAUUCUUAAUUGGCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUAGCCAA-UUAUUGCCGUUGACAAUUCACAGCCACUA
...........-----.(((....((((((((((((((..(..((..........))..).)))))))))))-))).))).((((........))))..... ( -23.50)
>DroVir_CAF1 89483 85 + 1
---AAAAAUUAC----CUUAAAUCCGAUUGGCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUGGCCAA-U---------UGACAAAUCACAGCCACUA
---.........----........((((..((((.(((((.....)))))...))))..)))).(((((...-.---------(((....)))..))))).. ( -22.40)
>DroPse_CAF1 42504 102 + 1
UGACCAAAUCAAAUCCAGAAAAUUCAAUUGGCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUAGCCAAAAUAUUGCCUUUGACCAUUCACAGCCACUA
............................(((((.(((......)))((((((((((..(((.((((.......)))).))).)))))))..))))))))... ( -23.10)
>DroGri_CAF1 49632 88 + 1
AGAAAAAACCAA----AUUCCAUUGAAUUGGCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUGGCCAA-C---------UGACAAAUCACAGCCACUA
...........(----((((....)))))((((.(((......)))(((..(((((.(((((....))))).-)---------))))....))))))).... ( -23.70)
>DroEre_CAF1 30373 95 + 1
UAAC-CAAUCA-----AGUAUUCUCAAUUGGCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUAGCCAA-UCAUUGCUUGUGACAACUCACAGCCACUA
...(-((((..-----((....))..)))))((((((((....)).)))))).(((.((((((((.((....-((((.....))))...))))))))))))) ( -24.90)
>DroPer_CAF1 45733 102 + 1
UGACCAAAUCAAAUCCAGAAAAUUCAAUUGGCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUAGCCAAAAUAUUGCCUUUGACCAUUCACAGCCACUA
............................(((((.(((......)))((((((((((..(((.((((.......)))).))).)))))))..))))))))... ( -23.10)
>consensus
UGACCAAAUCAA____AGUAAAUUCAAUUGGCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUAGCCAA_UUAUUGCCUUUGACAAUUCACAGCCACUA
...........................((((((((((((....)).)))))))))).((((((((..........................))))))))... (-18.77 = -18.77 +  -0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 5,926,637 – 5,926,733
Length 96
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.93
Mean single sequence MFE -23.68
Consensus MFE -16.23
Energy contribution -16.57
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.739879
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5926637 96 - 27905053
UAGUGGCUGUGAAUUGUCAACGGCAAUAA-UUGGCUACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGCCAAUUAAGAAUACU-----UGUUUGGAUUA
...((((.(((.(((((.....)))))..-((((((........))))))...))).))))..........((((.((((....))-----)).)))).... ( -23.30)
>DroVir_CAF1 89483 85 - 1
UAGUGGCUGUGAUUUGUCA---------A-UUGGCCACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGCCAAUCGGAUUUAAG----GUAAUUUUU---
..((((((.(((....)))---------.-..))))))...........(((....(((......)))...((....))......)----)).......--- ( -16.50)
>DroPse_CAF1 42504 102 - 1
UAGUGGCUGUGAAUGGUCAAAGGCAAUAUUUUGGCUACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGCCAAUUGAAUUUUCUGGAUUUGAUUUGGUCA
((((((.((((..(((((((((......))))))))))))).))).)))........((((((...((...(((...........)))...)).)))))).. ( -25.40)
>DroGri_CAF1 49632 88 - 1
UAGUGGCUGUGAUUUGUCA---------G-UUGGCCACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGCCAAUUCAAUGGAAU----UUGGUUUUUUCU
...((((.(((....((.(---------(-((((........)))))).))..))).))))........(((((((((....))).----))))))...... ( -22.40)
>DroEre_CAF1 30373 95 - 1
UAGUGGCUGUGAGUUGUCACAAGCAAUGA-UUGGCUACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGCCAAUUGAGAAUACU-----UGAUUG-GUUA
...((((.(((.(((((.....)))))(.-((((((........)))))).).))).)))).......((((((((..((....))-----..))))-)))) ( -29.10)
>DroPer_CAF1 45733 102 - 1
UAGUGGCUGUGAAUGGUCAAAGGCAAUAUUUUGGCUACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGCCAAUUGAAUUUUCUGGAUUUGAUUUGGUCA
((((((.((((..(((((((((......))))))))))))).))).)))........((((((...((...(((...........)))...)).)))))).. ( -25.40)
>consensus
UAGUGGCUGUGAAUUGUCAAAGGCAAUAA_UUGGCUACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGCCAAUUGAAUUUACU____UUGAUUUGGUCA
...((((((((...................((((((........)))))).......((....)).))))))))............................ (-16.23 = -16.57 +   0.33)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 5,926,662 – 5,926,772
Length 110
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.86
Mean single sequence MFE -38.24
Consensus MFE -36.45
Energy contribution -36.31
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.90
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 2.03
SVM RNA-class probability 0.986232
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5926662 110 + 27905053
GCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUAGCCAAUU--AUUGCCGU--UGACA----AUUCACAGCCACUAUCUUCACUGCCGCCGCGACAAGCUAAAGCAACU-UAUAAA
(((.(((((..((((((((.((.(((.((((((((..(.((((.--......))--)).).----...))))))))))).)).))))))))..))).)))))..........-...... ( -38.70)
>DroVir_CAF1 89506 102 + 1
GCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUGGCCAAU-------------UGACA----AAUCACAGCCACUAUCUUCACUGCCGCCGCGACAAGCUAUGACAGCAAAAGAGA
(((.(((((..((((((((.((.(((.((((((((..(.(...-------------.).).----...))))))))))).)).))))))))..))).)))))................. ( -37.40)
>DroGri_CAF1 49658 100 + 1
GCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUGGCCAAC-------------UGACA----AAUCACAGCCACUAUCUUCACUGCCGCCGCGACAAGCUAUGACACCAAUAAA--
(((.(((((..((((((((.((.(((.((((((((..(.(...-------------.).).----...))))))))))).)).))))))))..))).)))))...............-- ( -37.40)
>DroWil_CAF1 52224 112 + 1
GCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUAGCCAAUUAAAUUGCCAAAACAAUA----AACCACAGCCACUAUCUUCACUGCCGCCGCGACAGGCCAUGACAACAAU-C--G
(((.(((((..((((((((.((.(((.(((((((((((....))).((((......)))).----...))))))))))).)).))))))))..))).)))))............-.--. ( -35.60)
>DroMoj_CAF1 51937 102 + 1
GCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUGGCCACU-------------UGAAA----AAUCACAGCCACUAUCUUCACUGCCGCCGCGACAAGCUAUGACACCGAGAGAAA
(((.(((((..((((((((.((.(((.((((((((........-------------.....----...))))))))))).)).))))))))..))).)))))................. ( -37.29)
>DroAna_CAF1 40880 111 + 1
GCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUAGCUGGUG--CU---CGU--UGGCAAUUAAUUCACAGCCACUAUCUUCACUGCCGCCGCGACAAGCUAGAGCAACU-UACCCA
(((.(((((..((((((((.((.(((.((((((((.......((--((---...--.)))).......))))))))))).)).))))))))..))).)))))..........-...... ( -43.04)
>consensus
GCUAUGCGCUUUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUGUAGCCAAU_____________UGACA____AAUCACAGCCACUAUCUUCACUGCCGCCGCGACAAGCUAUGACAACAAUACA_A
(((.(((((..((((((((.((.(((.((((((((.................................))))))))))).)).))))))))..))).)))))................. (-36.45 = -36.31 +  -0.14)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 5,926,662 – 5,926,772
Length 110
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.86
Mean single sequence MFE -33.16
Consensus MFE -27.53
Energy contribution -27.69
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.27
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.21
SVM RNA-class probability 0.636302
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 5926662 110 - 27905053
UUUAUA-AGUUGCUUUAGCUUGUCGCGGCGGCAGUGAAGAUAGUGGCUGUGAAU----UGUCA--ACGGCAAU--AAUUGGCUACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGC
......-..........(((((.(((...(((((((..(.((((((.((((...----.((((--(.......--..)))))..)))).))).))).)..)))))))...))))).))) ( -33.10)
>DroVir_CAF1 89506 102 - 1
UCUCUUUUGCUGUCAUAGCUUGUCGCGGCGGCAGUGAAGAUAGUGGCUGUGAUU----UGUCA-------------AUUGGCCACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGC
........(((((....((((((....))(((((((..(.((((((.((((...----.(((.-------------...)))..)))).))).))).)..))))))).))))..))))) ( -32.40)
>DroGri_CAF1 49658 100 - 1
--UUUAUUGGUGUCAUAGCUUGUCGCGGCGGCAGUGAAGAUAGUGGCUGUGAUU----UGUCA-------------GUUGGCCACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGC
--...............(((((.(((...(((((((..(.((((((.((((...----.(((.-------------...)))..)))).))).))).)..)))))))...))))).))) ( -31.90)
>DroWil_CAF1 52224 112 - 1
C--G-AUUGUUGUCAUGGCCUGUCGCGGCGGCAGUGAAGAUAGUGGCUGUGGUU----UAUUGUUUUGGCAAUUUAAUUGGCUACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGC
.--.-((((((.((((.(((.((....))))).)))).)))))).((((((...----...((((((((((......((((((........))))))......)))))))))))))))) ( -35.70)
>DroMoj_CAF1 51937 102 - 1
UUUCUCUCGGUGUCAUAGCUUGUCGCGGCGGCAGUGAAGAUAGUGGCUGUGAUU----UUUCA-------------AGUGGCCACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGC
.................(((((.(((...(((((((.......(((((((((..----..)))-------------.(((....)))...))))))....)))))))...))))).))) ( -31.40)
>DroAna_CAF1 40880 111 - 1
UGGGUA-AGUUGCUCUAGCUUGUCGCGGCGGCAGUGAAGAUAGUGGCUGUGAAUUAAUUGCCA--ACG---AG--CACCAGCUACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGC
.((((.-....))))..(((((.(((...(((((((..(.((((((.((((.......(((..--...---.)--)).......)))).))).))).)..)))))))...))))).))) ( -34.44)
>consensus
U_UCUAUUGUUGUCAUAGCUUGUCGCGGCGGCAGUGAAGAUAGUGGCUGUGAUU____UGUCA_____________AUUGGCCACACAACCAGCUAACCACACUGCCAAAGCGCAUAGC
.................(((((.(((...(((((((..(.((((((.((((.................................)))).))).))).)..)))))))...))))).))) (-27.53 = -27.69 +   0.17)

alignment

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